Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Projektin yksityiskohdat
Tiivistelmä
Yhden solun suurikapasiteettisekvensointimenetelmät mahdollistavat perimän, transkriptomin ja epigenomin mittaamisen yhden solun tasolla. Tämä teknologia mahdollistaa esim. erittäin pienten ja heterogeenisten syöpänäytteiden analysoinnin, johon aiempien teknologioiden tarkkuus ei riittänyt. Yhden solun sekvensointi tarjoaakin hyvän mahdollisuuden uusien löydösten tekemiseksi sekä molekyylibiologian että biolääketieteen tutkimuksessa. Yhden solun sekvensointimittausten analysointi on haastavaa ja uusia kehittyneitä tilastollisia menetelmiä tarvitaan luotettavien biologisten johtopäätösten tekemiseksi. Kehitämme tässä projektissa uusia yhden solun mittausaineistojen analysointiin soveltuvia laskennallisia ja tilastollisia mallinnusmenetelmiä geenisäätelymekanismien ymmärtämiseksi yhden solun tasolla.
| Lyhytotsikko | SingleCell/Lähdesmäki |
|---|---|
| Tila | Päättynyt |
| Todellinen alku/loppupvm | 01/09/2017 → 31/08/2021 |
YK:n kestävän kehityksen tavoitteet
Vuonna 2015 YK:n jäsenvaltiot sopivat 17 maailmanlaajuisesta kestävän kehityksen tavoitteesta (Sustainable Development Goal, SDG) poistamaan köyhyyden, suojelemaan planeettaa ja takaamaan vaurauden kaikille. Tämä projekti edistää seuraavia kestävän kehityksen tavoitteita:
Sormenjälki
Tutustu tutkimuksen aiheisiin, joita tämä projekti koskee. Nämä merkinnät luodaan taustalla olevien stipendien/apurahojen perusteella. Yhdessä ne muodostavat ainutlaatuisen sormenjäljen.
-
LuxRep: a technical replicate-aware method for bisulfite sequencing data analysis
Malonzo, M. H., Halla-aho, V., Konki, M., Lund, R. J. & Lähdesmäki, H., jouluk. 2022, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 23, 1, s. 1-19 19 Sivumäärä, 41.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto11 Lataukset (Pure) -
Permutation-based significance analysis reduces the type 1 error rate in bisulfite sequencing data analysis of human umbilical cord blood samples
Laajala, E., Halla-aho, V., Grönroos, T., Kalim, U. U., Vähä-Mäkilä, M., Nurmio, M., Kallionpää, H., Lietzén, N., Mykkänen, J., Rasool, O., Toppari, J., Orešič, M., Knip, M., Lund, R., Lahesmaa, R. & Lähdesmäki, H., 6 maalisk. 2022, (Sähköinen julkaisu (e-pub) ennen painettua julkistusta) julkaisussa: Epigenetics. 20 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open access -
Probabilistic modeling methods for cell-free DNA methylation based cancer classification
Halla-aho, V. & Lähdesmäki, H., 4 huhtik. 2022, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 23, 1, 24 Sivumäärä, 119.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto9 Lataukset (Pure)
Tietoaineistot
-
Probabilistic modeling methods for cell-free DNA methylation based cancer classification
Halla-aho, V. (Contributor) & Lähdesmäki, H. (Contributor), 1 tammik. 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.5931075.v1, https://springernature.figshare.com/collections/Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/5931075/1 ja vielä 4 linkkiä, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_2_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518510/1, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_3_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518513/1, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_4_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518516/1, https://springernature.figshare.com/articles/journal_contribution/Additional_file_1_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518507/1 (näytä vähemmän)
Tietoaineisto: Dataset