• Aalto SCI Computer Science Konemiehentie 2

20062020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Tutkimustuotos

2019

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
83 Lataukset (Pure)

Improved Small Molecule Identification through Learning Combinations of Kernel Regression Models

Brouard, C., Basse, A., d'Alche-Buc, F. & Rousu, J., elokuuta 2019, julkaisussa : METABOLITES. 9, 8, 14 Sivumäärä, 160.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
113 Lataukset (Pure)

Large-Scale Sparse Kernel Canonical Correlation Analysis

Uurtio, V., Bhadra, S. & Rousu, J., 2019, 36th International Conference on Machine Learning, ICML 2019. s. 6383-6391 9 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 97).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Lataukset (Pure)

SIRIUS 4: a rapid tool for turning tandem mass spectra into metabolite structure information

Dührkop, K., Fleischauer, M., Ludwig, M., Aksenov, A. A., Melnik, A. V., Meusel, M., Dorrestein, P. C., Rousu, J. & Böcker, S., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Nature Methods. 16, 4, s. 299-302 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
52 Sitaatiot (Scopus)
302 Lataukset (Pure)
2018

Analysis of fluxomic experiments with principal metabolic flux mode analysis

Bhadra, S. & Rousu, J., 1 tammikuuta 2018, Methods in Molecular Biology. Mamitsuka, H. (toim.). s. 141-161 21 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction

Cichonska, A., Pahikkala, T., Szedmak, S., Julkunen, H., Airola, A., Heinonen, M., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i509-i518

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
73 Lataukset (Pure)

Liquid-chromatography retention order prediction for metabolite identification

Bach, E., Szedmak, S., Brouard, C., Boecker, S. & Rousu, J., 1 syyskuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 17, s. 875-883 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
9 Sitaatiot (Scopus)
56 Lataukset (Pure)

Principal metabolic flux mode analysis

Bhadra, S., Blomberg, P., Castillo, S. & Rousu, J., 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 14, s. 2409-2417

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
132 Lataukset (Pure)

Sparse Non-linear CCA through Hilbert-Schmidt Independence Criterion

Uurtio, V., Bhadra, S. & Rousu, J., 2018, 2018 IEEE International Conference on Data Mining, ICDM 2018. IEEE, s. 1278-1283 6 Sivumäärä 8594981

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
148 Lataukset (Pure)
2017

A Tutorial on Canonical Correlation Methods

Uurtio, V., Monteiro, J. M., Kandola, J., Shawe-Taylor, J., Fernandez-Reyes, D. & Rousu, J., 2017, julkaisussa : ACM COMPUTING SURVEYS. 50, 6, s. 1-33 95.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

CamOptimus: a tool for exploiting complex adaptive evolution to optimize experiments and processes in biotechnology

Cankorur-Cetinkaya, A., Dias, J. M. L., Kludas, J., Slater, N. K. H., Rousu, J., Oliver, S. G. & Dikicioglu, D., 2017, julkaisussa : MICROBIOLOGY. 163, 6, s. 829-839 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
7 Sitaatiot (Scopus)
37 Lataukset (Pure)

Computational-experimental approach to drug-target interaction mapping: A case study on kinase inhibitors

Cichonska, A., Ravikumar, B., Parri, E., Timonen, S., Pahikkala, T., Airola, A., Wennerberg, K., Rousu, J. & Aittokallio, T., 1 elokuuta 2017, julkaisussa : PLoS computational biology. 13, 8, s. 1-28 e1005678.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
23 Sitaatiot (Scopus)
115 Lataukset (Pure)

Critical Assessment of Small Molecule Identification 2016: automated methods

Schymanski, E. L., Ruttkies, C., Krauss, M., Brouard, C., Kind, T., Dührkop, K., Allen, F., Vaniya, A., Verdegem, D., Böcker, S., Rousu, J., Shen, H., Tsugawa, H., Sajed, T., Fiehn, O., Ghesquière, B. & Neumann, S., 27 maaliskuuta 2017, julkaisussa : JOURNAL OF CHEMINFORMATICS. 9, 1, 22.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
56 Sitaatiot (Scopus)
98 Lataukset (Pure)

Magnitude-preserving ranking for structured outputs

Brouard, C., Bach, E., Böcker, S. & Rousu, J., 1 tammikuuta 2017, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 77, s. 407-422 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliConference articleScientificvertaisarvioitu

4 Sitaatiot (Scopus)

Magnitude-Preserving Ranking for Structured Outputs

Brouard, C., Bach, E., Böcker, S. & Rousu, J., 3 marraskuuta 2017, Proceedings of the Ninth Asian Conference on Machine Learning. Zhang, M-L. & Noh, Y-K. (toim.). s. 407-422 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 77).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Lataukset (Pure)

Multi-view kernel completion

Bhadra, S., Kaski, S. & Rousu, J., toukokuuta 2017, julkaisussa : Machine Learning. 106, 5, s. 713–739

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
14 Sitaatiot (Scopus)
200 Lataukset (Pure)

Predicting Protein Producibility In Filamentous Fungi

Dykstra, K., Rousu, J. & Arvas, M., 2017, s. 1-18.

Tutkimustuotos: TyöpaperiWorking paperProfessional

Principal Metabolic Flux Mode Analysis

Bhadra, S., Blomberg, P., Castillo, S. & Rousu, J., 2017, julkaisussa : bioRxiv. s. 163055 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientific

Open access
2016

Computational Metabolomics (Dagstuhl Seminar 15492)

Böcker, S., Rousu, J. & Schymanski, E., 2016, julkaisussa : DAGSTUHL REPORTS. 5, 11, s. 180-192 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientific

Open access
Tiedosto
68 Lataukset (Pure)

Fast metabolite identification with Input Output Kernel Regression

Brouard, C., Shen, H., Dührkop, K., d'Alché-Buc, F., Böcker, S. & Rousu, J., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. 28-36

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

27 Sitaatiot (Scopus)

Generating data to improve protein stability prediction

Heinonen, M., Jokinen, E., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 2016, Patenttinumero Provisional US 62/361511

Tutkimustuotos: PatenttiPatent

Machine learning of protein interactions in fungal secretory pathways

Kludas, J., Arvas, M., Castillo, S., Pakula, T., Oja, M., Brouard, C., Jäntti, J., Penttilä, M. & Rousu, J., 1 heinäkuuta 2016, julkaisussa : PloS one. 11, 7, s. 1-20 20 Sivumäärä, e0159302.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
134 Lataukset (Pure)

metaCCA: summary statistics-based multivariate meta-analysis of genome-wide association studies using canonical correlation analysis

Cichonska, A., Rousu, J., Marttinen, P., Kangas, A. J., Soininen, P., Lehtimaki, T., Raitakari, O., Jarvelin, M-R., Salomaa, V., Ala-Korpela, M., Ripatti, S. & Pirinen, M., 1 heinäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 13, s. 1981-1989 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
37 Sitaatiot (Scopus)
65 Lataukset (Pure)

Non-Stationary Gaussian Process Regression with Hamiltonian Monte Carlo

Heinonen, M., Mannerström, H., Rousu, J., Kaski, S. & Lähdesmäki, H., 2016, Proceedings of the 19th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics: JMLR: W&CP. JMLR, s. 732-740 9 Sivumäärä ( JMLR: Workshop and Conference Proceedings; Vuosikerta 51).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Profiling persistent tubercule bacilli from patient sputa during therapy predicts early drug efficacy

Honeyborne, I., McHugh, T. D., Kuittinen, I., Cichonska, A., Evangelopoulos, D., Ronacher, K., van Helden, P. D., Gillespie, S. H., Fernandez-Reyes, D., Walzl, G., Rousu, J., Butcher, P. D. & Waddell, S. J., 7 huhtikuuta 2016, julkaisussa : BMC MEDICINE. 14, 1, s. 1-13 68.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
16 Sitaatiot (Scopus)
99 Lataukset (Pure)

