Professorship Orponen P.

Yksikkö: Tutkimusryhmä

Tutkimustuotokset

  1. 2020
  2. Sähköinen julkaisu (e-pub) ennen painettua julkistusta

    Identifying the inheritable component of human thymic T cell repertoire generation in monozygous twins

    Heikkila, N., Vanhanen, R., Yohannes, D. A., Saavalainen, P., Meri, S., Jokiranta, T. S., Jarva, H., Mattila, I. P., Hamm, D., Sormunen, S., Saramaki, J. & Arstila, T. P., 14 tammikuuta 2020, julkaisussa : EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY. s. 748-751 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  3. Hyväksytty/In press

    HAL: Improved Text-­Image Matching by Mitigating Visual Semantic Hubs

    Liu, F., Ye, R., Wang, X. & Li, S., 2020, (Hyväksytty/In press) The Thirty-Fourth AAAI Conference on Artificial Intelligence (AAAI-20).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    RuleDSD: A rule-based modelling and simulation tool for DNA strand displacement systems

    Gautam, V., Long, S. & Orponen, P., 2020, Proceedings of the 13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies: Volume 3 BIOINFORMATICS. De Maria, E., Fred, A. & Gamboa, H. (toim.). s. 158-167 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  5. 2019
  6. Julkaistu

    A computational framework for DNA sequencing microscopy

    Hoffecker, I. T., Yang, Y., Bernardinelli, G., Orponen, P. & Högberg, B., 4 syyskuuta 2019, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences. 116, 39, s. 19282-19287 6 Sivumäärä, 1821178116.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    A Critical Comparison of Rejection-Based Algorithms for Simulation of Large Biochemical Reaction Networks

    Thanh, V. H., 1 elokuuta 2019, julkaisussa : Bulletin of Mathematical Biology. 81, 8, s. 3053-3073 21 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Kohti avointa tiedettä

    Orponen, P., 2019, Kaikenlaista rohkeutta. Hetemäki, I., Koskinen, H., Pulkkinen, T. & Väliverronen, E. (toim.). Tallinna: GAUDEAMUS, s. 64-65

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa

  9. 2018
  10. Julkaistu

    Efficient finite-difference method for computing sensitivities of biochemical reactions

    Thanh, V. H., Zunino, R. & Priami, C., 1 lokakuuta 2018, julkaisussa : Proceedings of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences. 474, 2218, s. 1-20

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Effects of design choices on the stiffness of wireframe DNA origami structures

    Benson, E., Mohammed, A., Rayneau-Kirkhope, D., Gådin, A., Orponen, P. & Högberg, B., 25 syyskuuta 2018, julkaisussa : ACS Nano. 12, 9, s. 9291-9299 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    Efficient anticorrelated variance reduction for stochastic simulation of biochemical reactions

    Vo, T., syyskuuta 2018, julkaisussa : IET SYSTEMS BIOLOGY.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    Algorithmic design of cotranscriptionally folding 2D RNA origami structures

    Mohammed, A., Orponen, P. & Pai, S., 31 toukokuuta 2018, Unconventional Computation and Natural Computation: 17th International Conference, UCNC 2018, Fontainebleau, France, June 25-29, 2018, Proceedings. Stepney, S. & Verlan, S. (toim.). s. 159-172 (Lecture Notes in Computer Science; painos 10867).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    Design methods for 3D wireframe DNA nanostructures

    Orponen, P., maaliskuuta 2018, julkaisussa : Natural Computing. 17, 1, s. 147-160

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Algorithmic Design of Biomolecular Nanostructures

    Mohammed, A., 2018, Aalto University. 168 Sivumäärä

    Tutkimustuotos

  16. 2017
  17. Julkaistu

    Computational modelling of the kinetic Tile Assembly Model using a rule-based approach

    Mohammed, A., Czeizler, E. & Czeizler, E., marraskuuta 2017, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 701, s. 203-215

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  18. Julkaistu

    A manually-checkable proof for the NP-hardness of 11-color pattern self-assembly tileset synthesis

    Johnsen, A., Kao, M. Y. & Seki, S., 2017, julkaisussa : JOURNAL OF COMBINATORIAL OPTIMIZATION. 33, 2, s. 496–529 34 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    Binary Pattern Tile Set Synthesis Is NP-Hard

    Kari, L., Kopecki, S., Meunier, P. É., Patitz, M. J. & Seki, S., 2017, julkaisussa : Algorithmica. 78, 1, s. 1-46 46 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Unknotted strand routings of triangulated meshes

    Mohammed, A. & Hajij, M., 2017, DNA Computing and Molecular Programming: 23rd International Conference, DNA 23, Austin, TX, USA, September 24–28, 2017, Proceedings. Brijder, R. & Qian, L. (toim.). s. 46-63 ( Lecture Notes in Computer Science; painos 10467).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  21. 2016
  22. Julkaistu

    Computer-aided production of scaffolded DNA nanostructures from flat sheet meshes

    Benson, E., Mohammed, A., Bosco, A., Teixeira, A. I., Orponen, P. & Högberg, B., 2016, julkaisussa : Angewandte Chemie. 55, 31, s. 8869-8872 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  23. Julkaistu

    Programming biomolecules that fold greedily during transcription

    Geary, C., Meunier, P-É., Schabanel, N. & Seki, S., 2016, 41st International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, MFCS 2016, August 22-26, 2016 - Kraków, Poland. Faliszewski, P., Muscholl, A. & Niedermaier, R. (toim.). Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz Center for Informatics, s. 1-14 14 Sivumäärä 43. (LIPIcs - Leibniz International Proceedings in Informatics; painos 58).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  24. 2015
  25. Julkaistu

    3-color bounded patterned self-assembly

    Kari, L., Kopecki, S. & Seki, S., 2015, julkaisussa : Natural Computing. 14, 2, s. 279-292

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    An Excursion Through Quantitative Model Refinement

    Azimi, S., Czeizler, E., Gratie, C., Gratie, D-E., Iancu, B., Ibssa, N., Petre, I., Rogojin, V., Shadbahr, T. & Shokri, F., 2015, 16th International Conference, CMC 2015, Valencia, Spain, August 17-21, 2015. s. 25-47

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    Binary pattern tile set synthesis is NP-hard

    Kari, L., Kopecki, S., Meunier, P-É., Patitz, M. J. & Seki, S., 2015, 42nd International Colloquium on Automata, Languages and Programming, ICALP 2015, Kyoto, Japan, July 6-10, 2015. Springer Berlin Heidelberg, s. 1022-1034

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    DNA rendering of polyhedral meshes at the nanoscale

    Benson, E., Mohammed, A., Gardell, J., Masich, S., Czeizler, E., Orponen, P. & Högberg, B., 2015, julkaisussa : Nature. 523, 7561, s. 441-444

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    Dynamic Simulation of 1D Cellular Automata in the Active aTAM

    Jonoska, N., Karpenko, D. & Seki, S., 2015, julkaisussa : NEW GENERATION COMPUTING. 33, 3, s. 271-295

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    Fault tolerant design and analysis of carbon nanotube circuits affixed on DNA origami tiles

    Czeizler, E. & Orponen, P., 2015, julkaisussa : IEEE TRANSACTIONS ON NANOTECHNOLOGY. 14, 5, s. 817-877

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    Program Size and Temperature in Self-Assembly

    Chen, H-L., Doty, D. & Seki, S., 2015, julkaisussa : Algorithmica. 72, 3, s. 884-899

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  32. Julkaistu

    Semilinear Sets and Counter Machines: a Brief Survey

    Ibarra, O. H. & Seki, S., 2015, julkaisussa : Fundamenta Informaticae. 138, 1-2, s. 61-76

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Square-Density Increasing Mappings

    Manea, F. & Seki, S., 2015, 10th International Conference, WORDS 2015, Kiel, Germany, September 14-17, 2015. Springer-verlag Berlin, s. 160-169

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  34. 2014
  35. Julkaistu

    Editorial for Algorithms for Sensor Systems, Wireless Ad Hoc Networks and Autonomous Mobile Entities

    Bar-Noy, A., Erlebach, T., Halldorsson, M. M., Nikoletseas, S. & Orponen, P., 9 lokakuuta 2014, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 553, s. 1-1 1 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  36. Julkaistu

    Generalized Lyndon-Schützenberger Equations

    Manea, F., Müller, M., Nowotka, D. & Seki, S., 2014, International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, Budapest, Hungary, August 25-29, 2014. s. 402-413

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  37. Julkaistu

    Operational State Complexity under {P}arikh Equivalence

    Lavado, G. J., Pighizzini, G. & Seki, S., 2014, International Workshop on Descriptional Complexity of Formal Systems, Turku, Finland, August 5-8, 2014. s. 294-305

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  38. Julkaistu

    Search methods for tile sets in patterned DNA self-assembly

    Göös, M., Lempiäinen, T., Czeizler, E. & Orponen, P., 2014, julkaisussa : JOURNAL OF COMPUTER AND SYSTEM SCIENCES. 80, 1, s. 297-319

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  39. Julkaistu

    Special Issue on Algorithms for Sensor Systems, Wireless Ad Hoc Networks and Autonomous Mobile Entities, Theoretical Computer Science, Vol. 553

    Bar-Noy, A., Erlebach, T., Halldorsson, M. M., Nikoletseas, S. & Orponen, P., 2014, Netherlands: Elsevier BV.

    Tutkimustuotos: Kirjavertaisarvioitu

  40. Julkaistu

    Strong Square Conjecture on Binary Words

    Jonoska, N., Manea, F. & Seki, S., 2014, Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science, Novy Smokovec, Slovakia, January 25-30, 2014. s. 339-350

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  41. Julkaistu

    Transfer matrix analysis of one-dimensional majority cellular automata with thermal noise

    Lemoy, R., Mozeika, A. & Seki, S., 2014, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 47, 10, s. 105001

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  42. 2013
  43. Julkaistu

    On Computational Complexity of Graph Inference from Counting

    Fazekas, S. Z., Ito, H., Okuno, Y., Seki, S. & Taneishi, K., 2013, julkaisussa : Natural Computing. 12, 4, s. 589-603

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    Online bin packing with delay and holding costs

    Ahlroth, L., Schumacher, A. & Orponen, P., 2013, julkaisussa : Operations Research Letters. 41, 1, s. 1

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  45. Julkaistu

    Rule-based modelling as a platform for the analysis of synthetic self-assembled nano-systems

    Mohammed, A. & Czeizler, E., 2013, Proceedings Fourth International Workshop on Computational Models for Cell Processes (Turku, Finland, June 2013). Petre, I. (toim.). Ausralia: Open Publishing Association

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa

  46. Julkaistu

    Synthesizing minimal tile sets for complex patterns in the framework of patterned DNA self-assembly

    Czeizler, E. & Popa, A., 2013, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 499, s. 23-37

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  47. Julkaistu

    Witness of unsatisfiability for a random 3-satisfiability formula

    Wu, L-L., Zhou, H-J., Alava, M., Aurell, E. & Orponen, P., 2013, julkaisussa : Physical Review E. 87, 5, s. 1-10 052807.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  48. Julkaistu

    Yield optimization strategies for DNA staged tile assembly systems

    Czeizler, E. & Orponen, P., 2013, 2nd International Conference on the Theory and Practice of Natural Computing (TPNC 2013), Cáceres, Spain, 3-5 December 2013. Dediu, A-H., Martin-Vide, C., Truthe, B. & Vega-Rodriguez, M. A. (toim.). Berlin Heidelberg: SPRINGER , s. 31-44 (Lecture Notes in Computer Science; painos 8273).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  49. 2012
  50. Julkaistu

    Absoluteness of Subword Inequality is Undecidable

    Seki, S., 2012, julkaisussa : Theoretical Computer Science. 418, s. 116-120

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  51. Julkaistu

    Algorithms for Sensor Systems - 7th International Symposium on Algorithms for Sensor Systems, Wireless Ad Hoc Networks and Autonomous Mobile Entities, ALGOSENSORS 2011, Saarbrücken, Germany, September 8-9, 2011, Revised Selected Papers

    Erlebach, T., Nikoletseas, S. & Orponen, P., 2012, Berlin Heidelberg: SPRINGER . 239 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; painos 7111)

    Tutkimustuotos: Kirjavertaisarvioitu

  52. Julkaistu

    Computational Modelling of the kinetic Tile Assembly Model using a rule-based approach

    Mohammed, A., Pletea, D. & Czeizler, E., 2012, DNA Computing and Molecular Programming - 18th International Conference, Aarhus, Denmark, August 14-17, 2012. s. 36

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa

  53. Julkaistu

    Converting Nondeterministic Automata and Context-Free Grammars into Parikh Equivalent Deterministic Automata

    Lavado, G. J., Pighizzini, G. & Seki, S., 2012, DLT The 16th International Conference on Developments in Language Theory (DLT 2012) DLT, (Taipei, Taiwan, August 14-17, 2012). s. 284-295

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  54. Julkaistu

    On the Behavior of Tile Assembly System at High Temperatures

    Seki, S. & Okuno, Y., 2012, CiE Turing Centenary Conference - How the World Computes (CiE 2012) CiE, Cambridge, United Kingdom, June 18-23, 2012. s. 550-560

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  55. Julkaistu

    Quantitative Analysis of the Self-Assembly Strategies of Intermediate Filaments from Tetrameric Vimentin

    Czeizler, E., Mizera, A., Czeizler, E., Back, R-J., Eriksson, J. E. & Petre, I., 2012, julkaisussa : IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS. 9, 3, s. 885-898

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  56. Julkaistu

    Quantitative Model Refinement as a Solution to the Combinatorial Size Explosion of Biomodels

    Czeizler, E., Czeizler, E., Iancu, B. & Petre, I., 2012, julkaisussa : ELECTRONIC NOTES IN THEORETICAL COMPUTER SCIENCE. 284, C, s. 35-53

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  57. Julkaistu

    Self-assembly models of variable resolution

    Mizera, A., Czeizler, E. & Petre, I., 2012, julkaisussa : TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOLOGY. XIV, 7625, s. 181-203

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  58. Julkaistu

    Synthesizing Minimal Tile Sets for Complex Patterns in the Framework of Patterned DNA Self-Assembly

    Czeizler, E. & Popa, A., 2012, DNA Computing and Molecular Programming - 18th International Conference (DNA 18) DNA, Aarhus, Denmark, August 14-17, 2012. Stefanovic, D. & Turberfield, A. J. (toim.). s. 58-72

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  59. Julkaistu

    The Phosphorylation of the Heat Shock Factor as a Modulator for the Heat Shock Response

    Czeizler, E., Rogojin, V. & Petre, I., 2012, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 9, 5, s. 885-898

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

Edellinen 1 2 3 Seuraava

ID: 4319587