Algorithmic design of cotranscriptionally folding 2D RNA origami structures

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

188 Lataukset (Pure)

Abstrakti

We address a biochemical folding obstacle of “polymerase trapping” that arises in the remarkable RNA origami tile design framework of Geary, Rothemund and Andersen (Science 2014). We present a combinatorial formulation of this obstacle, together with an optimisation procedure that yields designs minimising the risk of encountering the corresponding topological trap in the tile folding phase. The procedure has been embedded in an automated software pipeline, and we provide examples of designs produced by the software, including an optimised version of the RNA smiley-face tile proposed by Geary and Andersen (DNA 2014).
AlkuperäiskieliEnglanti
OtsikkoUnconventional Computation and Natural Computation
Alaotsikko17th International Conference, UCNC 2018, Fontainebleau, France, June 25-29, 2018, Proceedings
ToimittajatSusan Stepney, Sergey Verlan
Sivut159-172
ISBN (elektroninen)978-3-319-92435-9
DOI - pysyväislinkit
TilaJulkaistu - 31 toukok. 2018
OKM-julkaisutyyppiA4 Artikkeli konferenssijulkaisuussa
TapahtumaInternational Conference on Unconventional Computation and Natural Computation - Fontainebleau, Paris, Ranska
Kesto: 25 kesäk. 201829 kesäk. 2018
Konferenssinumero: 17

Julkaisusarja

NimiLecture Notes in Computer Science
KustantajaSpringer
Vuosikerta10867
ISSN (painettu)0302-9743
ISSN (elektroninen)1611-3349

Conference

ConferenceInternational Conference on Unconventional Computation and Natural Computation
LyhennettäUCNC
Maa/AlueRanska
KaupunkiParis
Ajanjakso25/06/201829/06/2018

Sormenjälki

Sukella tutkimusaiheisiin 'Algorithmic design of cotranscriptionally folding 2D RNA origami structures'. Ne muodostavat yhdessä ainutlaatuisen sormenjäljen.

Siteeraa tätä