tigre: Transcription factor inference through Gaussian process reconstruction of expression for bioconductor

Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

Tutkijat

  • Antti Honkela
  • Pei Gao
  • Jonatan Ropponen
  • Magnus Rattray
  • Neil D. Lawrence

Organisaatiot

  • University of Cambridge
  • University of Sheffield

Kuvaus

Summary: tigre is an R/Bioconductor package for inference of transcription factor activity and ranking candidate target genes from gene expression time series. The underlying methodology is based on Gaussian process inference on a differential equation model that allows the use of short, unevenly sampled, time series. The method has been designed with efficient parallel implementation in mind, and the package supports parallel operation even without additional software.

Yksityiskohdat

AlkuperäiskieliEnglanti
Artikkelibtr057
Sivut1026-1027
Sivumäärä2
JulkaisuBioinformatics
Vuosikerta27
Numero7
TilaJulkaistu - huhtikuuta 2011
OKM-julkaisutyyppiA1 Julkaistu artikkeli, soviteltu

ID: 12777887