Selected proceedings of Machine Learning in Systems Biology: MLSB 2016

van Dijk, A. D. J., Lähdesmäki, H., de Ridder, D. & Rousu, J., 13 joulukuuta 2016, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 17, Supplement 16, 2 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliEditorialScientific

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
50 Lataukset (Pure)

Selected proceedings of Machine Learning in Systems Biology: MLSB 2016

van Dijk, A. D. J., Lähdesmäki, H., de Ridder, D. & Rousu, J., joulukuuta 2016, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 17

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliSpecial issueScientificvertaisarvioitu

Soft Kernel Target Alignment for Two-stage Multiple Kernel Learning

Shen, H., Szedmak, S., Brouard, C. & Rousu, J., lokakuuta 2016, Discovery Science: 19th International Conference, DS 2016, Bari, Italy, October 19–21, 2016, Proceedings. Calders, T., Ceci, M. & Malerba, D. (toim.). 1 toim. Springer International Publishing, Vuosikerta 9956. s. 427-441 (Lecture Notes in Artificial Intelligence; Vuosikerta 9956).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Synthetic transcription amplifier system for orthogonal control of gene expression in saccharomyces cerevisiae

Rantasalo, A., Czeizler, E., Virtanen, R., Rousu, J., Lähdesmäki, H., Penttilä, M., Jäntti, J. & Mojzita, D., 1 helmikuuta 2016, julkaisussa : PloS one. 11, 2, s. 1-19 e0148320.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
15 Sitaatiot (Scopus)
144 Lataukset (Pure)
2015

Canonical Correlation Methods for Exploring Microbe-Environment Interactions in Deep Subsurface

Uurtio, V., Bomberg, M., Nybo, K., Itävaara, M. & Rousu, J., 2015, 18th International Conference on Discovery Science, Banff, Canada, October 4-6, 2015. Springer International Publishing, s. 299-307

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Identification of drug candidates and repurposing opportunities through compound-target interaction networks

Cichonska, A., Rousu, J. & Aittokallio, T., 2015, julkaisussa : EXPERT OPINION ON DRUG DISCOVERY. 10, 12, s. 1333-1345

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliReview ArticleScientificvertaisarvioitu

25 Sitaatiot (Scopus)

Meat Processing Plant Microbiome and Contamination Patterns of Cold-Tolerant Bacteria Causing Food Safety and Spoilage Risks in the Manufacture of Vacuum-Packaged Cooked Sausages

Hultman, J., Rahkila, R., Ali, J., Rousu, J. & Bjorkroth, K. J., 2015, julkaisussa : Applied and Environmental Microbiology. 81, 20, s. 7088-7097

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

57 Sitaatiot (Scopus)

Multilabel Classification through Random Graph Ensembles

Su, H. & Rousu, J., 2015, julkaisussa : Machine Learning. 99, 2, s. 231-256 26 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

7 Sitaatiot (Scopus)

Optimization of environmental parameters for improving recombinant protein production by the host Komagataella (Pichia) pastoris

Cankorur-Cetinkaya, A., Dikicioglu, D., Kludas, J., Rousu, J. & Oliver, S. G., 2015, s. pp. S148-S148.

Tutkimustuotos: TyöpaperiWorking paperProfessional

Search engine targets metabolites using MS

Rousu, J., joulukuuta 2015, julkaisussa : TRAC-TRENDS IN ANALYTICAL CHEMISTRY. 74, 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliComment/debateScientific

Searching molecular structure databases with tandem mass spectra using CSI:FingerID

Dührkop, K., Shen, H., Meusel, M., Rousu, J. & Böcker, S., 2015, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 41, s. 12580-12585

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

224 Sitaatiot (Scopus)
2014

Comparative Genome-Scale Reconstruction of Gapless Metabolic Networks for Present and Ancestral Species

Pitkänen, E., Jouhten, P., Hou, J., Fahad Syed, M., Blomberg, P., Kludas, J., Oja, M., Holm, L., Penttilä, M. & Rousu, J., 2014, julkaisussa : PLoS computational biology. 10, 2, s. 1-12 e1003465.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
37 Sitaatiot (Scopus)
158 Lataukset (Pure)

Metabolite identification through multiple kernel learning on fragmentation trees

Shen, H., Dührkop, K., Böcker, S. & Rousu, J., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 12, s. pp. i157-i164

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

54 Sitaatiot (Scopus)

Multilabel Structured Output Learning with Random Spanning Trees of Max-Margin Markov Networks

Marchand, M., Su, H., Morvant, E., Rousu, J. & Shawe-Taylor, J., 2014, Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Montreal, Quebec, Canada, December 8 - December 13, 2014. s. 873-881

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

3 Sitaatiot (Scopus)

Structured Prediction of Network Response

Su, H., Gionis, A. & Rousu, J., 2014, International Conference on Machine Learning, Beijing, China, June 21 - June 26, 2014. s. 442-450

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2013

Biomarker Discovery by Sparse Canonical Correlation Analysis of Complex Clinical Phenotypes of Tuberculosis and Malaria

Rousu, J., Agranoff, D. D., Sodeinde, O., Shawe-Taylor, J. & Fernandez-Reyes, D., 2013, julkaisussa : PLoS computational biology. 9, 4, s. 1-10 1003018.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
11 Sitaatiot (Scopus)
137 Lataukset (Pure)

Metabolite Identification through Machine Learning- Tackling CASMI Challenge Using FingerID

Shen, H., Zamboni, N., Heinonen, M. & Rousu, J., 2013, julkaisussa : METABOLITES. 3, 2, s. 484-505

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
134 Lataukset (Pure)

Multilabel Classification through Random Graph Ensembles

Su, H. & Rousu, J., 2013, 5th Asian Conference on Machine Learning, Canberra, Australia, November 11 - November 15, 2013. s. 404-418

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

3 Sitaatiot (Scopus)
2012

Efficient Path Kernels for Reaction Function Prediction

Heinonen, M., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Rousu, J., 2012, Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. s. 202-207

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Metabolite identification and molecular fingerprint prediction through machine learning

Heinonen, M., Shen, H., Zamboni, N. & Rousu, J., 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 18, s. 2333-2341

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

81 Sitaatiot (Scopus)
2011

Computing Atom Mappings for Biochemical Reactions without Subgraph Isomorphism

Heinonen, M., Lappalainen, S., Mielikäinen, T. & Rousu, J., tammikuuta 2011, julkaisussa : JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 18, 1, s. 43-58 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2010

Multilabel classification of drug-like molecules via max-margin conditional random fields

Su, H., Heinonen, M. & Rousu, J., 2010, Proceedings of The Fifth European Workshop on Probabilistic Graphical Models (PGM-2010): 13-15 September, 2010, Helsinki, Finland. Myllymäki, P., Roos, T. & Jaakkola, T. (toim.). HIIT, s. 265-272 (HIIT Publications; Vuosikerta 2010, nro 2).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Structured output prediction of anti-cancer drug activity

Su, H., Heinonen, M. & Rousu, J., 2010, Pattern Recognition in Bioinformatics: 5th IAPR International Conference, PRIB 2010, Nijmegen, The Netherlands, September 22-24, 2010. Proceedings. Dijkstra, T. M. H., Tsivtsivadze, E., Marchiori, E. & Heskes, T. (toim.). Springer-Verlag, s. 38-49 ( Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6282).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2008

FiD: a software for ab initio structural identification of product ions from tandem mass spectrometric data

Heinonen, M., Rantanen, A., Mielikaeinen, T., Kokkonen, J., Kiuru, J., Ketola, R. A. & Rousu, J., lokakuuta 2008, julkaisussa : Rapid Communications in Mass Spectrometry. 22, 19, s. 3043-3052 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2007

Probabilistic modeling and machine learning in structural and systems biology

Kaski, S., Rousu, J. & Ukkonen, E., 2007, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 8 (Suppl2), s. S1/1-2

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)