Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
- 1 - 50 osumaa 69 tuloksesta
Hakutulokset
-
2022
Joint structural annotation of small molecules using liquid chromatography retention order and tandem mass spectrometry data
Bach, E., Schymanski, E. L. & Rousu, J., jouluk. 2022, julkaisussa: Nature Machine Intelligence. 4, 12, s. 1224–1237 27 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto7 Sitaatiot (Scopus)18 Lataukset (Pure) -
Learning to Predict Graphs with Fused Gromov-Wasserstein Barycenters
Brogat-Motte, L., Flamary, R., Brouard, C., Rousu, J. & d'Alché-Buc, F., 2022, Proceedings of the 39th International Conference on Machine Learning, PMLR. JMLR, s. 2321-2335 (Proceedings of Machine Learning Research ; Vuosikerta 162).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
Open access -
Strain design optimization using reinforcement learning
Sabzevari, M., Szedmak, S., Penttilä, M., Jouhten, P. & Rousu, J., kesäk. 2022, julkaisussa: PLoS computational biology. 18, 6, s. 1-18 18 Sivumäärä, e1010177.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto6 Sitaatiot (Scopus)138 Lataukset (Pure) -
Systematic review of computational methods for drug combination prediction
Kong, W., Midena, G., Chen, Y., Athanasiadis, P., Wang, T., Rousu, J., He, L. & Aittokallio, T., 1 kesäk. 2022, julkaisussa: Computational and Structural Biotechnology Journal. 20, s. 2807-2814Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Review Article › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto4 Sitaatiot (Scopus)72 Lataukset (Pure) -
Vector-Valued Least-Squares Regression under Output Regularity Assumptions
Brogat-Motte, L., Rudi, A., Brouard, C., Rousu, J. & d'Alché-Buc, F., 2022, julkaisussa: Journal of Machine Learning Research. 23, s. 1-50 50 Sivumäärä, 344.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto10 Lataukset (Pure) -
2021
Learning primal-dual sparse kernel machines
Huusari, R., Bhadra, S., Capponi, C., Kadri, H. & Rousu, J., 2021, (Hyväksytty/In press) julkaisussa: arXiv.org.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific
-
Modeling drug combination effects via latent tensor reconstruction
Wang, T., Szedmak, S., Wang, H., Aittokallio, T., Pahikkala, T., Cichonska, A. & Rousu, J., 1 heinäk. 2021, julkaisussa: Bioinformatics. 37, s. 93-101Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto6 Sitaatiot (Scopus)53 Lataukset (Pure) -
Ranking microbial metabolomic and genomic links in the NPLinker framework using complementary scoring functions
Eldjarn, G. H., Ramsay, A., Van Der Hooft, J. J. J., Duncan, K. R., Soldatou, S., Rousu, J., Daly, R., Wandy, J. & Rogers, S., toukok. 2021, julkaisussa: PLoS computational biology. 17, 5, s. 1-24 24 Sivumäärä, e1008920.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto19 Sitaatiot (Scopus)90 Lataukset (Pure) -
Systematic classification of unknown metabolites using high-resolution fragmentation mass spectra
Dührkop, K., Nothias, L. F., Fleischauer, M., Reher, R., Ludwig, M., Hoffmann, M. A., Petras, D., Gerwick, W. H., Rousu, J., Dorrestein, P. C. & Böcker, S., huhtik. 2021, julkaisussa: NATURE BIOTECHNOLOGY. 39, 4, s. 462–471 10 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
203 Sitaatiot (Scopus) -
2020
A Solution for Large Scale Nonlinear Regression with High Rank and Degree at Constant Memory Complexity via Latent Tensor Reconstruction
Szedmak, S., Cichonska, A., Julkunen, H., Pahikkala, T. & Rousu, J., 2020, (Hyväksytty/In press) julkaisussa: arXiv.org. cs.LG, 2005.01538, s. 1-14 14 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific
-
Learning Output Embeddings in Structured Prediction
Brogat-Motte, L., Rudi, A., Brouard, C., Rousu, J. & d'Alché-Buc, F., 2020, (Hyväksytty/In press) julkaisussa: arXiv.org. 2007:14703Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific
-
Leveraging multi-way interactions for systematic prediction of pre-clinical drug combination effects
Julkunen, H., Cichonska, A., Gautam, P., Szedmak, S., Douat, J., Pahikkala, T., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 jouluk. 2020, julkaisussa: Nature Communications. 11, 1, 11 Sivumäärä, 6136.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto44 Sitaatiot (Scopus)51 Lataukset (Pure) -
