Valokuva Jorma Tarhio
20002021

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Hakutulokset

  • 2021

    Approximate String Matching with SIMD

    Fiori, F. J., Pakalen, W. & Tarhio, J., 23 helmik. 2021, julkaisussa: The Computer Journal. bxaa193.

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    1 Sitaatiot (Scopus)
  • Pitfalls of Algorithm Comparison

    Pakalen, W., Peltola, H., Tarhio, J. & Watson, B., 2021, Proceedings of the Prague Stringology Conference 2021. Holub, J. & Zdarek, J. (toim.). Prague: Czech Technical University, s. 16-29

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • Searching with Extended Guard and Pivot Loop

    Pakalen, W., Tarhio, J. & Watson, B., 2021, Proceedings of the Prague Stringology Conference 2021. Holub, J. & Zdarek, J. (toim.). Czech Technical University, s. 90-102

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • 2020

    Improved online algorithms for jumbled matching

    Ghuman, S. S., Tarhio, J. & Chhabra, T., 15 maalisk. 2020, julkaisussa: Discrete Applied Mathematics. 274, s. 54-66 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

  • Tune-up for the Dead-Zone algorithm

    Tarhio, J. & Watson, B., 2020, Proceedings of the Prague Stringology Conference 2020. Holub, J. & Zdarek, J. (toim.). Prague: Czech Technical University, s. 160-167 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • 2019

    Kuntoapuri hahmottaa tavoitteet

    Muzsik, D. & Tarhio, J., syysk. 2019, IT-lehti, 79, 6, s. 81 1 Sivumäärä.

    Tutkimustuotos: Erikoisjulkaisun kappaleArtikkeliGeneral public

  • Lyndon Factorization Algorithms for Small Alphabets and Run-Length Encoded Strings

    Ghuman, S. S., Giaquinta, E. & Tarhio, J., kesäk. 2019, julkaisussa: ALGORITHMS. 12, 6, 11 Sivumäärä, 124.

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
    81 Lataukset (Pure)
  • 2017

    Bit-parallel approximate matching of circular strings with k mismatches

    Hirvola, T. & Tarhio, J., jouluk. 2017, julkaisussa: ACM Journal of Experimental Algorithmics. 22, 1, s. 1-12 12 Sivumäärä, 1.5.

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    6 Sitaatiot (Scopus)
  • Counting mismatches with SIMD

    Fiori, F., Pakalén, W. & Tarhio, J., 2017, Proceedings of the Prague Stringology Conference 2017. Holub, J. & Zdarek, J. (toim.). Czech Technical University, s. 51-61

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • Engineering order-preserving pattern matching with SIMD parallelism

    Chhabra, T., Faro, S., Külekci, M. O. & Tarhio, J., toukok. 2017, julkaisussa: SOFTWARE-PRACTICE AND EXPERIENCE. 47, 5, s. 731–739

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
    12 Sitaatiot (Scopus)
    132 Lataukset (Pure)
  • Technology beats algorithms (in exact string matching)

    Tarhio, J., Holub, J. & Giaquinta, E., 2017, julkaisussa: SOFTWARE-PRACTICE AND EXPERIENCE. 47, 12, s. 1877–1885

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
    3 Sitaatiot (Scopus)
    164 Lataukset (Pure)
  • 2016

    A filtration method for order-preserving matching

    Chhabra, T. & Tarhio, J., 1 helmik. 2016, julkaisussa: Information Processing Letters. 116, 2, s. 71-74 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    Open access
    Tiedosto
    16 Sitaatiot (Scopus)
    121 Lataukset (Pure)
  • Jumbled matching with SIMD

    Ghuman, S. & Tarhio, J., 2016, Prague Stringology Conference 2016, August 29-31, 2016. Holub, J. & Zdarek, J. (toim.). Prague, Czech Republic: Czech Technical University, s. 114-124

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • 2015

    Alternative Algorithms for Order-Preserving Matching

    Chhabra, T., Kulekci, M. O. & Tarhio, J., 2015, Prague Stringology Conference 2015, Prague, Czech Republic, August 24-26, 2015. Jan Holub, J. Z. (toim.). s. 36-46

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    17 Sitaatiot (Scopus)
  • Filtration Algorithms for Approximate Order-Preserving Matching

    Chhabra, T., Giaquinta, E. & Tarhio, J., 2015, 22nd International Symposium on String Processing and Information Retrieval, London, UK, September 1-4, 2015. s. 177-187

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    10 Sitaatiot (Scopus)
  • Tuning Algorithms for Jumbled Matching

    Chhabra, T., Ghuman, S. S. & Tarhio, J., 2015, Prague Stringology Conference 2015, August 24-26, 2015Prague, Czech Republic,. Holub, J. & Zdarek, J. (toim.). s. 57-66

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    2 Sitaatiot (Scopus)
  • 2014

    Alternative algorithms for Lyndon factorization

    Ghuman, S. S., Giaquinta, E. & Tarhio, J., 2014, 13th Prague Stringology Conference, Prague, Czech Republic, September 1-3, 2014. s. 169-178 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    6 Sitaatiot (Scopus)
  • Approximate online matching of circular strings.

    Hirvola, T. & Tarhio, J., 2014, Symposium on Experimental Algorithms, Copenhagen, Denmark, 29 June - 1 July, 2014. s. 315-325

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    7 Sitaatiot (Scopus)
  • Improved Two-Way Bit-parallel Search

    Durian, B., Chhabra, T., Ghuman, S. S., Hirvola, T., Peltola, H. & Tarhio, J., 2014, PSC 2014, the Prague Stringology Conference 2014, Prague, Czech Republic; September 13, 2014. Holub, J. & Zdárek, J. (toim.). Prague, s. 7183

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    8 Sitaatiot (Scopus)
  • Order-preserving matching with filtration.

    Chhabra, T. & Tarhio, J., 2014, Symposium on Experimental Algorithms, Copenhagen, Denmark, June 29 - July 1, 2014. s. 307-314

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    18 Sitaatiot (Scopus)
  • Speeding up Compressed Matching with SBNDM2

    Pollari-Malmi, K., Rautio, J. & Tarhio, J., 2014, Prague Stringology Conference, Prague, Czech Republic, September 1-3, 2014. Holub, J. & Zdárek, J. (toim.). Prague, s. 110-123

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • String Matching with Lookahead

    Peltola, H. & Tarhio, J., 2014, julkaisussa: Discrete Applied Mathematics. 163, 3, s. 352-360

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    6 Sitaatiot (Scopus)
  • 2012

    Indexed Multi-Pattern Matching

    Gagie, T., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V., Salmela, L. & Tarhio, J., 2012, 10th Latin American Theoretical Informatics Symposium (LATIN); Arequipa, Peru; April 16-20, 2012. Fernandez-Baca, D. (toim.). Heidelberg, Germany, s. 399-407

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    4 Sitaatiot (Scopus)
  • String matching with alphabet sampling

    Claude, F., Navarro, G., Peltola, H., Salmela, L. & Tarhio, J., 2012, julkaisussa: Journal of Discrete Algorithms. 11, s. 37-50

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    14 Sitaatiot (Scopus)
  • 2011

    Exact search algorithms for biological sequences

    Rivals, E., Salmela, L. & Tarhio, J., 2011, Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications. Elloumi, M. Z. (toim.). Hoboken, New Jersey: JOHN WILEY & SONS, s. 91-111

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

  • GAST, a Genomic Alignment Search Tool

    Karhu, K., Mäkinen, J., Rautio, J., Salamon, H. & Tarhio, J., 2011, International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. Rome, Italy, 28-29 January, 2011. SciTePress, s. 82-90

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • Variations of Forward-SBNDM

    Peltola, H. & Tarhio, J., 2011, PSC 2011, the Prague Stringology Conference 2011, Prague, Czech Republicon August 2931, 2011. Holub, J. & Zdárek, J. (toim.). Prague, Czech Republic, s. 3-14

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    21 Sitaatiot (Scopus)
  • 2010

    Approximate Boyer-Moore string matching for small alphabets

    Salmela, L., Tarhio, J. & Kalsi, P., 2010, julkaisussa: Algorithmica. 58, 3, s. 591609

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    8 Sitaatiot (Scopus)
  • Approximate string matching with reduced alphabet

    Salmela, L. & Tarhio, J., 2010, Algorithms and Applications.Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday.Lecture Notes in Computer Science, Volume 6060. Elomaa, T., Mannila, H. & Orponen, P. (toim.). Berlin - Heidelberg, s. 210220

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

    1 Sitaatiot (Scopus)
  • Bit-Parallel Search Algorithms for Long Patterns

    Durian, B., Peltola, H., Salmela, L. & Tarhio, J., 2010, 9th International Symposium on Experimental Algorithms.Ischia Island, Naples, Italy.May 20-22, 2010. Festa, P. (toim.). Berlin, Heidelberg, Germany, s. 129-140

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    31 Sitaatiot (Scopus)
  • Identifying human miRNA targets with a genetic algorithm

    Karhu, K., Khuri, S., Mäkinen, J. & Tarhio, J., 2010, International Symposium on Biocomputing, Calicut, Kerala, India, February 15-17, 2010. Tulpan, D., Palakal, M., Abdul Nazeer, K. & Aswati Nair, R. (toim.). New York, NY, USA: ACM, s. Article No. 30

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    1 Sitaatiot (Scopus)
  • Improving practical exact string matching

    Durian, B., Holub, J., Peltola, H. & Tarhio, J., 2010, julkaisussa: Information Processing Letters. 110, 4, s. 148-153

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    42 Sitaatiot (Scopus)
  • Kaksikymmentä vuotta Tietojenkäsittelytiede-lehteä

    Tarhio, J., 2010, julkaisussa: Tietojenkäsittelytiede. 31, s. 4

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientific

  • PMSGA: A fast DNA fragment assembler

    Mäkinen, J., Tarhio, J. & Khuri, S., 2010, International Conference on Bioinformatics, Valencia, Spain, January 20-23, 2010. Fred, A. E. A. (toim.). INSTICC, s. 7782

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • 2009

    Linjauksia

    Tarhio, J., 2009, julkaisussa: Tietojenkäsittelytiede. 29, s. 4-5

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleProfessional

  • MPSCAN: fast localisation of multiple reads in genomes

    Rivals, E., Salmela, L., Kiiskinen, P., Kalsi, P. & Tarhio, J., 2009, WABI 2009, 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Philadelphia, USA, September 12-13. Salzberg, S. L. & Warnow, T. (toim.). Berlin, Germany, s. 246-260

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    17 Sitaatiot (Scopus)
  • String Processing and Information Retrieval: 16th International Symposium, SPIRE 2009 Saariselkä, Finland, August 25-27, 2009 Proceedings

    Karlgren, J., Tarhio, J. & Hyyrö, H., 2009, Berlin, (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); nro 5721).

    Tutkimustuotos: TyöpaperiWorking paperProfessional

  • Towards automated management of compiler assignments

    Salmela, L., Tarhio, J. & Montonen, T., 2009, International Conference on Computer Supported Education (CSEDU 2009), March 23-26, Lisboa, Portugal. Cordeiro, J., Shishkov, B., Verbraeck, A. & Helfert, M. (toim.). INSTICC, s. 243-249

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    1 Sitaatiot (Scopus)
  • Tuning BNDM with q-Grams

    Durian, B., Holub, J., Peltola, H. & Tarhio, J., 2009, ALENEX09, Tenth Workshop on Algorithm Engineering and Experiments; 3.1.2009; New York Marriott Downtown, New York, New York, U.S.A.. Philadelphia, PA, USA, s. 29-37

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    29 Sitaatiot (Scopus)
  • Using reads to annotate the genome: influence of length, background distribution, and sequence errors on prediction capacity

    Philippe, N., Boureux, A., Bréhélin, L., Tarhio, J., Commes, T. & Rivals, E., 2009, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 37, 15, s. e104

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    15 Sitaatiot (Scopus)
  • 2008

    Exact string matching algorithms for biological sequences

    Kalsi, P., Peltola, H. & Tarhio, J., 2008, BIRD'08, 2nd International Conference on Bioinformatics Research and Development / ALBIO'08, Workshop on Algorithms in Molecular Biology; July 7-9, 2008; Vienna, Austria. Mourad Elloumi, J. K., Michal Linial, R. F. M. & Kristan Schneider, C. T. (toim.). Berlin, s. pages 417-426

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • Fast parameterized matching with q-grams

    Salmela, L. & Tarhio, J., 2008, julkaisussa: Journal of Discrete Algorithms. 6, 3, s. 408-419

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    12 Sitaatiot (Scopus)
  • Semi-automated map generation for concept gaming

    Lahti, L. & Tarhio, J., 2008, IADIS International Conference Gaming 2008 (part of MCCSIS 2008): Design for Engaging Experience and Social Interaction, 25-27 July 2008, Amsterdam, the Netherlands. Xiao, Y. & ten Thij, E. (toim.). s. 36-43

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

  • Speeding up pattern matching by text sampling

    Claude, F., Navarro, G., Peltola, H., Salmela, L. & Tarhio, J., 2008, SPIRE 2008, 15th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Melbourne, Australia, November 10-12. Amir, A., Turpin, A. & Moffat, A. (toim.). Berlin, Germany, s. 87-98

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    2 Sitaatiot (Scopus)
  • 2007

    A framework for research on technology-enhanced special education

    Jormanainen, I., Kärnä-Lin, E., Lahti, L., Pihlainen-Bednarik, K., Sutinen, E., Tarhio, J. & Virnes, M., 2007, s. 54-55, (7th IEEE International Conference on Advanced Learning Technologies, ICALT 2007, July 18-20 2007, Niigata, Japan).

    Tutkimustuotos: TyöpaperiWorking paperProfessional

    1 Sitaatiot (Scopus)
  • Algorithms for Weighted Matching

    Salmela, L. & Tarhio, J., 2007, String Processing and Information Retrieval, Santiago, Chile, October 2007. Ziviani, N. & Baeza-Yates, R. (toim.). Germany, s. 276-286

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    7 Sitaatiot (Scopus)
  • On String Matching in Chunked Texts

    Peltola, H. & Tarhio, J., 2007, Implementation and Application of Automata, 12th International Conference, CIAA 2007; July 16-18, 2007; Prague, Czech Republic. Holub, J. & Zdárek, J. (toim.). Heidelberg, s. 157-167

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    1 Sitaatiot (Scopus)
  • Platform for Elaboration of Search Results

    Korhonen, A., Litola, J. & Tarhio, J., 2007, Web Information Systems and Technologies, March 3-6, Barcelona, Spain. Joaquim Filipe, J. C. (toim.). Portugal, s. 263-269

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

    1 Sitaatiot (Scopus)
  • Transcriptome annotation using tandem SAGE tags

    Rivals, E., Boureux, A., Lejeune, M., Ottones, F., Pérez, O., Tarhio, J., Pierrat, F., Ruffle, F., Commes, T. & Marti, J., 2007, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 35, 17, s. e108

    Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

    5 Sitaatiot (Scopus)
  • Tuning Approximate Boyer-Moore for Gene Sequences

    Kalsi, P., Salmela, L. & Tarhio, J., 2007, String Processing and Information Retrieval, Santiago, Chile, October 2007. Ziviani, N. & Baeza-Yates, R. (toim.). Germany, s. 173-183

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Viestisi lähetys onnistui.
Viestiäsi ei lähetetty, koska tapahtui virhe.