Pekka Marttinen

Tutkijatohtori, Apulaisprofessori, Akatemiatutkija

Tutkimustuotokset

  1. 2019
  2. Hyväksytty/In press

    Plasmids shaped the recent emergence of the major nosocomial pathogen Enterococcus faecium.

    Arredondo-Alonso, S., Top, J., McNally, A., Puranen, S., Pesonen, M., Pensar, J., Marttinen, P., Braat, J., Rogers, M., van Schaik, W. & 4 muuta, Kaski, S., Willems, R. J. L., Corander, J. & Schürch, A., 23 joulukuuta 2019, (Hyväksytty/In press) julkaisussa : MBIO.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  3. Julkaistu
  4. Julkaistu

    Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

    AstraZeneca-Sanger Drug Combination DREAM Consortium, Kaski, S. & Marttinen, P., 17 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, s. 1-17 17 Sivumäärä, 2674.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  5. Julkaistu

    Efficient acquisition rules for model-based approximate Bayesian computation

    Järvenpää, M., Gutmann, M. U., Pleska, A., Vehtari, A. & Marttinen, P., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Bayesian Analysis. 14, 2, s. 595-622 28 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  6. Julkaistu

    International genomic definition of pneumococcal lineages, to contextualise disease, antibiotic resistance and vaccine impact

    Global Pneumococcal Sequencing, toukokuuta 2019, julkaisussa : Ebiomedicine. 43, s. 338-346 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  7. Julkaistu

    A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization incorporating within-host variation

    Järvenpää, M., Sater, M. R. A., Lagoudas, G. K., Blainey, P. C., Miller, L. G., McKinnell, J. A., Huang, S. S., Grad, Y. H. & Marttinen, P., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : PLoS computational biology. 15, 4, s. 1-25 e1006534.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  8. Sähköinen julkaisu (e-pub) ennen painettua julkistusta

    Predicting utilization of healthcare services from individual disease trajectories using RNNs with multi-headed attention

    Kumar, Y., Salo, H., Nieminen, T., Vepsäläinen, K., Kulathinal, S. & Marttinen, P., 2019, Machine Learning for Health (ML4H) at NeurIPS 2019. (Conference on Neural Information Processing Systems).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  9. 2018
  10. Julkaistu
  11. Julkaistu

    A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization

    Järvenpää, M., Sater, M., Lagoudas, G., Blainey, P. C., Miller, L., McKinnell, J., Huang, S., Grad, Y. & Marttinen, P., joulukuuta 2018

    Tutkimustuotos: Muu tuotosvertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    ELFI: Engine for likelihood-free inference

    Lintusaari, J., Vuollekoski, H., Kangasrääsiö, A., Skytén, K., Järvenpää, M., Marttinen, P., Gutmann, M. U., Vehtari, A., Corander, J. & Kaski, S., 1 elokuuta 2018, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 19, s. 1-7 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  13. Julkaistu

    Bacmeta: Simulator for genomic evolution in bacterial metapopulations

    Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. 2308-2310 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  14. Julkaistu
  15. 2017
  16. Julkaistu

    Efficient acquisition rules for model-based approximate Bayesian computation

    Järvenpää, M., Gutmann, M., Pleska, A., Vehtari, A. & Marttinen, P., joulukuuta 2017

    Tutkimustuotos: Muu tuotosvertaisarvioitu

  17. Julkaistu
  18. Julkaistu

    Speciation trajectories in recombining bacterial species

    Marttinen, P. & Hanage, W. P., 3 heinäkuuta 2017, julkaisussa : PLoS computational biology. 13, 7, s. 1-15 15 Sivumäärä, e1005640.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  19. Julkaistu

    Dynamics and impact of homologous recombination on the evolution of Legionella pneumophila

    David, S., Sánchez-Busó, L., Harris, S. R., Marttinen, P., Rusniok, C., Buchrieser, C., Harrison, T. G. & Parkhill, J., 1 kesäkuuta 2017, julkaisussa : PLoS Genetics. 13, 6, s. 1-21 e1006855.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  20. Julkaistu

    Efficient Inference of Recent and Ancestral Recombination within Bacterial Populations

    Mostowy, R., Croucher, N. J., Andam, C. P., Corander, J., Hanage, W. P. & Marttinen, P., 1 toukokuuta 2017, julkaisussa : MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION. 34, 5, s. 1167-1182 16 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  21. Julkaistu

    Interactive Elicitation of Knowledge on Feature Relevance Improves Predictions in Small Data Sets

    Micallef, L., Sundin, I., Marttinen, P., Ammad-Ud-Din, M., Peltola, T., Soare, M., Jacucci, G. & Kaski, S., 7 maaliskuuta 2017, IUI 2017 - Proceedings of the 22nd International Conference on Intelligent User Interfaces. s. 547-552 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Cluster analysis to estimate the risk of preeclampsia in the high-risk Prediction and Prevention of Preeclampsia and Intrauterine Growth Restriction (PREDO) study