Probabilistic Framework for Integration of Mass Spectrum and Retention Time Information in Small Molecule Identification
Bach, E., Rogers, S., Williamson, J. & Rousu, J., 27 marrask. 2020, julkaisussa: Bioinformatics. 37, 12, s. 1724-1731 8 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto5 Sitaatiot (Scopus)65 Lataukset (Pure) -
Substrate specificity of 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase (DERA) assessed by different protein engineering and machine learning methods
Voutilainen, S., Heinonen, M., Andberg, M., Jokinen, E., Maaheimo, H., Pääkkönen, J., Hakulinen, N., Rouvinen, J., Lähdesmäki, H., Kaski, S., Rousu, J., Penttilä, M. & Koivula, A., jouluk. 2020, julkaisussa: Applied Microbiology and Biotechnology. 104, 24, s. 10515-10529 15 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto17 Sitaatiot (Scopus)75 Lataukset (Pure) -
Systematic mapping of cancer cell target dependencies using high-throughput drug screening in triple-negative breast cancer
Wang, T., Gautam, P., Rousu, J. & Aittokallio, T., tammik. 2020, julkaisussa: Computational and Structural Biotechnology Journal. 18, s. 3819-3832 14 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto4 Sitaatiot (Scopus)62 Lataukset (Pure) -
2019
Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings
Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäk. 2019, julkaisussa: Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto13 Sitaatiot (Scopus)125 Lataukset (Pure) -
Improved Small Molecule Identification through Learning Combinations of Kernel Regression Models
Brouard, C., Basse, A., d'Alche-Buc, F. & Rousu, J., elok. 2019, julkaisussa: METABOLITES. 9, 8, 14 Sivumäärä, 160.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto11 Sitaatiot (Scopus)153 Lataukset (Pure) -
Large-Scale Sparse Kernel Canonical Correlation Analysis
Uurtio, V., Bhadra, S. & Rousu, J., 2019, 36th International Conference on Machine Learning, ICML 2019. JMLR, s. 6383-6391 9 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 97).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto58 Lataukset (Pure) -
SIRIUS 4: a rapid tool for turning tandem mass spectra into metabolite structure information
Dührkop, K., Fleischauer, M., Ludwig, M., Aksenov, A. A., Melnik, A. V., Meusel, M., Dorrestein, P. C., Rousu, J. & Böcker, S., 1 huhtik. 2019, julkaisussa: Nature Methods. 16, 4, s. 299-302 4 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto599 Sitaatiot (Scopus)1334 Lataukset (Pure) -
2018
Analysis of fluxomic experiments with principal metabolic flux mode analysis
Bhadra, S. & Rousu, J., 1 tammik. 2018, Methods in Molecular Biology. Mamitsuka, H. (toim.). Springer, s. 141-161 21 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Chapter › Scientific › vertaisarvioitu
1 Sitaatiot (Scopus) -
Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction
Cichonska, A., Pahikkala, T., Szedmak, S., Julkunen, H., Airola, A., Heinonen, M., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 heinäk. 2018, julkaisussa: Bioinformatics. 34, 13, s. i509-i518Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto37 Sitaatiot (Scopus)146 Lataukset (Pure) -
Liquid-chromatography retention order prediction for metabolite identification
Bach, E., Szedmak, S., Brouard, C., Boecker, S. & Rousu, J., 1 syysk. 2018, julkaisussa: Bioinformatics. 34, 17, s. 875-883 9 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto37 Sitaatiot (Scopus)110 Lataukset (Pure) -
Principal metabolic flux mode analysis
Bhadra, S., Blomberg, P., Castillo, S. & Rousu, J., 2018, julkaisussa: Bioinformatics. 34, 14, s. 2409-2417Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto174 Lataukset (Pure) -
Sparse Non-linear CCA through Hilbert-Schmidt Independence Criterion
Uurtio, V., Bhadra, S. & Rousu, J., 2018, 2018 IEEE International Conference on Data Mining, ICDM 2018. IEEE, s. 1278-1283 6 Sivumäärä 8594981Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto5 Sitaatiot (Scopus)235 Lataukset (Pure) -
2017
A Tutorial on Canonical Correlation Methods
Uurtio, V., Monteiro, J. M., Kandola, J., Shawe-Taylor, J., Fernandez-Reyes, D. & Rousu, J., 2017, julkaisussa: ACM Computing Surveys. 50, 6, s. 1-33 95.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
-
CamOptimus: a tool for exploiting complex adaptive evolution to optimize experiments and processes in biotechnology
Cankorur-Cetinkaya, A., Dias, J. M. L., Kludas, J., Slater, N. K. H., Rousu, J., Oliver, S. G. & Dikicioglu, D., 2017, julkaisussa: MICROBIOLOGY. 163, 6, s. 829-839 11 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto8 Sitaatiot (Scopus)90 Lataukset (Pure) -
Computational-experimental approach to drug-target interaction mapping: A case study on kinase inhibitors
Cichonska, A., Ravikumar, B., Parri, E., Timonen, S., Pahikkala, T., Airola, A., Wennerberg, K., Rousu, J. & Aittokallio, T., 1 elok. 2017, julkaisussa: PLoS computational biology. 13, 8, s. 1-28 e1005678.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto68 Sitaatiot (Scopus)211 Lataukset (Pure) -
Critical Assessment of Small Molecule Identification 2016: automated methods
Schymanski, E. L., Ruttkies, C., Krauss, M., Brouard, C., Kind, T., Dührkop, K., Allen, F., Vaniya, A., Verdegem, D., Böcker, S., Rousu, J., Shen, H., Tsugawa, H., Sajed, T., Fiehn, O., Ghesquière, B. & Neumann, S., 27 maalisk. 2017, julkaisussa: JOURNAL OF CHEMINFORMATICS. 9, 1, 22.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto109 Sitaatiot (Scopus)166 Lataukset (Pure) -
Magnitude-preserving ranking for structured outputs
Brouard, C., Bach, E., Böcker, S. & Rousu, J., 1 tammik. 2017, julkaisussa: Journal of Machine Learning Research. 77, s. 407-422 16 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Conference article › Scientific › vertaisarvioitu
12 Sitaatiot (Scopus) -
Magnitude-Preserving Ranking for Structured Outputs
Brouard, C., Bach, E., Böcker, S. & Rousu, J., 3 marrask. 2017, Proceedings of the Ninth Asian Conference on Machine Learning. Zhang, M-L. & Noh, Y-K. (toim.). JMLR, s. 407-422 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 77).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto31 Lataukset (Pure) -
Multi-view kernel completion
Bhadra, S., Kaski, S. & Rousu, J., toukok. 2017, julkaisussa: Machine Learning. 106, 5, s. 713–739Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto33 Sitaatiot (Scopus)246 Lataukset (Pure) -
Predicting Protein Producibility In Filamentous Fungi
Dykstra, K., Rousu, J. & Arvas, M., 2017, Cold Spring Harbor Laboratory Press, s. 1-18.Tutkimustuotos: Työpaperi › Working paper › Professional
-
Principal Metabolic Flux Mode Analysis
Bhadra, S., Blomberg, P., Castillo, S. & Rousu, J., 2017, julkaisussa: bioRxiv.org. s. 163055 7 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific
Open access -
2016
Computational Metabolomics (Dagstuhl Seminar 15492)
Böcker, S., Rousu, J. & Schymanski, E., 2016, julkaisussa: Dagstuhl Reports. 5, 11, s. 180-192 13 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific
Open accessTiedosto98 Lataukset (Pure) -
Fast metabolite identification with Input Output Kernel Regression
Brouard, C., Shen, H., Dührkop, K., d'Alché-Buc, F., Böcker, S. & Rousu, J., 15 kesäk. 2016, julkaisussa: Bioinformatics. 32, 12, s. 28-36Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto53 Sitaatiot (Scopus)49 Lataukset (Pure) -
Generating data to improve protein stability prediction
Heinonen, M., Jokinen, E., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 2016, Patenttinumero Provisional US 62/361511Tutkimustuotos: Patentti › Patent
-
Machine learning of protein interactions in fungal secretory pathways
Kludas, J., Arvas, M., Castillo, S., Pakula, T., Oja, M., Brouard, C., Jäntti, J., Penttilä, M. & Rousu, J., 1 heinäk. 2016, julkaisussa: PloS one. 11, 7, s. 1-20 20 Sivumäärä, e0159302.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto7 Sitaatiot (Scopus)159 Lataukset (Pure) -
metaCCA: summary statistics-based multivariate meta-analysis of genome-wide association studies using canonical correlation analysis
Cichonska, A., Rousu, J., Marttinen, P., Kangas, A. J., Soininen, P., Lehtimaki, T., Raitakari, O., Jarvelin, M-R., Salomaa, V., Ala-Korpela, M., Ripatti, S. & Pirinen, M., 1 heinäk. 2016, julkaisussa: Bioinformatics. 32, 13, s. 1981-1989 9 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto76 Sitaatiot (Scopus)105 Lataukset (Pure) -
