Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Henkilökohtainen profiili
Tutkimusalue
I work on computational biology and probabilistic machine learning with applications in biomedicine.
Asiantuntemus YK:n kestävän kehityksen tavoitteista
Vuonna 2015 YK:n jäsenvaltiot sopivat 17 maailmanlaajuisesta kestävän kehityksen tavoitteesta köyhyyden poistamiseksi, planeetan suojelemiseksi ja vaurauden takaamiseksi kaikille. Tämän henkilön työ edistää seuraavia kestävän kehityksen tavoitteita:
Keywords
- Bioinformatics
- Computational systems biology
- Machine learning
- Probabilistic modelling
- Data mining
Sormenjälki
Sukella tutkimusaiheisiin, joissa Harri Lähdesmäki on aktiivinen. Nämä aihemerkinnät ovat peräisin tämän henkilön teoksista. Yhdessä ne muodostavat ainutlaatuisen sormenjäljen.
- 1 Samanlaiset profiilit
Verkko
Viimeisin maa-/aluetasolla toteutettu yhteistyö. Saat tarkempia lisätietoja pisteitä napauttamalla, tai
-
TCRconv: predicting recognition between T cell receptors and epitopes using contextualized motifs
Jokinen, E., Dumitrescu, A., Huuhtanen, J., Gligorijevic, V., Mustjoki, S., Bonneau, R., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 1 tammik. 2023, julkaisussa: Bioinformatics. 39, 1Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto4 Lataukset (Pure) -
A Variational Autoencoder for Heterogeneous Temporal and Longitudinal Data
Ögretir, M., Ramchandran, S., Papatheodorou, D. & Lähdesmäki, H., 14 jouluk. 2022, (Hyväksytty/In press) 21st IEEE International Conference on Machine Learning and Applications. IEEETutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference contribution › Scientific › vertaisarvioitu
-
ChromDMM: a Dirichlet-multinomial mixture model for clustering heterogeneous epigenetic data
Osmala, M., Eraslan, G. & Lähdesmäki, H., 15 elok. 2022, julkaisussa: Bioinformatics. 38, 16, s. 3863-3870 8 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto10 Lataukset (Pure) -
Early DNA methylation changes in children developing beta cell autoimmunity at a young age
Starskaia, I., Laajala, E., Grönroos, T., Härkönen, T., Junttila, S., Kattelus, R., Kallionpää, H., Laiho, A., Suni, V., Tillmann, V., Lund, R., Elo, L. L., Lähdesmäki, H., Knip, M., Kalim, U. U. & Lahesmaa, R., toukok. 2022, julkaisussa: Diabetologia. 65, 5, s. 844-860 17 SivumääräTutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto1 Sitaatiot (Scopus)21 Lataukset (Pure) -
Evolution and modulation of antigen-specific T cell responses in melanoma patients
Huuhtanen, J., Chen, L., Jokinen, E., Kasanen, H., Lönnberg, T., Kreutzman, A., Peltola, K., Hernberg, M., Wang, C., Yee, C., Lähdesmäki, H., Davis, M. M. & Mustjoki, S., 11 lokak. 2022, julkaisussa: Nature Communications. 13, 1, s. 1-14 14 Sivumäärä, 5988.Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto12 Lataukset (Pure)
-
-
Immuunivasteen säätely ja hoidon kohdennus reumataudeissa
Lähdesmäki, H., Dumitrescu, A., Halla-aho, V., Jokinen, E., Lankinen, A. & Osmala, M.
01/01/2021 → 31/12/2022
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
-
Todellisuuskuilun ylitys autonomisessa oppimisessa
Lähdesmäki, H., Laajala, E., Iakovlev, V., Korpela, D., Jokinen, E., Ögretir, M. & Timonen, J.
01/01/2020 → 31/12/2022
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
-
FCAI: Suomen tekoälykeskus
01/01/2019 → 31/12/2022
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
-
Tensoripohjainen koneoppiminen biolääketieteessä
Lähdesmäki, H., Iakovlev, V., Gadd, C. & Tikhonov, G.