    Villa, P. M., Marttinen, P., Gillberg, J., Inkeri Lokki, A., Majander, K., Ordén, M. R., Taipale, P., Pesonen, A., Räikkönen, K., Hämäläinen, E. & 2 muuta, Kajantie, E. & Laivuori, H., 1 maaliskuuta 2017, julkaisussa : PloS one. 12, 3, s. 1-14 e0174399.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  23. Julkaistu

    Bacmeta: simulation for genomic evolution in bacterial metapopulations

    Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 2017, julkaisussa : bioRxiv.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  24. Julkaistu

    biMM: efficient estimation of genetic variances and covariances for cohorts with high-dimensional phenotype measurements

    Pirinen, M., Benner, C., Marttinen, P., Järvelin, M-R., Rivas, M. A. & Ripatti, S., 2017, julkaisussa : Bioinformatics. 33, 15, s. 2405-2407 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  25. 2016
  26. Julkaistu

    Substitutions of short heterologous DNA segments of intragenomic or extragenomic origins produce clustered genomic polymorphisms

    Harms, K., Lunnan, A., Hülter, N., Mourier, T., Vinner, L., Andam, C. P., Marttinen, P., Fridholm, H., Hansen, A. J., Hanage, W. P. & 3 muuta, Nielsen, K. M., Willerslev, E. & Johnsen, P. J., 27 joulukuuta 2016, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 52, s. 15066-15071 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  27. Julkaistu

    Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes

    Lees, J. A., Vehkala, M., Välimäki, N., Harris, S. R., Chewapreecha, C., Croucher, N. J., Marttinen, P., Davies, M. R., Steer, A. C., Tong, S. Y. C. & 4 muuta, Honkela, A., Parkhill, J., Bentley, S. D. & Corander, J., 16 syyskuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, 8 Sivumäärä, 12797.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  28. Julkaistu

    Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis

    Sieberts, S. K., Zhu, F., García-García, J., Stahl, E., Pratap, A., Pandey, G., Pappas, D., Aguilar, D., Anton, B., Bonet, J. & 83 muuta, Eksi, R., Fornés, O., Guney, E., Li, H., Marín, M. A., Panwar, B., Planas-Iglesias, J., Poglayen, D., Cui, J., Falcao, A. O., Suver, C., Hoff, B., Balagurusamy, V. S. K., Dillenberger, D., Neto, E. C., Norman, T., Aittokallio, T., Ammad-Ud-Din, M., Azencott, C. A., Bellón, V., Boeva, V., Bunte, K., Chheda, H., Cheng, L., Corander, J., Dumontier, M., Goldenberg, A., Gopalacharyulu, P., Hajiloo, M., Hidru, D., Jaiswal, A., Kaski, S., Khalfaoui, B., Khan, S. A., Kramer, E. R., Marttinen, P., Mezlini, A. M., Molparia, B., Pirinen, M., Saarela, J., Samwald, M., Stoven, V., Tang, H., Tang, J., Torkamani, A., Vert, J. P., Wang, B., Wang, T., Wennerberg, K., Wineinger, N. E., Xiao, G., Xie, Y., Yeung, R., Zhan, X., Zhao, C., Greenberg, J., Kremer, J., Michaud, K., Barton, A., Coenen, M., Mariette, X., Miceli, C., Shadick, N., Weinblatt, M., De Vries, N., Tak, P. P., Gerlag, D., Huizinga, T. W. J., Kurreeman, F., Allaart, C. F., Louis Bridges, S., Criswell, L., Moreland, L., Klareskog, L., Saevarsdottir, S., Padyukov, L., Gregersen, P. K., Friend, S., Plenge, R., Stolovitzky, G., Oliva, B., Guan, Y. & Mangravite, L. M., 23 elokuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, s. 1-9 12460.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  29. Julkaistu

    metaCCA: summary statistics-based multivariate meta-analysis of genome-wide association studies using canonical correlation analysis

    Cichonska, A., Rousu, J., Marttinen, P., Kangas, A. J., Soininen, P., Lehtimaki, T., Raitakari, O., Jarvelin, M-R., Salomaa, V., Ala-Korpela, M. & 2 muuta, Ripatti, S. & Pirinen, M., 1 heinäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 13, s. 1981-1989 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  30. Julkaistu

    Multiple output regression with latent noise

    Gillberg, L., Marttinen, P., Pirinen, M., Kangas, A. J., Soininen, P., Ali, M., Havulinna, A. S., Järvelin, M. R., Ala-Korpela, M. & Kaski, S., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17, s. 1-35 35 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  31. Julkaistu

    The impact of host metapopulation structure on the population genetics of colonizing bacteria

    Numminen, E., Gutmann, M., Shubin, M., Marttinen, P., Méric, G., van Schaik, W., Coque, T. M., Baquero, F., Willems, R. J. L., Sheppard, S. K. & 3 muuta, Feil, E. J., Hanage, W. P. & Corander, J., 7 toukokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Theoretical Biology. 396, s. 53-62 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  32. Julkaistu

    Interactive user intent modeling for eliciting priors of a normal linear model

    Sundin, I., Micallef, L., Marttinen, P., Ammad-Ud-Din, M., Peltola, T., Soare, M., Jacucci, G. & Kaski, S., 2016, s. 1-5.

