Tutkimustuotos

Abstract

Is the potential B2B buyer interested or ready to buy? Estimating the stage of the B2B buying behavior

Barzegar Marvasti, N., Huhtala, J-P., Rezaei Yousefi, Z., Upreti, B., Malo, P., Kaski, S. & Tikkanen, H., elokuuta 2019.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaAbstractScientificvertaisarvioitu

Local Interpretable Model-agnostic Explanations of Bayesian Predictive Models via Kullback-Leibler Projections

Peltola, T., 13 heinäkuuta 2018.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaAbstractScientificvertaisarvioitu

Understanding quantitative determinants of film mood in different types of scenes

Tarvainen, J., Laaksonen, J. & Takala, T., 13 kesäkuuta 2017.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaAbstractScientificvertaisarvioitu

Using counterfactual queries to improve models for decision-support

Sundin, I., Schulam, P., Siivola, E., Vehtari, A., Saria, S. & Kaski, S., 2018.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaAbstractScientificvertaisarvioitu

Anthology

Aaltovaikutus = The Aalto Effect

Hölttä, M. (toim.), Flowers, A. (toim.), Hopiavaara, R. (toim.), Särkisilta-Lundberg, R. (toim.), Tolonen, A. (toim.), Seppälä, H. (toim.), Norjamäki, N. (toim.), Rosin, S. (toim.), Ollikainen, T. (toim.), Kinnunen, K. (toim.), Aulanko-Jokirinne, T. (toim.), Syri, S., Lundström, M., Malmi, T., Saarimaa, T., Helke, S., Kaski, S., Mäkelä, M., Mladenovic, M. & Remes, H., 2019, Aalto University. 198 Sivumäärä (Aalto-yliopiston julkaisusarja CROSSOVER; Vuosikerta 2019, nro 4)

Tutkimustuotos: KirjaAnthologyProfessional

Open access
Article

A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization incorporating within-host variation

Järvenpää, M., Sater, M. R. A., Lagoudas, G. K., Blainey, P. C., Miller, L. G., McKinnell, J. A., Huang, S. S., Grad, Y. H. & Marttinen, P., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : PLoS computational biology. 15, 4, s. 1-25 e1006534.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
103 Lataukset (Pure)

A Combined PLS and Negative Binomial Regression Model for Inferring Association Networks from Next-generation Sequencing Count Data

Pesonen, M., Nevalainen, J., Potter, S., Datta, S. & Datta, S., 1 toukokuuta 2018, julkaisussa : IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS. 15, 3, s. 760-773 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
159 Lataukset (Pure)

A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines

Gönen, M., Weir, B. A., Cowley, G. S., Vazquez, F., Guan, Y., Jaiswal, A., Karasuyama, M., Uzunangelov, V., Wang, T., Tsherniak, A., Howell, S., Marbach, D., Hoff, B., Norman, T. C., Airola, A., Bivol, A., Bunte, K., Carlin, D., Chopra, S., Deran, A. & 25 muuta, Ellrott, K., Gopalacharyulu, P., Graim, K., Kaski, S., Khan, S. A., Newton, Y., Ng, S., Pahikkala, T., Paull, E., Sokolov, A., Tang, H., Tang, J., Wennerberg, K., Xie, Y., Zhan, X., Zhu, F., Aittokallio, T., Mamitsuka, H., Stuart, J. M., Boehm, J. S., Root, D. E., Xiao, G., Stolovitzky, G., Hahn, W. C. & Margolin, A. A., 2017, julkaisussa : Cell Systems. 5, 5, s. 485-497

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

8 Sitaatiot (Scopus)

ADAPTIVE: LeArning DAta-dePendenT, concIse molecular VEctors for fast, accurate metabolite identification from tandem mass spectra

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i164-i172 btz319.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
64 Lataukset (Pure)

Adaptive edge weighting for graph-based learning algorithms

Karasuyama, M. & Mamitsuka, H., 2017, julkaisussa : Machine Learning. 106, 2, s. 307-335

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
409 Lataukset (Pure)

Advective-diffusive motion on large scales from small-scale dynamics with an internal symmetry

