Generative models for quantification of DNA modifications

Tarmo Äijö, Richard Bonneau, Harri Lähdesmäki*

*Tämän työn vastaava kirjoittaja

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Abstrakti

There are multiple chemical modifications of cytosine that are important to the regulation and ultimately the functional expression of the genome. To date no single experiment can capture these separate modifications, and integrative experimental designs are needed to fully characterize cytosine methylation and chemical modification. This chapter describes a generative probabilistic model, Lux, for integrative analysis of cytosine methylation and its oxidized variants. Lux simultaneously analyzes partially orthogonal bisulfite sequencing data sets to estimate proportions of different cytosine methylation modifications and estimate multiple cytosine modifications for a single sample by integrating across experimental designs composed of multiple parallel destructive genomic measurements. Lux also considers the variation in measurements introduced by different imperfect experimental steps; the experimental variation can be quantified by using appropriate spike-in controls, allowing Lux to deconvolve the measurements and recover accurately the underlying signal.

AlkuperäiskieliEnglanti
OtsikkoMethods in Molecular Biology
Sivut37-50
Sivumäärä14
ISBN (elektroninen)978-1-4939-8561-6
DOI - pysyväislinkit
TilaJulkaistu - 1 tammikuuta 2018
OKM-julkaisutyyppiA3 Kirjan osa tai toinen tutkimuskirja

Julkaisusarja

NimiMethods in Molecular Biology
KustantajaHumana Press
Vuosikerta1807
ISSN (painettu)1064-3745

Sormenjälki Sukella tutkimusaiheisiin 'Generative models for quantification of DNA modifications'. Ne muodostavat yhdessä ainutlaatuisen sormenjäljen.

  • Siteeraa tätä

    Äijö, T., Bonneau, R., & Lähdesmäki, H. (2018). Generative models for quantification of DNA modifications. teoksessa Methods in Molecular Biology (Sivut 37-50). (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807). https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8561-6_4