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitys

  33. 2015
  34. Julkaistu

    Recombination produces coherent bacterial species clusters in both core and accessory genomes

    Marttinen, P., Croucher, N. J., Gutmann, M. U., Corander, J. & Hanage, W. P., 2015, julkaisussa : Microbial Genomics. 1

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  35. 2014
  36. Julkaistu

    Assessing multivariate gene-metabolome associations with rare variants using Bayesian reduced rank regression

    Marttinen, P., Pirinen, M., Sarin, A-P., Gillberg, J., Kettunen, J., Surakka, I., Kangas, A. J., Soininen, P., "O'Reilly", P., Kaakinen, M. & 8 muuta, Kähönen, M., Lehtimäki, T., Ala-Korpela, M., Raitakari, O. T., Salomaa, V., Järvelin, M-R., Ripatti, S. & Kaski, S., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 14, s. 2026-2034

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  37. Julkaistu

    Comprehensive Identification of Single Nucleotide Polymorphisms Associated with Beta-lactam Resistance within Pneumococcal Mosaic Genes

    Chewapreecha, C., Marttinen, P., Croucher, N. J., Salter, S. J., Harris, S. R., Mather, A. E., Hanage, W. P., Goldblatt, D., Nosten, F. H., Turner, C. & 3 muuta, Turner, P., Bentley, S. D. & Parkhill, J., 2014, julkaisussa : PLoS Genetics. 10, 8, s. 1-11 e1004547.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  38. Julkaistu

    Cryptic ecology among host generalist Campylobacter jejuni in domestic animals

    Sheppard, S. K., Cheng, L., Méric, G., Haan, C., Llarena, A-K., Marttinen, P., Vidal, A., Ridley, A., Clifton-Hadley, F. & Connor, T. R., 2014, julkaisussa : MOLECULAR ECOLOGY. 23, 10, s. 2442-2451

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  39. Julkaistu

    Dense genomic sampling identifies highways of pneumococcal recombination

    Chewapreecha, C., Harris, S. R., Croucher, N. J., Turner, C., Marttinen, P., Cheng, L., Pessia, A., Aanensen, D. M., Mather, A. E., Page, A. J. & 8 muuta, Salter, S. J., Harris, D., Nosten, F., Goldblatt, D., Corander, J., Parkhill, J., Turner, P. & Bentley, S. D., 2014, julkaisussa : NATURE GENETICS. 46, 3, s. 305-309

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  40. Julkaistu

    Plant Sterol Feeding Induces Tumor Formation and Alters Sterol Metabolism in the Intestine of Apc(Min) Mice

    Marttinen, M., Pajari, A-M., Paivarinta, E., Storvik, M., Marttinen, P., Nurmi, T., Niku, M., Piironen, V. & Mutanen, M., 2014, julkaisussa : NUTRITION AND CANCER: AN INTERNATIONAL JOURNAL. 66, 2, s. 259-269

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  41. Julkaistu

    Single-Cell Genomics Reveals Hundreds of Coexisting Subpopulations in Wild Prochlorococcus

    Kashtan, N., Roggensack, S. E., Rodrigue, S., Thompson, J. W., Biller, S. J., Coe, A., Ding, H., Marttinen, P., Malmstrom, R. R. & Stocker, R., 2014, julkaisussa : Science. 344, 6182, s. 416-420

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  42. 2013
  43. Julkaistu
  44. 2012
  45. Julkaistu

    Bayesian Variable Selection in Searching for Additive and Dominant Effects in Genome-Wide Data

    Peltola, T., Marttinen, P., Jula, A., Salomaa, V., Perola, M. & Vehtari, A., 2012, julkaisussa : PloS one. 7, 1, s. 1-11 e29115.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  46. Julkaistu
  47. Julkaistu

    Phylogeographic variation in recombination rates within a global clone of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA)

    Castillo-Ramirez, S., Corander, J., Marttinen, P., Aldeljawi, M., Hanage, W. P., Westh, H., Boye, K., Gulay, Z., Bentley, S. D., Parkhill, J. & 2 muuta, Holden, M. T. & Feil, E. J., 2012, julkaisussa : GENOME BIOLOGY. 13, 12, s. pp. R126

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  48. Julkaistu

    Serum and CSF soluble CD26 and CD30 concentrations in healthy pediatric surgical outpatients

    Delezuch, W., Marttinen, P., Kokki, H., Heikkinen, M., Vanamo, K., Pulkki, K. & Matinlauri, I., 2012, julkaisussa : TISSUE ANTIGENS. 80, 4, s. 368-375

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  49. 2011
  50. Julkaistu

    Detection of recombination events in bacterial genomes from large population samples

    Marttinen, P., Hanage, W. P., Croucher, N. J., Connor, T. R., Harris, S. R., Bentley, S. D. & Corander, J., 2011, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 40, 1, s. e6

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  51. 2010
  52. Julkaistu
  53. Julkaistu

    Reconstructing Population Histories from Single-Nucleotide Polymorphism Data

    Sirén, J., Marttinen, P. & Corander, J., 2010, julkaisussa : MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION. 28, 1, s. 673-683

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

ID: 87245