Marino, R. & Aurell, E., 30 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 6, s. 1-15 062147.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
101 Lataukset (Pure)

A Faster Tree-Decomposition Based Algorithm for Counting Linear Extensions

Kangas, K., Koivisto, M. & Salonen, S., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
32 Lataukset (Pure)

A Latent Feature Model Approach to Biclustering

Caldas, J. & Kaski, S., 2016, julkaisussa : International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics. 6, 2

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

Topa, H. & Honkela, A., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i147-i155

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
132 Lataukset (Pure)

Approximate message passing for nonconvex sparse regularization with stability and asymptotic analysis

Sakata, A. & Xu, Y., 13 maaliskuuta 2018, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2018, 3, s. 1-35 033404.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
118 Lataukset (Pure)

Artificial Neural Networks with Random Weights for Incomplete Datasets

Mesquita, D. P. P., Gomes, J. P. P. & Rodrigues, L. R., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Neural Processing Letters. 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

A sparse linear regression model for incomplete datasets

Veras, M. B. A., Mesquita, D. P. P., Mattos, C. L. C. & Gomes, J. P. P., 4 joulukuuta 2019, julkaisussa : Pattern Analysis and Applications.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

A transcriptomics data-driven gene space accurately predicts liver cytopathology and drug-induced liver injury

Kohonen, P., Parkkinen, J. A., Willighagen, E. L., Ceder, R., Wennerberg, K., Kaski, S. & Grafström, R. C., 3 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Nature Communications. 8, s. 1-15 15932.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
32 Sitaatiot (Scopus)
145 Lataukset (Pure)

Bacmeta: Simulator for genomic evolution in bacterial metapopulations

Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. 2308-2310 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
2 Sitaatiot (Scopus)

Bacmeta: simulation for genomic evolution in bacterial metapopulations

Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 2017, julkaisussa : bioRxiv.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientific

Bayes Forest: A data-intensive generator of morphological tree clones

Potapov, I., Järvenpää, M., Åkerblom, M., Raumonen, P. & Kaasalainen, M., 2017, julkaisussa : GigaScience. 6, 10, s. 1-13 gix079.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
58 Lataukset (Pure)

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
86 Lataukset (Pure)

Bayesian multi-tensor factorization

Khan, S., Leppäaho, E. & Kaski, S., marraskuuta 2016, julkaisussa : Machine Learning. 105, 2, s. 233-253 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

15 Sitaatiot (Scopus)

Binary patterns encoded convolutional neural networks for texture recognition and remote sensing scene classification

Anwer, R. M., Khan, F. S., van de Weijer, J., Molinier, M. & Laaksonen, J., 1 huhtikuuta 2018, julkaisussa : ISPRS Journal of Photogrammetry and Remote Sensing. 138, s. 74-85 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

51 Sitaatiot (Scopus)

Biosignals reflect pair-dynamics in collaborative work: EDA and ECG study of pair-programming in a classroom environment

Ahonen, L., Cowley, B. U., Hellas, A. & Puolamäki, K., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 1, s. 1-16 3138.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
14 Sitaatiot (Scopus)
144 Lataukset (Pure)

Block HSIC Lasso: Model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data

Climente-González, H., Azencott, C. A., Kaski, S. & Yamada, M., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i427-i435 btz333.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
76 Lataukset (Pure)

Brain-to-brain hyperclassification reveals action-specific motor mapping of observed actions in humans

Smirnov, D., Lachat, F., Peltola, T., Lahnakoski, J., Koistinen, O-P., Glerean, E., Vehtari, A., Hari, R., Sams, M. & Nummenmaa, L., 11 joulukuuta 2017, julkaisussa : PloS one. 12, 12, e0189508.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
88 Lataukset (Pure)

Causal analysis, Correlation-Response, and Dynamic cavity

Aurell, E. & Ferraro, G. D., 6 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 699, 1, s. 1-12 012002.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
271 Lataukset (Pure)

Cavity master equation for the continuous time dynamics of discrete-spin models

Aurell, E., Del Ferraro, G., Dominguez, E. & Mulet, R., 12 toukokuuta 2017, julkaisussa : Physical Review E. 95, 5, s. 1-14 14 Sivumäärä, 052119.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
114 Lataukset (Pure)

Characteristic functions of quantum heat with baths at different temperatures

Aurell, E., 7 kesäkuuta 2018, julkaisussa : Physical Review E. 97, 6, s. 1-9 062117.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
125 Lataukset (Pure)

Cluster analysis to estimate the risk of preeclampsia in the high-risk Prediction and Prevention of Preeclampsia and Intrauterine Growth Restriction (PREDO) study

Villa, P. M., Marttinen, P., Gillberg, J., Inkeri Lokki, A., Majander, K., Ordén, M. R., Taipale, P., Pesonen, A., Räikkönen, K., Hämäläinen, E., Kajantie, E. & Laivuori, H., 1 maaliskuuta 2017, julkaisussa : PloS one. 12, 3, s. 1-14 e0174399.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
11 Sitaatiot (Scopus)
147 Lataukset (Pure)

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Kaski, S. & Marttinen, P., 17 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, s. 1-17 17 Sivumäärä, 2674.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
24 Sitaatiot (Scopus)
88 Lataukset (Pure)

Correlation-compressed direct-coupling analysis

Gao, C. Y., Zhou, H. J. & Aurell, E., 11 syyskuuta 2018, julkaisussa : Physical Review E. 98, 3, s. 1-15 032407.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
177 Lataukset (Pure)

Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis

Sieberts, S. K., Zhu, F., García-García, J., Stahl, E., Pratap, A., Pandey, G., Pappas, D., Aguilar, D., Anton, B., Bonet, J., Eksi, R., Fornés, O., Guney, E., Li, H., Marín, M. A., Panwar, B., Planas-Iglesias, J., Poglayen, D., Cui, J., Falcao, A. O. & 73 muuta, Suver, C., Hoff, B., Balagurusamy, V. S. K., Dillenberger, D., Neto, E. C., Norman, T., Aittokallio, T., Ammad-Ud-Din, M., Azencott, C. A., Bellón, V., Boeva, V., Bunte, K., Chheda, H., Cheng, L., Corander, J., Dumontier, M., Goldenberg, A., Gopalacharyulu, P., Hajiloo, M., Hidru, D., Jaiswal, A., Kaski, S., Khalfaoui, B., Khan, S. A., Kramer, E. R., Marttinen, P., Mezlini, A. M., Molparia, B., Pirinen, M., Saarela, J., Samwald, M., Stoven, V., Tang, H., Tang, J., Torkamani, A., Vert, J. P., Wang, B., Wang, T., Wennerberg, K., Wineinger, N. E., Xiao, G., Xie, Y., Yeung, R., Zhan, X., Zhao, C., Greenberg, J., Kremer, J., Michaud, K., Barton, A., Coenen, M., Mariette, X., Miceli, C., Shadick, N., Weinblatt, M., De Vries, N., Tak, P. P., Gerlag, D., Huizinga, T. W. J., Kurreeman, F., Allaart, C. F., Louis Bridges, S., Criswell, L., Moreland, L., Klareskog, L., Saevarsdottir, S., Padyukov, L., Gregersen, P. K., Friend, S., Plenge, R., Stolovitzky, G., Oliva, B., Guan, Y. & Mangravite, L. M., 23 elokuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, s. 1-9 12460.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
42 Sitaatiot (Scopus)
157 Lataukset (Pure)

DeepMeSH: Deep semantic representation for improving large-scale MeSH indexing

Peng, S., You, R., Wang, H., Zhai, C., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i70-i79 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
38 Sitaatiot (Scopus)
105 Lataukset (Pure)

Depression, depressive symptoms and treatments in women who have recently given birth: UK cohort study

Petersen, I., Peltola, T., Kaski, S., Walters, K. R. & Hardoon, S., 24 lokakuuta 2018, julkaisussa : BMJ Open. 8, 10, s. 1-8 8 Sivumäärä, e02215.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
102 Lataukset (Pure)

Differentially private cross-silo federated learning

Heikkilä, M., Koskela, A., Shimizu, K., Kaski, S. & Honkela, A., 2020, (Jätetty) julkaisussa : Submitted.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Diffusion of a Brownian ellipsoid in a force field

Aurell, E., Bo, S., Dias, M., Eichhorn, R. & Marino, R., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : EPL. 114, 3, 30005.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

4 Sitaatiot (Scopus)

Discovering heritable modes of MEG spectral power

Leppäaho, E., Renvall, H., Salmela, E., Kere, J., Salmelin, R. & Kaski, S., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Human Brain Mapping . 40, 5, s. 1391-1402 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
105 Lataukset (Pure)

Distributed Bayesian matrix factorization with limited communication

Qin, X., Blomstedt, P., Leppäaho, E., Parviainen, P. & Kaski, S., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Machine Learning. s. 1-26

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
106 Lataukset (Pure)

DrugE-Rank: Improving drug-target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank

Yuan, Q., Gao, J., Wu, D., Zhang, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i18-i27 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
56 Sitaatiot (Scopus)
73 Lataukset (Pure)

Drug response prediction by inferring pathway-response associations with kernelized Bayesian matrix factorization

Ammad-ud-din, M., Khan, S. A., Malani, D., Murumägi, A., Kallioniemi, O., Aittokallio, T. & Kaski, S., 3 syyskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 17, s. i455-i463 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

28 Sitaatiot (Scopus)

Effect of spatial connectivity on host resistance in a highly fragmented natural pathosystem

Höckerstedt, L. M., Siren, J. P. & Laine, A. L., kesäkuuta 2018, julkaisussa : Journal of Evolutionary Biology. 31, 6, s. 844-852

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
135 Lataukset (Pure)

Efficient acquisition rules for model-based approximate Bayesian computation

Järvenpää, M., Gutmann, M. U., Pleska, A., Vehtari, A. & Marttinen, P., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Bayesian Analysis. 14, 2, s. 595-622 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
103 Lataukset (Pure)

Efficient differentially private learning improves drug sensitivity prediction

Honkela, A., Das, M., Nieminen, A., Dikmen, O. & Kaski, S., 6 helmikuuta 2018, julkaisussa : BIOLOGY DIRECT. 13, 1, s. 1-12

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
119 Lataukset (Pure)

ELFI: Engine for likelihood-free inference

Lintusaari, J., Vuollekoski, H., Kangasrääsiö, A., Skytén, K., Järvenpää, M., Marttinen, P., Gutmann, M. U., Vehtari, A., Corander, J. & Kaski, S., 1 elokuuta 2018, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 19, s. 1-7 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
8 Sitaatiot (Scopus)
45 Lataukset (Pure)

Emergence of ceftazidime-avibactam-resistant Klebsiella pneumoniae during treatment, Finland, December 2018

Räisänen, K., Koivula, I., Ilmavirta, H., Puranen, S., Kallonen, T., Lyytikäinen, O. & Jalava, J., 1 toukokuuta 2019, julkaisussa : EUROSURVEILLANCE. 24, 19, s. 1-3

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
113 Lataukset (Pure)

Entropy production of a Brownian ellipsoid in the overdamped limit

Marino, R., Eichhorn, R. & Aurell, E., 19 tammikuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 1, s. 1-15 012132.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
9 Sitaatiot (Scopus)
89 Lataukset (Pure)

Expectation propagation as a way of life: A framework for Bayesian inference on partitioned data

Vehtari, A., Gelman, A., Sivula, T., Jylänki, P., Tran, D., Sahai, S., Blomstedt, P., Cunningham, J. P., Schiminovich, D. & Robert, C. P., 2020, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 21, s. 1-53

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Lataukset (Pure)

Expectation propagation as a way of life: A framework for Bayesian inference on partitioned data

Gelman, A., Vehtari, A., Jylänki, P., Sivula, T., Tran, D., Sahai, S., Blomstedt, P., Cunningham, J. P., Schiminovich, D. & Robert, C., 2017, (Jätetty) julkaisussa : arXiv.org.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientific

Tiedosto