Professorship Lähdesmäki H.

Lu Cheng
- Professorship Lähdesmäki H. - Akatemiatutkija
- Tietotekniikan laitos - Akatemiatutkija
Henkilö: Tutkijatohtorit
20142021
Charles Gadd
- Professorship Kaski S. - Tutkijatohtori
- Professorship Lähdesmäki H. - Tutkijatohtori
Henkilö: Tutkijatohtorit
20172020
Viivi Halla-aho
- Professorship Lähdesmäki H. - Tohtorikoulutettava
- School services, SCI
- Tietotekniikan laitos - Tohtorikoulutettava
Henkilö: Tohtorikoulutettavat, Tohtorintutkinto
20152020

57 Article
19 Conference contribution
3 Kokousabstrakti
2 Konferenssiesitys
Lisää

Congruent microbiome signatures in fibrosis-prone autoimmune diseases: IgG4-related disease and systemic sclerosis
Plichta, D. R., Somani, J., Pichaud, M., Wallace, Z. S., Fernandes, A. D., Perugino, C. A., Lähdesmäki, H., Stone, J. H., Vlamakis, H., Chung, D. C., Khanna, D., Pillai, S. & Xavier, R. J., joulukuuta 2021, julkaisussa: GENOME MEDICINE. 13, 1, 35.
Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Lataukset (Pure)
Genomic monitoring of SARS-CoV-2 uncovers an Nsp1 deletion variant that modulates type I interferon response
Lin, J., Tang, C., Wei, H., Du, B., Chen, C., Wang, M., Zhou, Y., Yu, M., Cheng, L., Kuivanen, S., Ogando, N. S., Levanov, L., Zhao, Y., Li, C., Zhou, R., Li, Z., Zhang, Y., Sun, K., Wang, C., Chen, L. & 52 muuta, Xiao, X., Zheng, X., Chen, S., Yang, R., Zhang, D., Xu, M., Song, J., Wang, D., Li, Y., Lei, S., Zeng, W., Yang, Q., He, P., Zhang, Y., Zhou, L., Cao, L., Luo, F., Liu, H., Wang, L., Ye, F., Zhang, M., Li, M., Li, X., Li, K., Ke, B., Xu, J., Yang, H., He, S., Pan, M., Yan, Y., Zha, Y., Jiang, L., Yu, C., Liu, Y., Xu, Z., Li, Q., Jiang, Y., Sun, J., Hong, W., Wei, H., Lu, G., Vapalahti, O., Luo, Y., Wei, Y., Connor, T., Tan, W., Snijder, E. J., Smura, T., Li, W., Geng, J., Ying, B. & Chen, L., 10 maaliskuuta 2021, julkaisussa: CELL HOST AND MICROBE. 29, 3, s. 489-502.e8 22 Sivumäärä
Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu

Open access
lgpr: an interpretable non-parametric method for inferring covariate effects from longitudinal data
Timonen, J., Mannerström, H., Vehtari, A. & Lähdesmäki, H., 21 tammikuuta 2021, julkaisussa: Bioinformatics.
Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu

Open access

Analyzing Th17 cell differentiation dynamics using a novel integrative modeling framework for time-course RNA sequencing data
Intosalmi, J. (Contributor), Ahlfors, H. (Contributor), Rautio, S. (Contributor), Mannerström, H. (Creator), Chen, Z. (Contributor), Lahesmaa, R. (Contributor), Stockinger, B. (Contributor) & Lähdesmäki, H. (Contributor), 1 tammikuuta 2015
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3612158.v1, https://figshare.com/collections/Analyzing_Th17_cell_differentiation_dynamics_using_a_novel_integrative_modeling_framework_for_time-course_RNA_sequencing_data/3612158/1
Tietoaineisto: Dataset
A probabilistic generative model for quantification of DNA modifications enables analysis of demethylation pathways
Äijö, T. (Contributor), Huang, Y. (Contributor), Mannerström, H. (Contributor), Chavez, L. (Contributor), Tsagaratou, A. (Contributor), Rao, A. (Contributor) & Lähdesmäki, H. (Contributor), 1 tammikuuta 2016
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3604346.v1, https://figshare.com/collections/A_probabilistic_generative_model_for_quantification_of_DNA_modifications_enables_analysis_of_demethylation_pathways/3604346/1
Tietoaineisto: Dataset
Dysbiosis, inflammation, and response to treatment: a longitudinal study of pediatric subjects with newly diagnosed inflammatory bowel disease
Shaw, K. A. (Contributor), Bertha, M. (Contributor), Hofmekler, T. (Contributor), Chopra, P. (Contributor), Vatanen, T. (Contributor), Srivatsa, A. (Contributor), Prince, J. (Contributor), Kumar, A. (Contributor), Sauer, C. (Contributor), Zwick, M. E. (Contributor), Satten, G. A. (Contributor), Kostic, A. D. (Contributor), Mulle, J. G. (Contributor), Xavier, R. J. (Contributor) & Kugathasan, S. (Contributor), 1 tammikuuta 2016
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.c.3598127.v1, https://figshare.com/collections/Dysbiosis_inflammation_and_response_to_treatment_a_longitudinal_study_of_pediatric_subjects_with_newly_diagnosed_inflammatory_bowel_disease/3598127/1
Tietoaineisto: Dataset

9 Konferenssiesitelmä
3 Vierailu ulkomaille
2 Participant of a conference, workshop, session or tutorial
2 Tieteellisen lehden refereenä toimiminen
Lisää
- 2 Julkinen esitelmä

International Conference on Machine Learning
Maria Osmala (Member)
12 heinäkuuta 2020 → 18 heinäkuuta 2020
Aktiviteetti: Participant of a conference, workshop, session or tutorial
Faster Bayesian inference in Joint Species Distribution Models
Gleb Tikhonov (Puhuja), Jarno Vanhatalo (Kontribuuttori), Otso Ovaskainen (Kontribuuttori) & Harri Lähdesmäki (Kontribuuttori)
22 kesäkuuta 2020 → 26 kesäkuuta 2020
Aktiviteetti: Konferenssiesitelmä
IEEE Access (Lehti)
Juho Timonen (Vertaisarvioija)
28 syyskuuta 2020
Aktiviteetti: Tieteellisen lehden refereenä toimiminen

Biologisten mekanismien alkulähteillä
Harri Lähdesmäki
16/05/2019
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
Aalto University team wins AI research award
Markus Heinonen & Samuel Kaski
24/04/2019
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
snpEnrichR: analyzing co-localization of SNPs and their proxies in genomic regions
Kari Nousiainen
07/06/2018
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa

Professorship Lähdesmäki H.

Verkko

Sukella yksityiskohtiin

Lu Cheng

Charles Gadd

Viivi Halla-aho

Congruent microbiome signatures in fibrosis-prone autoimmune diseases: IgG4-related disease and systemic sclerosis

Genomic monitoring of SARS-CoV-2 uncovers an Nsp1 deletion variant that modulates type I interferon response

lgpr: an interpretable non-parametric method for inferring covariate effects from longitudinal data

Analyzing Th17 cell differentiation dynamics using a novel integrative modeling framework for time-course RNA sequencing data

A probabilistic generative model for quantification of DNA modifications enables analysis of demethylation pathways

Dysbiosis, inflammation, and response to treatment: a longitudinal study of pediatric subjects with newly diagnosed inflammatory bowel disease

International Conference on Machine Learning

Faster Bayesian inference in Joint Species Distribution Models

IEEE Access (Lehti)

Biologisten mekanismien alkulähteillä

Aalto University team wins AI research award

snpEnrichR: analyzing co-localization of SNPs and their proxies in genomic regions