Harri Lähdesmäki

  • Aalto SCI Computer Science Konemiehentie 2

20082020

Tutkimustuotoksia vuodessa

Jos olet muokannut tietoja Puressa, ne näkyvät pian tässä.

Tutkimustuotos

Suodatin
Conference contribution
2019

A Mathematical Model for Enhancer Activation Kinetics During Cell Differentiation

Nousiainen, K., Intosalmi, J. & Lähdesmäki, H., 1 tammikuuta 2019, Algorithms for Computational Biology - 6th International Conference, AlCoB 2019, Proceedings. Vega-Rodríguez, M. A., Holmes, I. & Martín-Vide, C. (toim.). s. 191-202 12 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 11488 LNBI).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Deep learning with differential Gaussian process flows

Hegde, P., Heinonen, M., Lähdesmäki, H. & Kaski, S., huhtikuuta 2019, The 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistic. Vuosikerta 89. s. 1-15 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 89).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
30 Lataukset (Pure)

ODE2VAE: Deep generative second order ODEs with Bayesian neural networks

Yildiz, C., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 2019, 33rd Conference on Neural Information Processing Systems: NeurIPS 2019 . Neural Information Processing Systems Foundation, (Advances in Neural Information Processing Systems; Vuosikerta 32).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
2018

A Nonparametric Spatio-temporal SDE Model

Yildiz, C., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 2018, NIPS 2018 Spatiotemporal Workshop: 32nd Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2018), Montréal, Canada. Neural Information Processing Systems Foundation, s. 1-5

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Learning Stochastic Differential Equations With Gaussian Processes Without Gradient Matching

Yildiz, C., Heinonen, M., Intosalmi, J., Mannerström, H. & Lähdesmäki, H., 2018, IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing. IEEE, 6 Sivumäärä 8516991

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

3 Sitaatiot (Scopus)

Learning unknown ODE models with Gaussian processes

Heinonen, M., Yildiz, C., Mannerström, H., Intosalmi, J. & Lähdesmäki, H., 2018, Proceedings of the 35th International Conference on Machine Learning, ICML 2018. Vuosikerta 5. s. 3120-3132 13 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 80).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
23 Lataukset (Pure)
2016

Non-Stationary Gaussian Process Regression with Hamiltonian Monte Carlo

Heinonen, M., Mannerström, H., Rousu, J., Kaski, S. & Lähdesmäki, H., 2016, Proceedings of the 19th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics: JMLR: W&CP. JMLR, s. 732-740 9 Sivumäärä ( JMLR: Workshop and Conference Proceedings; Vuosikerta 51).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2015

A probabilistic method for quantifying chromatin interactions

Halla-Aho, V., Mannerström, H. & Lähdesmäki, H., 2015, Machine Learning in Computational Biology: A workshop at the Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2015) .

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

2013

Active learning for Bayesian network models of biological networks using structure priors

Larjo, A. & Lähdesmäki, H., 2013, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, Houston, TX, USA, November 17-19, 2013.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2011

Integrated views into cancer regulomes reveal regulatory hot spots

Erkkilä, T., Kreisberg, R., Reynolds, S., Thorsson, V., Lin, J., Torkkola, K., Bressler, R., Bernard, B., Ruusuvuori, P., Annala, M., Leinonen, K., Ylipää, A., Yli-Harja, O., Boyle, J., Nykter, M., Lähdesmäki, H. & Shmulevich, I., 2011, The 11th SocBiN Conference, Helsinki, Finland.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Integrated Views into Cancer Regulomes Reveal Regulatory Hot Spots

Erkkilä, T., Kreisberg, R., Reynolds, S., Thorsson, V., Bernard, B., Bressler, R., Ruusuvuori, P., Annala, M., Ylipää, A., Yli-Harja, O., Boyle, J., Nykter, M., Lähdesmäki, H. & Shmulevich, I., 2011, Eight International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