01/01/2018 → 31/12/2019
Projekti: Academy of Finland: Other research funding
Tietoaineistot
-
Analyzing Th17 cell differentiation dynamics using a novel integrative modeling framework for time-course RNA sequencing data
Intosalmi, J. (Contributor), Ahlfors, H. (Contributor), Rautio, S. (Contributor), Mannerström, H. (Creator), Chen, Z. (Contributor), Lahesmaa, R. (Contributor), Stockinger, B. (Contributor) & Lähdesmäki, H. (Contributor), 1 tammik. 2015
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3612158.v1, https://figshare.com/collections/Analyzing_Th17_cell_differentiation_dynamics_using_a_novel_integrative_modeling_framework_for_time-course_RNA_sequencing_data/3612158/1
Tietoaineisto: Dataset
-
Permutation-based significance analysis reduces the type 1 error rate in bisulfite sequencing data analysis of human umbilical cord blood samples
Laajala, E. (Creator), Halla-aho, V. (Creator), Grönroos, T. (Creator), Kalim, U. U. (Creator), Vähä-Mäkilä, M. (Creator), Nurmio, M. (Creator), Kallionpää, H. (Creator), Lietzén, N. (Creator), Mykkänen, J. (Creator), Rasool, O. (Creator), Toppari, J. (Creator), University, M. (Creator), Knip, M. (Creator), Lund, R. (Creator), Lahesmaa, R. (Creator) & Lähdesmäki, H. (Creator), 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.19311109.v2, https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Permutation-based_significance_analysis_reduces_the_type_1_error_rate_in_bisulfite_sequencing_data_analysis_of_human_umbilical_cord_blood_samples/19311109/1
Tietoaineisto: Dataset
-
Modeling binding specificities of transcription factor pairs with random forests
Antikainen, A. A. (Creator), Heinonen, M. (Creator) & Lähdesmäki, H. (Creator), 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.6031779.v1, https://springernature.figshare.com/collections/Modeling_binding_specificities_of_transcription_factor_pairs_with_random_forests/6031779/1 ja vielä 2 linkkiä, https://doi.org/10.6084/m9.figshare.20003418.v1, https://doi.org/10.6084/m9.figshare.20003421.v1 (näytä vähemmän)
Tietoaineisto: Dataset
-
Identification of global regulators of T-helper cell lineage specification
Kanduri, K. (Creator), Tripathi, S. (Creator), Larjo, A. (Creator), Mannerström, H. (Creator), Ullah, U. (Creator), Lund, R. (Creator), Hawkins, D. (Creator), Ren, B. (Creator), Lähdesmäki, H. (Creator) & Lahesmaa, R. (Creator), 1 tammik. 2015
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3642353.v1, https://figshare.com/collections/Identification_of_global_regulators_of_T-helper_cell_lineage_specification/3642353/1
Tietoaineisto: Dataset
-
A probabilistic generative model for quantification of DNA modifications enables analysis of demethylation pathways
Äijö, T. (Contributor), Huang, Y. (Contributor), Mannerström, H. (Contributor), Chavez, L. (Contributor), Tsagaratou, A. (Contributor), Rao, A. (Contributor) & Lähdesmäki, H. (Contributor), 1 tammik. 2016
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3604346.v1, https://figshare.com/collections/A_probabilistic_generative_model_for_quantification_of_DNA_modifications_enables_analysis_of_demethylation_pathways/3604346/1
Tietoaineisto: Dataset
Palkinnot
-
Elias Tillandz prize 2012 for article
Lähdesmäki, Harri (Recipient), 2012
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
-
Elias Tillandz prize 2013 for article
Lähdesmäki, Harri (Recipient), 2013
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
-
IARIA Best Paper Award for our paper
Lähdesmäki, Harri (Recipient), 2008
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
-
Tampere Science Foundation award for the best doctoral thesis
Lähdesmäki, Harri (Recipient), 2005
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
-
The Þrst position in the 5th Dialogue for Reverse Engineering Assessments and Methods (DREAM), Transcription-Factor/DNA-Motif Recognition Challenge, 2010, presented in New York, NY, USA, November 16, 2010 The DREAM Project - Dream initiative, USA
Lähdesmäki, Harri (Recipient), 16 marrask. 2010
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
Aktiviteetit
-
Faster Bayesian inference in Joint Species Distribution Models
Gleb Tikhonov (Puhuja), Jarno Vanhatalo (Kontribuuttori), Otso Ovaskainen (Kontribuuttori) & Harri Lähdesmäki (Kontribuuttori)
22 kesäk. 2020 → 26 kesäk. 2020Aktiviteetti: Konferenssiesitelmä
-
Evaluator of a docent application, at University of Helsinki
Harri Lähdesmäki (Examiner)
2016Aktiviteetti: Dosentuurin hakijan arviointitehtävä
-
INTERNATIONAL WORKSHOP ON MACHINE LEARNING IN SYSTEMS BIOLOGY
Harri Lähdesmäki (Member)
3 syysk. 2016 → 4 syysk. 2016Aktiviteetti: Konferenssin tai seminaarin järjestelytoimikunnan jäsenyys
-
Foreign Organisation
Harri Lähdesmäki (Visiting researcher)
30 maalisk. 2016 → 3 huhtik. 2016Aktiviteetti: Vierailu ulkomaiseen yliopistoon
-
Foreign Organisation
Harri Lähdesmäki (Visiting researcher)
17 toukok. 2016Aktiviteetti: Vierailu ulkomaiseen yliopistoon
Lehtileikkeet
-
Finnish firms seek better therapies
Jani Huuhtanen & Harri Lähdesmäki
03/11/2022
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
-
Finnish firms seek better therapies
03/11/2022
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
-
Efficiency of Body’s Defense System in the Diagnosis and Treatment of Skin Cancer Revealed via AI
14/10/2022
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
-
Suomessa kehitetty tekoälymalli ennustaa, ketkä ihosyöpäpotilaista hyötyvät puolustusjärjestelmää aktivoivasta hoidosta
13/10/2022
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
-
An AI model reveals how the body’s defense system recognises skin cancer
13/10/2022
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa