Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Projektin yksityiskohdat
Tiivistelmä
Yhden solun suurikapasiteettisekvensointimenetelmät mahdollistavat perimän, transkriptomin ja epigenomin mittaamisen yhden solun tasolla. Tämä teknologia mahdollistaa esim. erittäin pienten ja heterogeenisten syöpänäytteiden analysoinnin, johon aiempien teknologioiden tarkkuus ei riittänyt. Yhden solun sekvensointi tarjoaakin hyvän mahdollisuuden uusien löydösten tekemiseksi sekä molekyylibiologian että biolääketieteen tutkimuksessa. Yhden solun sekvensointimittausten analysointi on haastavaa ja uusia kehittyneitä tilastollisia menetelmiä tarvitaan luotettavien biologisten johtopäätösten tekemiseksi. Kehitämme tässä projektissa uusia yhden solun mittausaineistojen analysointiin soveltuvia laskennallisia ja tilastollisia mallinnusmenetelmiä geenisäätelymekanismien ymmärtämiseksi yhden solun tasolla.
| Tila | Päättynyt |
|---|---|
| Todellinen alku/loppupvm | 01/09/2017 → 31/08/2021 |
Yhteistyöpartnerit
- Aalto-yliopisto (johto)
- Suomen Akatemia (Projektin osapuoli)
YK:n kestävän kehityksen tavoitteet
Vuonna 2015 YK:n jäsenvaltiot sopivat 17 maailmanlaajuisesta kestävän kehityksen tavoitteesta (Sustainable Development Goal, SDG) poistamaan köyhyyden, suojelemaan planeettaa ja takaamaan vaurauden kaikille. Tämä projekti edistää seuraavia kestävän kehityksen tavoitteita:
Sormenjälki
Tutustu tutkimuksen aiheisiin, joita tämä projekti koskee. Nämä merkinnät luodaan taustalla olevien stipendien/apurahojen perusteella. Yhdessä ne muodostavat ainutlaatuisen sormenjäljen.
-
An importance sampling approach for reliable and efficient inference in Bayesian ordinary differential equation models
Timonen, J., Siccha, N., Bales, B., Lähdesmäki, H. & Vehtari, A., 18 syysk. 2023, julkaisussa: Stat. 12, 1, e614.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto6 Lataukset (Pure) -
ChromDMM: a Dirichlet-multinomial mixture model for clustering heterogeneous epigenetic data
Osmala, M., Eraslan, G. & Lähdesmäki, H., 15 elok. 2022, julkaisussa: Bioinformatics. 38, 16, s. 3863-3870 8 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto18 Lataukset (Pure) -
LuxRep: a technical replicate-aware method for bisulfite sequencing data analysis
Malonzo, M. H., Halla-aho, V., Konki, M., Lund, R. J. & Lähdesmäki, H., jouluk. 2022, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 23, 1, s. 1-19 19 Sivumäärä, 41.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto46 Lataukset (Pure)
Tietoaineistot
-
Permutation-based significance analysis reduces the type 1 error rate in bisulfite sequencing data analysis of human umbilical cord blood samples
Laajala, E. (Creator), Halla-aho, V. (Creator), Grönroos, T. (Creator), Kalim, U. U. (Creator), Vähä-Mäkilä, M. (Creator), Nurmio, M. (Creator), Kallionpää, H. (Creator), Lietzén, N. (Creator), Mykkänen, J. (Creator), Rasool, O. (Creator), Toppari, J. (Creator), University, M. (Creator), Knip, M. (Creator), Lund, R. (Creator), Lahesmaa, R. (Creator) & Lähdesmäki, H. (Creator), figshare, 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.19311109.v2, https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Permutation-based_significance_analysis_reduces_the_type_1_error_rate_in_bisulfite_sequencing_data_analysis_of_human_umbilical_cord_blood_samples/19311109/1
Tietoaineisto: Dataset
-
Probabilistic modeling methods for cell-free DNA methylation based cancer classification
Halla-aho, V. (Creator) & Lähdesmäki, H. (Contributor), figshare, 1 tammik. 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.5931075.v1, https://springernature.figshare.com/collections/Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/5931075/1 ja vielä 4 linkkiä, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_2_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518510/1, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_3_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518513/1, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_4_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518516/1, https://springernature.figshare.com/articles/journal_contribution/Additional_file_1_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518507/1 (näytä vähemmän)
Tietoaineisto: Dataset