Non-Stationary Gaussian Process Regression with Hamiltonian Monte Carlo
Heinonen, M., Mannerström, H., Rousu, J., Kaski, S. & Lähdesmäki, H., 2016, Proceedings of the 19th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics: JMLR: W&CP. JMLR, s. 732-740 9 Sivumäärä ( JMLR: Workshop and Conference Proceedings; Vuosikerta 51).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
-
Profiling persistent tubercule bacilli from patient sputa during therapy predicts early drug efficacy
Honeyborne, I., McHugh, T. D., Kuittinen, I., Cichonska, A., Evangelopoulos, D., Ronacher, K., van Helden, P. D., Gillespie, S. H., Fernandez-Reyes, D., Walzl, G., Rousu, J., Butcher, P. D. & Waddell, S. J., 7 huhtik. 2016, julkaisussa: BMC Medicine. 14, 1, s. 1-13 68.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto31 Sitaatiot (Scopus)140 Lataukset (Pure) -
Selected proceedings of Machine Learning in Systems Biology: MLSB 2016
van Dijk, A. D. J., Lähdesmäki, H., de Ridder, D. & Rousu, J., jouluk. 2016, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 17Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Special issue › Scientific › vertaisarvioitu
-
Selected proceedings of Machine Learning in Systems Biology: MLSB 2016
van Dijk, A. D. J., Lähdesmäki, H., de Ridder, D. & Rousu, J., 13 jouluk. 2016, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 17, Supplement 16, 2 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Editorial › Scientific
Open accessTiedosto4 Sitaatiot (Scopus)118 Lataukset (Pure) -
Soft Kernel Target Alignment for Two-stage Multiple Kernel Learning
Shen, H., Szedmak, S., Brouard, C. & Rousu, J., lokak. 2016, Discovery Science: 19th International Conference, DS 2016, Bari, Italy, October 19–21, 2016, Proceedings. Calders, T., Ceci, M. & Malerba, D. (toim.). 1 toim. Springer, Vuosikerta 9956. s. 427-441 (Lecture Notes in Artificial Intelligence; Vuosikerta 9956).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
-
Synthetic transcription amplifier system for orthogonal control of gene expression in saccharomyces cerevisiae
Rantasalo, A., Czeizler, E., Virtanen, R., Rousu, J., Lähdesmäki, H., Penttilä, M., Jäntti, J. & Mojzita, D., 1 helmik. 2016, julkaisussa: PloS one. 11, 2, s. 1-19 e0148320.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto26 Sitaatiot (Scopus)191 Lataukset (Pure) -
2015
Canonical Correlation Methods for Exploring Microbe-Environment Interactions in Deep Subsurface
Uurtio, V., Bomberg, M., Nybo, K., Itävaara, M. & Rousu, J., 2015, 18th International Conference on Discovery Science, Banff, Canada, October 4-6, 2015. Springer, s. 299-307Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
2 Sitaatiot (Scopus) -
Identification of drug candidates and repurposing opportunities through compound-target interaction networks
Cichonska, A., Rousu, J. & Aittokallio, T., 2015, julkaisussa: EXPERT OPINION ON DRUG DISCOVERY. 10, 12, s. 1333-1345Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Review Article › vertaisarvioitu
49 Sitaatiot (Scopus) -
Meat Processing Plant Microbiome and Contamination Patterns of Cold-Tolerant Bacteria Causing Food Safety and Spoilage Risks in the Manufacture of Vacuum-Packaged Cooked Sausages
Hultman, J., Rahkila, R., Ali, J., Rousu, J. & Bjorkroth, K. J., 2015, julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology. 81, 20, s. 7088-7097Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
102 Sitaatiot (Scopus) -
Multilabel Classification through Random Graph Ensembles
Su, H. & Rousu, J., 2015, julkaisussa: Machine Learning. 99, 2, s. 231-256 26 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
11 Sitaatiot (Scopus) -
Optimization of environmental parameters for improving recombinant protein production by the host Komagataella (Pichia) pastoris
Cankorur-Cetinkaya, A., Dikicioglu, D., Kludas, J., Rousu, J. & Oliver, S. G., 2015, s. pp. S148-S148.Tutkimustuotos: Työpaperi › Working paper › Professional
-
Search engine targets metabolites using MS
Rousu, J., jouluk. 2015, julkaisussa: TRAC-TRENDS IN ANALYTICAL CHEMISTRY. 74, 1 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Comment/debate › Scientific