Geometry of phylogenetic group-based models

Mateusz Michalek*

*Tämän työn vastaava kirjoittaja

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Abstrakti

We complete the results of Sullivant and Sturmfels (2005) [SS05] by proving that many of the algebraic group-based models for Markov processes on trees can be diagonalized, and we identify the cases when the resulting toric varieties are normal. This is done by the generalization of the discrete Fourier transform approach introduced by Evans and Speed (1993) [ES93]. We also characterize the lattice polytope of this toric variety. This involves extending the notions of sockets and networks introduced by Buczynska and Wisniewski (2007) [BW07] in their work on the binary symmetric model. (C) 2011 Elsevier Inc. All rights reserved.

AlkuperäiskieliEnglanti
Sivut339-356
Sivumäärä18
JulkaisuJOURNAL OF ALGEBRA
Vuosikerta339
Numero1
DOI - pysyväislinkit
TilaJulkaistu - 1 elokuuta 2011
OKM-julkaisutyyppiA1 Julkaistu artikkeli, soviteltu

Siteeraa tätä