RF-ACE for uncovering nonlinear associations from heterogeneous cancer data

Erkkilä, T., Reynolds, S., Torkkola, K., Lin, J., May, P., Sorsa, S., Bernard, B., Norberg, A., Robinson, T., Eakin, A., Bressler, R., Kreisberg, R., Leinonen, K., Rovira, H., Thorsson, V., Yli-Harja, O., Lähdesmäki, H. & Shmulevich, I., 2011, The Cancer Genome Atlas' 1st Annual Scientific Symposium, Maryland, USA.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

SNP genotype effects on gene and transcript expression variation in human embryonic and induced pluripotent stem cells

Laurila, K., Närvä, E., Hussein, S., Otonkoski, T., Lahesmaa, R. & Lähdesmäki, H., 2011, The 11th SocBiN Conference, Helsinki, Finland.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

2010

A linear model for transcription factor binding affinity prediction in PBM microarrays

Annala, M., Laurila, K., Nykter, M. & Lähdesmäki, H., 2010, RECOMB The 7th Annual RECOMB Satellite on Regulatory Genomics, the 6th Annual RECOMB Satellite on Systems Biology, and the 5th Annual DREAM reverse engineering challenges.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Comparing multiple time-course differentiation profiles of human T helper cells using a Bayesian approach

Äijö, T., Lönnberg, T., Edelman, S., Tuomela, S., Järvenpää, H., Lahesmaa, R. & Lähdesmäki, H., 2010, RECOMB The 7th Annual RECOMB Satellite on Regulatory Genomics, the 6th Annual RECOMB Satellite on Systems Biology, and the 5th Annual DREAM reverse engineering challenges.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Cross-species comparison of STAT6 transcription factor regulation in mice and human

Laurila, K., Vahedi, G., Kanno, Y., Lahesmaa, R., OShea, J. J. & Lähdesmäki, H., 2010, RECOMB The 7th Annual RECOMB Satellite on Regulatory Genomics, the 6th Annual RECOMB Satellite on Systems Biology, and the 5th Annual DREAM reverse engineering challenges.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Effects of endocrine therapy on mRNA and microRNA expression profiles in prostate cancer

Lehmusvaara, S., Erkkilä, T., Lähdesmäki, H., Kujala, P., Tammela, T. L. J. & Visakorpi, T., 2010, The AACR 101st Annual Meeting 2010.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Efficient learning of signaling network model structures using Bayesian networks

Larjo, A. & Lähdesmäki, H., 2010, RECOMB The 7th Annual RECOMB Satellite on Regulatory Genomics, the 6th Annual RECOMB Satellite on Systems Biology, and the 5th Annual DREAM reverse engineering challenges.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Inferring genetic regulatory interactions from time-collapsed Boolean summary variables

Erkkilä, T., Thorsson, V., Lähdesmäki, H. & Shmulevich, I., 2010, Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Learning gene regulatory networks with delayed ODEs and continuous-time expression representation

Äijö, T., Yli-Harja, O. & Lähdesmäki, H., 2010, Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

The effect of AR expression level on the chromatin binding of the receptor

Urbanucci, A., Sahu, B., Seppälä, J., Kukkola, S., Waltering, K., Lähdesmäki, H., Jänne, O. & Visakorpi, T., 2010, The AACR 101st Annual Meeting 2010.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

2009

A probabilistic model for competitive binding of transcription factors

Laurila, K. & Lähdesmäki, H., 2009, Sixth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2009.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

A unified probabilistic framework for clustering genes from gene expression and protein-protein interaction data

Dai, X. & Lähdesmäki, H., 2009, Sixth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2009.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2008

Decomposing gene expression into regulatory and differential parts with Bayesian data fusion

Nikkilä, J., Erkkilä, T. & Lähdesmäki, H., 2008, Proceedings of WCSB 2008, The Fifth International Workshop on Computational Systems Biology, Leipzig, Germany, 11-13 June, 2008.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu