LAVAA: A lightweight association viewer across ailments

Eric B Fauman*, Stella Keppo, Nicola Cerioli, Rupesh Vyas, Mitja Kurki, Mark J. Daly, Mary Pat Reeve

*Tämän työn vastaava kirjoittaja

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

30 Lataukset (Pure)

Abstrakti

Motivation: Biobank scale genetic associations results over thousands of traits can be difficult to visualize and navigate. Results: We have created LAVAA, a visualization web-application to generate genetic volcano plots for simultaneously considering the P-value, effect size, case counts, trait class and fine-mapping posterior probability at a singlenucleotide polymorphism (SNP) across a range of traits from a large set of genome-wide association study. We find that user interaction with association results in LAVAA can enrich and enhance the biological interpretation of individual loci. Availability and implementation: LAVAA is available as a stand-alone web service (https://geneviz.aalto.fi/LAVAA/) and will be available in future releases of the finngen.fi website starting with release 10 in late 2023.

AlkuperäiskieliEnglanti
Artikkelivbad018
Sivumäärä7
JulkaisuBioinformatics Advances
Vuosikerta3
Numero1
Varhainen verkossa julkaisun päivämäärä15 helmik. 2023
DOI - pysyväislinkit
TilaJulkaistu - 2023
OKM-julkaisutyyppiA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Sormenjälki

Sukella tutkimusaiheisiin 'LAVAA: A lightweight association viewer across ailments'. Ne muodostavat yhdessä ainutlaatuisen sormenjäljen.

Siteeraa tätä