Hiroshi Mamitsuka

FiDiPro professor

  • Puhelin+358504301880
  • Aalto SCI Computer Science Konemiehentie 2

20152020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Tutkimustuotos

2020

FullMeSH: Improving large-scale MeSH indexing with full text

Dai, S., You, R., Lu, Z., Huang, X., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 1 maaliskuuta 2020, julkaisussa : Bioinformatics. 36, 5, s. 1533-1541 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

HPOLabeler: improving prediction of human protein-phenotype associations by learning to rank

Liu, L., Huang, X., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 elokuuta 2020, julkaisussa : Bioinformatics (Oxford, England). 36, 14, s. 4180-4188 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Scalable Probabilistic Matrix Factorization with Graph-­Based Priors

Strahl, J., Peltonen, J., Mamitsuka, H. & Kaski, S., 3 huhtikuuta 2020, Proceedings of AAAI-20, AAAI Conference on Artificial Intelligence. AAAI, s. 5851-5858 8 Sivumäärä (Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence; Vuosikerta 34, nro 4).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

Scaled coupled norms and coupled higher-order tensor completion

Wimalawarne, K., Yamada, M. & Mamitsuka, H., 1 helmikuuta 2020, julkaisussa : Neural Computation. 32, 2, s. 447-484 38 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliLetterScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
17 Lataukset (Pure)
2019

ADAPTIVE: LeArning DAta-dePendenT, concIse molecular VEctors for fast, accurate metabolite identification from tandem mass spectra

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i164-i172 btz319.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
68 Lataukset (Pure)

AttentionXML: Label Tree-based Attention-Aware Deep Model for High-Performance Extreme Multi-Label Text Classification

You, R., Zhang, Z., Wang, Z., Dai, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., joulukuuta 2019, ADVANCES IN NEURAL INFORMATION PROCESSING SYSTEMS 32 (NIPS 2019). Wallach, H., Larochelle, H., Beygelzimer, A., d'Alche-Buc, F., Fox, E. & Garnett, R. (toim.). 11 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems; Vuosikerta 32).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

CalCleaveMKL: a Tool for Calpain Cleavage Prediction

duVerle, D. A. & Mamitsuka, H., 1 tammikuuta 2019, Calpain. s. 121-147 27 Sivumäärä (Methods in molecular biology; Vuosikerta 1915).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Kaski, S. & Marttinen, P., 17 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, s. 1-17 17 Sivumäärä, 2674.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
30 Sitaatiot (Scopus)
98 Lataukset (Pure)

Fast and Robust Multi-View Multi-Task Learning via Group Sparsity

Sun, L., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 2019, Proceedings of the Twenty-Eighth International Joint Conference on Artificial Intelligence, IJCAI 2019, Macao, China, August 10-16, 2019. s. 3499-3505 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

HPOAnnotator: improving large-scale prediction of HPO annotations by low-rank approximation with HPO semantic similarities and multiple PPI networks

Gao, J., Liu, L., Yao, S., Huang, X., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 23 joulukuuta 2019, julkaisussa : BMC Medical Genomics . 12, 14 Sivumäärä, 187.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
20 Lataukset (Pure)
Open access
Tiedosto
145 Lataukset (Pure)

Machine Learning for Marketing

Mamitsuka, H., 9 kesäkuuta 2019, 237 Sivumäärä

Tutkimustuotos: KirjaBookProfessional

Modelling G×E with historical weather information improves genomic prediction in new environments

Gillberg, J., Marttinen, P., Mamitsuka, H. & Kaski, S., 15 lokakuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics (Oxford, England). 35, 20, s. 4045-4052 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
45 Lataukset (Pure)

Multiplicative Sparse Feature Decomposition for Efficient Multi-View Multi-Task Learning

Sun, L., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 2019, Proceedings of the 28th International Joint Conference on Artificial Intelligence, IJCAI 2019. s. 3506-3512 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
1 Sitaatiot (Scopus)

NetGO: improving large-scale protein function prediction with massive network information

You, R., Yao, S., Xiong, Y., Huang, X., Sun, F., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 2 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 47, W1, s. W379-W387

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
8 Sitaatiot (Scopus)
66 Lataukset (Pure)

Recent advances and prospects of computational methods for metabolite identification: a review with emphasis on machine learning approaches

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 27 marraskuuta 2019, julkaisussa : BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. 20, 6, s. 2028-2043 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
26 Lataukset (Pure)
2018

AiProAnnotator: Low-rank Approximation with network side information for high-performance, large-scale human Protein abnormality Annotator

Gao, J., Yao, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 2018, Proceedings - 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2018. s. 13-20 8 Sivumäärä 8621517

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
92 Lataukset (Pure)

Convex Coupled Matrix and tensor completion

Wimalawarne, K., Yamada, M. & Mamitsuka, H., 1 marraskuuta 2018, julkaisussa : Neural Computation. 30, 11, s. 3095-3127 33 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliLetterScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
108 Lataukset (Pure)

Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols

Mamitsuka, H. (toim.), 1 tammikuuta 2018, 2nd toim. (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807)

Tutkimustuotos: KirjaBookProfessional

DrugE-rank: Predicting drug-target interactions by learning to rank

Deng, J., Yuan, Q., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 1 tammikuuta 2018, Methods in Molecular Biology. s. 195-202 8 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Efficient Convex Completion of Coupled Tensors using Coupled Nuclear Norms

Wimalawarne, K. & Mamitsuka, H., 2018, s. 6902-6910. 9 Sivumäärä.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitysScientificvertaisarvioitu

Factor Analysis on a Graph

Karasuyama, M. & Mamitsuka, H., 2018, Proceedings of the Twenty-First International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. Storkey, A. & Perez-Cruz, F. (toim.). s. 1117-1126 (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 84).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Lataukset (Pure)

GOLabeler: Improving sequence-based large-scale protein function prediction by learning to rank

You, R., Zhang, Z., Xiong, Y., Sun, F., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 14, s. 2465-2473 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

26 Sitaatiot (Scopus)

MeSHLabeler and DeepMeSH: Recent progress in large-scale MeSH indexing

Peng, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 1 tammikuuta 2018, Methods in Molecular Biology. s. 203-209 7 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Preface

Mamitsuka, H., 1 tammikuuta 2018, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. 2 toim. s. v-vi (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaForeword / postscriptScientificvertaisarvioitu

SiBIC: A tool for generating a network of biclusters captured by maximal frequent itemset mining

Takahashi, K. I., duVerle, D. A., Yotsukura, S., Takigawa, I. & Mamitsuka, H., 1 tammikuuta 2018, Methods in Molecular Biology. s. 95-111 17 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

SIMPLE Sparse Interaction Model over Peaks of moLEcules for fast, interpretable metabolite identification from tandem mass spectra

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i323-i332 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
54 Lataukset (Pure)

Textbook of Machine Learning and Data Mining: with Bioinformatics Applications

Mamitsuka, H., 12 syyskuuta 2018, 388 Sivumäärä

Tutkimustuotos: KirjaBookProfessional

Ultra High-Dimensional Nonlinear Feature Selection for Big Biological Data

Yamada, M., Tang, J., Lugo-Martinez, J., Hodzic, E., Shrestha, R., Saha, A., Ouyang, H., Yin, D., Mamitsuka, H., Sahinalp, C., Radivojac, P., Menczer, F. & Chang, Y., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering. 30, 7, s. 1352-1365 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

16 Sitaatiot (Scopus)
2017

A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines

Gönen, M., Weir, B. A., Cowley, G. S., Vazquez, F., Guan, Y., Jaiswal, A., Karasuyama, M., Uzunangelov, V., Wang, T., Tsherniak, A., Howell, S., Marbach, D., Hoff, B., Norman, T. C., Airola, A., Bivol, A., Bunte, K., Carlin, D., Chopra, S., Deran, A. & 25 muuta, Ellrott, K., Gopalacharyulu, P., Graim, K., Kaski, S., Khan, S. A., Newton, Y., Ng, S., Pahikkala, T., Paull, E., Sokolov, A., Tang, H., Tang, J., Wennerberg, K., Xie, Y., Zhan, X., Zhu, F., Aittokallio, T., Mamitsuka, H., Stuart, J. M., Boehm, J. S., Root, D. E., Xiao, G., Stolovitzky, G., Hahn, W. C. & Margolin, A. A., 2017, julkaisussa : Cell Systems. 5, 5, s. 485-497

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

8 Sitaatiot (Scopus)

Adaptive edge weighting for graph-based learning algorithms

Karasuyama, M. & Mamitsuka, H., 2017, julkaisussa : Machine Learning. 106, 2, s. 307-335

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
8 Sitaatiot (Scopus)
414 Lataukset (Pure)

Convex factorization machine for toxicogenomics prediction

Yamada, M., Lian, W., Goyal, A., Chen, J., Wimalawarne, K., Khan, S. A., Kaski, S., Mamitsuka, H. & Chang, Y., 13 elokuuta 2017, KDD 2017 - Proceedings of the 23rd ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining. ACM, s. 1215-1224 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

12 Sitaatiot (Scopus)

Generalized Sparse Learning of Linear Models Over the Complete Subgraph Feature Set

Takigawa, I. & Mamitsuka, H., 13 helmikuuta 2017, julkaisussa : IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. 39, 3, s. 617-624 8 Sivumäärä, 7469410.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

3 Sitaatiot (Scopus)
2016

A Robust Convex Formulation for Ensemble Clustering

Gao, J., Yamada, M., Kaski, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., heinäkuuta 2016, Proceedings of the Twenty-Fifth International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-16). Kambhampati, S. (toim.). 2275 East Bayshore Road, Suite 160, Palo Alto CA 94303 USA: AAAI PRESS, s. 1476-1482 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
70 Lataukset (Pure)

DeepMeSH: Deep semantic representation for improving large-scale MeSH indexing

Peng, S., You, R., Wang, H., Zhai, C., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i70-i79 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
38 Sitaatiot (Scopus)
106 Lataukset (Pure)

DrugE-Rank: Improving drug-target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank

Yuan, Q., Gao, J., Wu, D., Zhang, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i18-i27 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
56 Sitaatiot (Scopus)
75 Lataukset (Pure)

New Resistance Distances with Global Information on Large Graphs

Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., toukokuuta 2016, Proceedings of the 19th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. Gretton, A. & Robert, C. C. (toim.). s. 639-647 (JMLR: Workshop and Conference Proceedings; Vuosikerta 51).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
431 Lataukset (Pure)