Tutkimustuotoksia vuodessa
Henkilökohtainen profiili
Tutkimusalue
I am interested in developing principled machine learning methods, models and tools for computational and data science. My methods toolbox is primarily built on regularised learning, kernels and sparsity, as well as efficient convex/non-convex optimisation methods. My favourite topics include learning with multiple and structured targets, multiple views and ensembles. Applications of interest include metabolomics, biomedicine, pharmacology and synthetic biology.
Koulutus / tieteellinen pätevyys
Fil. toht., tietojenkäsittelytiede
Keywords
- Algorithms
- Metabolomics
- Graph and network data
- Structured prediction
- Kernel methods
- Machine learning
Sormenjälki Sukella tutkimusaiheisiin, joissa Juho Rousu on aktiivinen. Nämä aihemerkinnät ovat peräisin tämän henkilön teoksista. Yhdessä ne muodostavat ainutlaatuisen sormenjäljen.
- 1 Samanlaiset profiilit
Verkko
Viimeisin maatasolla toteutettu yhteistyö. Saat syvempiä lisätietoja pisteitä napsauttamalla.
Tutkimustuotos
Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings
Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open access
Tiedosto
Improved Small Molecule Identification through Learning Combinations of Kernel Regression Models
Brouard, C., Basse, A., d'Alche-Buc, F. & Rousu, J., elokuuta 2019, julkaisussa : METABOLITES. 9, 8, 14 Sivumäärä, 160.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open access
Tiedosto
Large-Scale Sparse Kernel Canonical Correlation Analysis
Uurtio, V., Bhadra, S. & Rousu, J., 2019, 36th International Conference on Machine Learning, ICML 2019. s. 6383-6391 9 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 97).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
Open access
Tiedosto
7
Lataukset
(Pure)
SIRIUS 4: a rapid tool for turning tandem mass spectra into metabolite structure information
Dührkop, K., Fleischauer, M., Ludwig, M., Aksenov, A. A., Melnik, A. V., Meusel, M., Dorrestein, P. C., Rousu, J. & Böcker, S., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Nature Methods. 16, 4, s. 299-302 4 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open access
Tiedosto
Analysis of fluxomic experiments with principal metabolic flux mode analysis
Bhadra, S. & Rousu, J., 1 tammikuuta 2018, Methods in Molecular Biology. Mamitsuka, H. (toim.). s. 141-161 21 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Chapter › Scientific › vertaisarvioitu
Projektit
Koneoppimismenetelmät antibioottiresistenssin digitaalisessa diagnoosissa
Rousu, J., Huusari, R. & Xiang, W.
01/01/2020 → 31/12/2022
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
Koneoppimismenetelmät laskennallisessa metabolomiikassa
Rousu, J., Bach, E., Brouard, C., Sabzevari, M. & Huusari, R.
01/09/2017 → 31/08/2021
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
AI4SynBio: Artificial Intelligence for SynBio Powerhouse
01/07/2018 → 31/12/2019
Projekti: Other external funding: Other public funding
Tensoripohjainen koneoppiminen biolääketieteessä
Rousu, J., Mapar, P., Uurtio, V., Shadbahr, T., Sabzevari, M. & Julkunen, H.
01/01/2018 → 31/12/2019
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
Datalähtöinen päätöksenteko digitaalisessa terveydenhuollossa
Rousu, J., Mapar, P., Sivula, T., Cichonska, A., Nguyen Van, L., Brouard, C., Szedmak, S. & Julkunen, H.
01/01/2016 → 21/09/2018
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
Tietoaineistot
Data Used In "Fast Metabolite Identification With Input Output Kernel Regression"
Brouard, C. (Contributor), 1 tammikuuta 2017
DOI - pysyväislinkki: 10.5281/zenodo.804240, https://zenodo.org/record/804240
Tietoaineisto: Dataset
Data Used In "Fast Metabolite Identification With Input Output Kernel Regression"
Brouard, C. (Contributor), 1 tammikuuta 2017
DOI - pysyväislinkki: 10.5281/zenodo.804241, https://zenodo.org/record/804241
Tietoaineisto: Dataset
Profiling persistent tubercule bacilli from patient sputa during therapy predicts early drug efficacy
Honeyborne, I. (Contributor), 1 tammikuuta 2016
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3628568.v1, https://figshare.com/collections/Profiling_persistent_tubercule_bacilli_from_patient_sputa_during_therapy_predicts_early_drug_efficacy/3628568/1
Tietoaineisto: Dataset
Critical Assessment of Small Molecule Identification 2016: automated methods
Schymanski, E. L. (Contributor), 1 tammikuuta 2017
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3727522.v1, https://figshare.com/collections/Critical_Assessment_of_Small_Molecule_Identification_2016_automated_methods/3727522/1
Tietoaineisto: Dataset
CamOptimus
Cankorur-Cetinkaya, A. (Contributor), Apollo - University of Cambridge Repository , 1 tammikuuta 2016
DOI - pysyväislinkki: 10.17863/cam.10257, https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/265930
Tietoaineisto: Dataset
Palkinnot
Best paper award, International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Valencia, Spain
Juho Rousu (Recipient), 2010
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
PhD thesis award
Juho Rousu (Supervisor) & Huibin Shen (Recipient), 11 toukokuuta 2018
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
Second place in Critical Assesment of Metabolite Identification (CASMI) contest 2016
Juho Rousu (Recipient), Kai Duehrkop (Recipient), Sebastian Böcker (Recipient), Huibin Shen (Recipient) & Marvin Meusel (Recipient), 6 toukokuuta 2016
Palkinto: Sijoittuminen kilpailussa tai osallistuminen kutsukilpailuun
Semi-Finalist in Helsinki Challenge competition
Juho Rousu (Recipient), 2017
Palkinto: Sijoittuminen kilpailussa tai osallistuminen kutsukilpailuun
Winner in Critical Assesment of Metabolite Identification (CASMI) contest 2016
Juho Rousu (Recipient), Celine Brouard (Recipient), Huibin Shen (Recipient), Sebastian Böcker (Recipient) & Kai Duehrkop (Recipient), 6 toukokuuta 2016
Palkinto: Sijoittuminen kilpailussa tai osallistuminen kutsukilpailuun
Aktiviteetit
Predicting Drug Interactions with Kernel Methods
Juho Rousu (Puhuja)27 toukokuuta 2019
Aktiviteetti: Julkinen esitelmä
Sparse Non-linear Canonical Correlation Analysis
Juho Rousu (Puhuja)2 toukokuuta 2019
Aktiviteetti: Julkinen esitelmä
Predicting multi-view and structured data with kernel methods
Juho Rousu (Puhuja)1 toukokuuta 2019
Aktiviteetti: Julkinen esitelmä
Predicting multi-view and structured data with kernel methods
Juho Rousu (Puhuja)10 toukokuuta 2019
Aktiviteetti: Julkinen esitelmä
University of Glasgow
Juho Rousu (Visiting researcher)8 huhtikuuta 2019 → 20 kesäkuuta 2019
Aktiviteetti: Vierailu ulkomaille
Lehtileikkeet
Principal Metabolic Flux Mode Analysis
06/02/2018
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
UEF researchers compete in semi-finals of Helsinki Challenge
19/01/2017
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
Big Data can help leukemia patients and prematurely born babies
16/01/2016
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
Search engine for more accurate and fast recognition of metabolites
01/10/2015
2 kohdetta/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa