Professorship Rousu Juho

YK:n kestävän kehityksen tavoitteet

Vuonna 2015 YK:n jäsenvaltiot sopivat 17 maailmanlaajuisesta kestävän kehityksen tavoitteesta (Sustainable Development Goal, SDG) poistamaan köyhyyden, suojelemaan planeettaa ja takaamaan vaurauden kaikille. Työmme edistää seuraavia kestävän kehityksen tavoitteita:

Robert Armah-Sekum
- Tietotekniikan laitos - Väitöskirjatutkija
- School of Science
- Professorship Rousu Juho - Väitöskirjatutkija
Henkilö: Tohtorikoulutettavat, Tohtoriopiskelija
20242024
Jaakko Hollmen
- Tietotekniikan laitos - Vanhempi yliopistonlehtori
- Computer Science Lecturers - Vanhempi yliopistonlehtori
- Lecturer Hollmen Jaakko group - Vanhempi yliopistonlehtori
- Professorship Rousu Juho - Vanhempi yliopistonlehtori
- Helsinki Institute for Information Technology (HIIT) - Vanhempi yliopistonlehtori
Henkilö: Opetushenkilöstö
19962023
Riikka Huusari
- Tietotekniikan laitos - Vierailija (opetus- ja tutkimushenkilöstö)
- Professorship Rousu Juho - Tutkijatohtori, Vierailija (opetus- ja tutkimushenkilöstö)
Henkilö: Tutkijatohtorit, Vieraileva tutkija
20202025

68 Article
26 Conference article in proceedings
4 Review Article
4 Doctoral Thesis
Lisää

MassSpecGym : A benchmark for the discovery and identification of molecules
Bushuiev, R., Bushuiev, A., de Jonge, N. F., Young, A., Kretschmer, F., Samusevich, R., Heirman, J., Wang, F., Zhang, L., Dührkop, K., Ludwig, M., Haupt, N. A., Kalia, A., Brungs, C., Schmid, R., Greiner, R., Wang, B., Wishart, D. S., Liu, L. P. & Rousu, J. & 10 muuta, Bittremieux, W., Rost, H., Mak, T. D., Hassoun, S., Huber, F., van der Hooft, J. J. J., Stravs, M. A., Böcker, S., Sivic, J. & Pluskal, T., 2025, Advances in Neural Information Processing Systems 37 (NeurIPS 2024). Curran Associates Inc., s. 1-18 18 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems).
Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference article in proceedings › Scientific › vertaisarvioitu

Open access
Scaling up drug combination surface prediction
Huusari, R., Wang, T., Szedmak, S., Dias, D., Aittokallio, T. & Rousu, J., maalisk. 2025, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 26, 2, s. 1-11 11 Sivumäärä, bbaf099.
Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Lataukset (Pure)
Attention-based approach to predict drug–target interactions across seven target superfamilies
Schulman, A., Rousu, J., Aittokallio, T. & Tanoli, Z., 1 elok. 2024, julkaisussa: Bioinformatics. 40, 8, s. 1-14 14 Sivumäärä, btae496.
Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
28 Lataukset (Pure)

Dataset: "Probabilistic Framework for Integration of Mass Spectrum and Retention Time Information in Small Molecule Identification"
Bach, E. (Creator), Zenodo, 1 huhtik. 2020
DOI - pysyväislinkki: 10.5281/zenodo.4305918
Tietoaineisto: Dataset
Result files (ONLYSTEREO): "Joint structural annotation of small molecules using liquid chromatography retention order and tandem mass spectrometry data"
Bach, E. (Creator), Zenodo, 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.5281/zenodo.6037628
Tietoaineisto: Dataset
Critical Assessment of Small Molecule Identification 2016: automated methods
Schymanski, E. L. (Creator), Ruttkies, C. (Creator), Krauss, M. (Creator), Brouard, C. (Creator), Kind, T. (Creator), Dührkop, K. (Creator), Allen, F. (Creator), Vaniya, A. (Creator), Verdegem, D. (Creator), Böcker, S. (Creator), Rousu, J. (Creator), Shen, H. (Creator), Tsugawa, H. (Creator), Sajed, T. (Creator), Fiehn, O. (Creator), Ghesquière, B. (Creator) & Neumann, S. (Creator), figshare, 28 maalisk. 2017
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3727522.v1, https://figshare.com/collections/Critical_Assessment_of_Small_Molecule_Identification_2016_automated_methods/3727522/1
Tietoaineisto: Dataset

Best paper award, International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Valencia, Spain
Rousu, J. (Recipient), 2010
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
Best paper finalist and runner-up award, Computer Track
Hollmen, J. (Recipient), Särkkä, S. (Recipient) & Rinta-Koski, O.-P. (Recipient), 15 jouluk. 2017
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta
PhD thesis award
Rousu, J. (Valvoja) & Shen, H. (Recipient), 11 toukok. 2018
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus tuotoksesta

NAR Genomics and Bioinformatics (Lehti)
Armah-Sekum, R. (Vertaisarvioija)
24 kesäk. 2024 → 18 heinäk. 2024
Aktiviteetti: Tieteellisen lehden refereenä toimiminen
Asian Conference of Machine Learning
Huusari, R. (Member)
11 marrask. 2023 → 14 marrask. 2023
Aktiviteetti: Konferenssiin, työpajaan, tilaisuuteen tai tapahtumaan osallistuminen.
Scalable variable selection for two-view learning tasks with projection operators
Huusari, R. (Puhuja)
13 marrask. 2023
Aktiviteetti: Konferenssiesitelmä

-Stockholm University: 'The real game changer is when regular glasses become smart'
Hollmen, J.
04/01/2024
2 kohdetta/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
Researchers from Aalto University Describe Findings in Transportation Engineering (A Bayesian Optimization Approach for Calibrating Large-Scale Activity-Based Transport Models)
Hollmen, J., Roncoli, C. & Agriesti, S.
07/11/2023
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
Solujemme sotkuisia ”lankakeriä” avataan nyt helposti – tutkijat löytävät proteiinien avulla lääkkeitä ja entsyymejä
Garg, V. & Rousu, J.
15/06/2023
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa

Professorship Rousu Juho

YK:n kestävän kehityksen tavoitteet

Yhteistyöt ja huippututkimusalueet viimeisiltä viideltä vuodelta

Sukella yksityiskohtiin

Robert Armah-Sekum

Jaakko Hollmen

Riikka Huusari

MassSpecGym : A benchmark for the discovery and identification of molecules

Scaling up drug combination surface prediction

Attention-based approach to predict drug–target interactions across seven target superfamilies

Dataset: "Probabilistic Framework for Integration of Mass Spectrum and Retention Time Information in Small Molecule Identification"

Result files (ONLYSTEREO): "Joint structural annotation of small molecules using liquid chromatography retention order and tandem mass spectrometry data"

Critical Assessment of Small Molecule Identification 2016: automated methods

Best paper award, International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Valencia, Spain

Best paper finalist and runner-up award, Computer Track

PhD thesis award

NAR Genomics and Bioinformatics (Lehti)

Asian Conference of Machine Learning

Scalable variable selection for two-view learning tasks with projection operators

-Stockholm University: 'The real game changer is when regular glasses become smart'

Researchers from Aalto University Describe Findings in Transportation Engineering (A Bayesian Optimization Approach for Calibrating Large-Scale Activity-Based Transport Models)

Solujemme sotkuisia ”lankakeriä” avataan nyt helposti – tutkijat löytävät proteiinien avulla lääkkeitä ja entsyymejä

Professorship Rousu Juho

YK:n kestävän kehityksen tavoitteet

Yhteistyöt ja huippututkimusalueet viimeisiltä viideltä vuodelta

Profiilit

Tutkimustuotos

Tietoaineistot

Palkinnot

Aktiviteetit

Lehtileikkeet