Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Projektin yksityiskohdat
Tiivistelmä
Tutkimushankkeessa kehitetään tehokkaita algoritmisia menetelmiä ja kombinatorisia systeemimalleja nopeasti kehittyvän biomolekulaarisen nanoteknologian alueelle. Työn tavoitteena on: (a) kehittää laskennallista näkökulmaa biomolekulaarisiin itsejärjestymisprosesseihin ja (b) tuoda tietotekniikan ja biokemian tutkimusta lähemmäksi toisiaan tällä alueella niin, että tietoteknisiä menetelmiä käyttäen pystytään suunnittelemaan merkittävästi nykyistä laboratoriotasoa mutkikkaampia nanorakenteita. Hanke keskittyy erityisesti seuraaviin teemoihin: (1) kolmeulotteisten DNA-origamirakenteiden algoritminen suunnittelu, (2) RNA-origamisuunnittelun kombinatoriset ja algoritmiset kysymykset, (3) biomolekyylien (erityisesti RNA:n) laskostumisen kineettiset mallit, (4) proteiini-origamirakenteet.
| Lyhytotsikko | ALBION/Orponen |
|---|---|
| Akronyymi | ALBION |
| Tila | Päättynyt |
| Todellinen alku/loppupvm | 01/09/2017 → 31/08/2021 |
Sormenjälki
Tutustu tutkimuksen aiheisiin, joita tämä projekti koskee. Nämä merkinnät luodaan taustalla olevien stipendien/apurahojen perusteella. Yhdessä ne muodostavat ainutlaatuisen sormenjäljen.
-
Algorithmic design of 3D wireframe RNA polyhedra
Elonen, A., Natarajan, A., Kawamata, I., Oesinghaus, L., Mohammed, A., Seitsonen, J., Suzuki, Y., Simmel, F. C., Kuzyk, A. & Orponen, P., 28 huhtik. 2022, julkaisussa: bioRxiv. 2022.04.27.489653, 17 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific
Open access -
RNA secondary structure prediction with convolutional neural networks
Saman Booy, M., Ilin, A. & Orponen, P., helmik. 2022, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 23, 1, s. 1-15 15 Sivumäärä, 58.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto14 Lataukset (Pure) -
Cotranscriptional kinetic folding of RNA secondary structures Including pseudoknots
Vo, H. T., Korpela, D. & Orponen, P., syysk. 2021, julkaisussa: JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 28, 9, s. 892-908 17 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open access
-
Algorithmic design of 3D wireframe RNA polyhedra
Abdulmelik Mohammed (Puhuja)
8 lokak. 2018 → 12 lokak. 2018Aktiviteetti: Konferenssiesitelmä
-
-
Aarhus University
Abdulmelik Mohammed (Visiting researcher)
30 elok. 2017 → 1 syysk. 2017Aktiviteetti: Vierailu ulkomaille