Tutkimustuotos

Suodatin
Article
2020

Differentially private cross-silo federated learning

Heikkilä, M., Koskela, A., Shimizu, K., Kaski, S. & Honkela, A., 2020, (Jätetty) julkaisussa : Submitted.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Expectation propagation as a way of life: A framework for Bayesian inference on partitioned data

Vehtari, A., Gelman, A., Sivula, T., Jylänki, P., Tran, D., Sahai, S., Blomstedt, P., Cunningham, J. P., Schiminovich, D. & Robert, C. P., 2020, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 21, s. 1-53

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Lataukset (Pure)

FullMeSH: Improving large-scale MeSH indexing with full text

Dai, S., You, R., Lu, Z., Huang, X., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 1 maaliskuuta 2020, julkaisussa : Bioinformatics. 36, 5, s. 1533-1541 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

High-dimensional structure learning of binary pairwise Markov networks: A comparative numerical study

Pensar, J., Xu, Y., Puranen, S., Pesonen, M., Kabashima, Y. & Corander, J., 1 tammikuuta 2020, julkaisussa : Computational Statistics and Data Analysis. 141, s. 62-76 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Linking serial homicide – towards an ecologically valid application

Pakkanen, T., Sirén, J., Zappalà, A., Jern, P., Bosco, D., Berti, A. & Santtila, P., 2020, julkaisussa : Journal of Criminological Research, Policy and Practice.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Multiplicative chaos and the characteristic polynomial of the CUE: The L1-Phase

Nikula, M., Saksman, E. & Webb, C., kesäkuuta 2020, julkaisussa : Transactions of the American Mathematical Society. 373, 6, s. 3905-3965 61 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Parallel Gaussian process surrogate Bayesian inference with noisy likelihood evaluations

Järvenpää, M., Gutmann, M., Vehtari, A. & Marttinen, P., helmikuuta 2020, (Hyväksytty/In press) julkaisussa : Bayesian Analysis.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Plasmids shaped the recent emergence of the major nosocomial pathogen Enterococcus faecium

Arredondo-Alonso, S., Top, J., McNally, A., Puranen, S., Pesonen, M., Pensar, J., Marttinen, P., Braat, J., Rogers, M., van Schaik, W., Kaski, S., Willems, R. J. L., Corander, J. & Schürch, A., 2020, julkaisussa : MBIO. 11, 1, e03284-19.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
35 Lataukset (Pure)

Robust parallel hybrid artificial bee colony algorithms for the multi-dimensional numerical optimization

Dokeroglu, T., Pehlivan, S. & Avenoglu, B., 9 tammikuuta 2020, julkaisussa : JOURNAL OF SUPERCOMPUTING.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2019

A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization incorporating within-host variation

Järvenpää, M., Sater, M. R. A., Lagoudas, G. K., Blainey, P. C., Miller, L. G., McKinnell, J. A., Huang, S. S., Grad, Y. H. & Marttinen, P., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : PLoS computational biology. 15, 4, s. 1-25 e1006534.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
103 Lataukset (Pure)

ADAPTIVE: LeArning DAta-dePendenT, concIse molecular VEctors for fast, accurate metabolite identification from tandem mass spectra

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i164-i172 btz319.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
64 Lataukset (Pure)

A Faster Tree-Decomposition Based Algorithm for Counting Linear Extensions

Kangas, K., Koivisto, M. & Salonen, S., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
32 Lataukset (Pure)

Artificial Neural Networks with Random Weights for Incomplete Datasets

Mesquita, D. P. P., Gomes, J. P. P. & Rodrigues, L. R., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Neural Processing Letters. 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

A sparse linear regression model for incomplete datasets

Veras, M. B. A., Mesquita, D. P. P., Mattos, C. L. C. & Gomes, J. P. P., 4 joulukuuta 2019, julkaisussa : Pattern Analysis and Applications.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
86 Lataukset (Pure)

Block HSIC Lasso: Model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data

Climente-González, H., Azencott, C. A., Kaski, S. & Yamada, M., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i427-i435 btz333.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
76 Lataukset (Pure)

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Kaski, S. & Marttinen, P., 17 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, s. 1-17 17 Sivumäärä, 2674.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
24 Sitaatiot (Scopus)
88 Lataukset (Pure)

Discovering heritable modes of MEG spectral power

Leppäaho, E., Renvall, H., Salmela, E., Kere, J., Salmelin, R. & Kaski, S., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Human Brain Mapping . 40, 5, s. 1391-1402 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
105 Lataukset (Pure)

Distributed Bayesian matrix factorization with limited communication

Qin, X., Blomstedt, P., Leppäaho, E., Parviainen, P. & Kaski, S., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Machine Learning. s. 1-26

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
106 Lataukset (Pure)

Efficient acquisition rules for model-based approximate Bayesian computation

Järvenpää, M., Gutmann, M. U., Pleska, A., Vehtari, A. & Marttinen, P., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Bayesian Analysis. 14, 2, s. 595-622 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
103 Lataukset (Pure)

Emergence of ceftazidime-avibactam-resistant Klebsiella pneumoniae during treatment, Finland, December 2018

Räisänen, K., Koivula, I., Ilmavirta, H., Puranen, S., Kallonen, T., Lyytikäinen, O. & Jalava, J., 1 toukokuuta 2019, julkaisussa : EUROSURVEILLANCE. 24, 19, s. 1-3

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
113 Lataukset (Pure)

Fuzzy least squares twin support vector machines

Sartakhti, J. S., Afrabandpey, H. & Ghadiri, N., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : ENGINEERING APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE. 85, s. 402-409 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
4 Sitaatiot (Scopus)

Gaussian kernels for incomplete data

Mesquita, D. P. P., Gomes, J. P. P., Corona, F., Souza, A. H. & Nobre, J. S., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Applied Soft Computing Journal. 77, s. 356-365 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Genome-wide epistasis and co-selection study using mutual information

Pensar, J., Puranen, S., Arnold, B., MacAlasdair, N., Kuronen, J., Tonkin-Hill, G., Pesonen, M., Xu, Y., Sipola, A., Sánchez-Busó, L., Lees, J. A., Chewapreecha, C., Bentley, S. D., Harris, S. R., Parkhill, J., Croucher, N. J. & Corander, J., 10 lokakuuta 2019, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 47, 18, s. 1-14 e112.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
44 Lataukset (Pure)

HPOAnnotator: improving large-scale prediction of HPO annotations by low-rank approximation with HPO semantic similarities and multiple PPI networks

Gao, J., Liu, L., Yao, S., Huang, X., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 23 joulukuuta 2019, julkaisussa : BMC Medical Genomics . 12, 14 Sivumäärä, 187.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
17 Lataukset (Pure)
Open access
Tiedosto
126 Lataukset (Pure)

Integrated analysis of population genomics, transcriptomics and virulence provides novel insights into Streptococcus pyogenes pathogenesis

Kachroo, P., Eraso, J. M., Olsen, R. J., Beres, S. B., Zhu, L., Nasser, W., Bernard, P. E., Cantu, C. C., Saavedra, M. O., Arredondo, M. J., Strope, B., Do, H., Kumaraswami, M., Vuopio, J., Gröndahl-Yli-Hannuksela, K., Kristinsson, K. G., Gottfredsson, M., Pesonen, M., Pensar, J., Davenport, E. R. & 11 muuta, Clark, A. G., Corander, J., Caugant, D. A., Gaini, S., Magnussen, M. D., Kubiak, S. L., Nguyen, H. A. T., Long, S. W., Porter, A. R., DeLeo, F. R. & Musser, J. M., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : NATURE GENETICS. 51, 3, s. 548-559 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

18 Sitaatiot (Scopus)

Integrating neurophysiologic relevance feedback in intent modeling for information retrieval

Jacucci, G., Barral, O., Daee, P., Wenzel, M., Serim, B., Ruotsalo, T., Pluchino, P., Freeman, J., Gamberini, L., Kaski, S. & Blankertz, B., 12 maaliskuuta 2019, julkaisussa : JOURNAL OF THE ASSOCIATION FOR INFORMATION SCIENCE AND TECHNOLOGY. 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
156 Lataukset (Pure)
Open access

Local dimension reduction of summary statistics for likelihood-free inference

Siren, J. & Kaski, S., 4 lokakuuta 2019, julkaisussa : STATISTICS AND COMPUTING. 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
42 Lataukset (Pure)

Maternal pre- and postnatal anxiety symptoms and infant attention disengagement from emotional faces

Kataja, E. L., Karlsson, L., Parsons, C. E., Pelto, J., Pesonen, H., Häikiö, T., Hyönä, J., Nolvi, S., Korja, R. & Karlsson, H., 15 tammikuuta 2019, julkaisussa : Journal of Affective Disorders. 243, s. 280-289 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

5 Sitaatiot (Scopus)

Meta-analysis of Bayesian analyses

Blomstedt, P., Parente Paiva Mesquita, D., Lintusaari, J., Sivula, T., Corander, J. & Kaski, S., 2019, (Jätetty) julkaisussa : Submitted.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Mobile Brainwaves: On the Interchangeability of Simple authentication Tasks with Low-Cost, Single-Electrode EEG Devices

Haukipuro, E-S., Kolehmainen, V., Myllärinen, J., Remander, S., Salo, J., Takko, T., Nguyen, L., Sigg, S. & Findling, R., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : IEICE Transactions on Communications. E102-B, 4, s. 760-767 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Modelling G×E with historical weather information improves genomic prediction in new environments

Gillberg, J., Marttinen, P., Mamitsuka, H. & Kaski, S., 15 lokakuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics (Oxford, England). 35, 20, s. 4045-4052 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
38 Lataukset (Pure)

NetGO: improving large-scale protein function prediction with massive network information

You, R., Yao, S., Xiong, Y., Huang, X., Sun, F., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 2 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 47, W1, s. W379-W387

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
7 Sitaatiot (Scopus)
58 Lataukset (Pure)

Parameter Inference for Computational Cognitive Models with Approximate Bayesian Computation

Kangasrääsiö, A., Jokinen, J. P. P., Oulasvirta, A., Howes, A. & Kaski, S., 1 kesäkuuta 2019, julkaisussa : COGNITIVE SCIENCE. 43, 6, 40 Sivumäärä, 12738.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
116 Lataukset (Pure)

Privacy-preserving data sharing via probabilistic modelling

Jälkö, J., Lagespetz, E., Haukka, J., Tarkoma, S., Kaski, S. & Honkela, A., 2019, (Jätetty) julkaisussa : Submitted.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Recent advances and prospects of computational methods for metabolite identification: a review with emphasis on machine learning approaches

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 27 marraskuuta 2019, julkaisussa : BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. 20, 6, s. 2028-2043 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
21 Lataukset (Pure)

Representation transfer for differentially private drug sensitivity prediction

Niinimäki, T., Heikkilä, M. A., Honkela, A. & Kaski, S., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i218-i224 btz373.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
69 Lataukset (Pure)

Scaling up the effects of inbreeding depression from individuals to metapopulations

Nonaka, E., Sirén, J., Somervuo, P., Ruokolainen, L., Ovaskainen, O. & Hanski, I., elokuuta 2019, julkaisussa : Journal of Animal Ecology. 88, 8, s. 1202-1214

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Single-subject analysis of N400 event-related potential component with five different methods

Kallionpää, R. E., Pesonen, H., Scheinin, A., Sandman, N., Laitio, R., Scheinin, H., Revonsuo, A. & Valli, K., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : International Journal of Psychophysiology. 144, s. 14-24 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
70 Lataukset (Pure)

Variable opportunities for outcrossing result in hotspots of novel genetic variation in a pathogen metapopulation: Spatially variable opportunities for outcrossing in an obligate pathogen

Laine, A. L., Barrès, B., Numminen, E. & Sirén, J. P., 1 kesäkuuta 2019, julkaisussa : ELIFE. 8

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
77 Lataukset (Pure)

Variable opportunities for outcrossing result in hotspots of novel genetic variation in a pathogen metapopulation

Laine, A-L., Barres, B., Numminen, E. & Siren, J. P., 18 kesäkuuta 2019, julkaisussa : ELIFE. 8, s. 1-17 17 Sivumäärä, 47091.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
77 Lataukset (Pure)
2018

A Combined PLS and Negative Binomial Regression Model for Inferring Association Networks from Next-generation Sequencing Count Data

Pesonen, M., Nevalainen, J., Potter, S., Datta, S. & Datta, S., 1 toukokuuta 2018, julkaisussa : IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS. 15, 3, s. 760-773 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
159 Lataukset (Pure)

Approximate message passing for nonconvex sparse regularization with stability and asymptotic analysis

Sakata, A. & Xu, Y., 13 maaliskuuta 2018, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2018, 3, s. 1-35 033404.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
118 Lataukset (Pure)

Bacmeta: Simulator for genomic evolution in bacterial metapopulations

Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. 2308-2310 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
2 Sitaatiot (Scopus)

Binary patterns encoded convolutional neural networks for texture recognition and remote sensing scene classification

Anwer, R. M., Khan, F. S., van de Weijer, J., Molinier, M. & Laaksonen, J., 1 huhtikuuta 2018, julkaisussa : ISPRS Journal of Photogrammetry and Remote Sensing. 138, s. 74-85 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

51 Sitaatiot (Scopus)

Biosignals reflect pair-dynamics in collaborative work: EDA and ECG study of pair-programming in a classroom environment

Ahonen, L., Cowley, B. U., Hellas, A. & Puolamäki, K., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 1, s. 1-16 3138.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
14 Sitaatiot (Scopus)
144 Lataukset (Pure)

Characteristic functions of quantum heat with baths at different temperatures

Aurell, E., 7 kesäkuuta 2018, julkaisussa : Physical Review E. 97, 6, s. 1-9 062117.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
125 Lataukset (Pure)

Correlation-compressed direct-coupling analysis

Gao, C. Y., Zhou, H. J. & Aurell, E., 11 syyskuuta 2018, julkaisussa : Physical Review E. 98, 3, s. 1-15 032407.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
177 Lataukset (Pure)