LuxHS: DNA Methylation Analysis with Spatially Varying Correlation Structure

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Abstrakti

Bisulfite sequencing (BS-seq) is a popular method for measuring DNA methylation in basepair-resolution. Many BS-seq data analysis tools utilize the assumption of spatial correlation among the neighboring cytosines’ methylation states. While being a fair assumption, most existing methods leave out the possibility of deviation from the spatial correlation pattern. Our approach builds on a method which combines a generalized linear mixed model (GLMM) with a likelihood that is specific for BS-seq data and that incorporates a spatial correlation for methylation levels. We propose a novel technique using a sparsity promoting prior to enable cytosines deviating from the spatial correlation pattern. The method is tested with both simulated and real BS-seq data and compared to other differential methylation analysis tools.
AlkuperäiskieliEnglanti
OtsikkoBioinformatics and Biomedical Engineering - 8th International Work-Conference, IWBBIO 2020, Proceedings
ToimittajatIgnacio Rojas, Olga Valenzuela, Fernando Rojas, Luis Javier Herrera, Francisco Ortuño
Sivut505-516
Sivumäärä12
ISBN (elektroninen)978-3-030-45385-5
DOI - pysyväislinkit
TilaJulkaistu - 30 huhtikuuta 2020
OKM-julkaisutyyppiA4 Artikkeli konferenssijulkaisuussa
TapahtumaInternational Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering - Granada, Espanja
Kesto: 6 toukokuuta 20208 toukokuuta 2020

Julkaisusarja

NimiLecture Notes in Computer Science
KustantajaSpringer
Vuosikerta12108
ISSN (painettu)0302-9743

Conference

ConferenceInternational Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering
LyhennettäIWBBIO
MaaEspanja
KaupunkiGranada
Ajanjakso06/05/202008/05/2020

Sormenjälki Sukella tutkimusaiheisiin 'LuxHS: DNA Methylation Analysis with Spatially Varying Correlation Structure'. Ne muodostavat yhdessä ainutlaatuisen sormenjäljen.

Siteeraa tätä