Tutkimustuotos

Aaltovaikutus = The Aalto Effect

Hölttä, M. (toim.), Flowers, A. (toim.), Hopiavaara, R. (toim.), Särkisilta-Lundberg, R. (toim.), Tolonen, A. (toim.), Seppälä, H. (toim.), Norjamäki, N. (toim.), Rosin, S. (toim.), Ollikainen, T. (toim.), Kinnunen, K. (toim.), Aulanko-Jokirinne, T. (toim.), Syri, S., Lundström, M., Malmi, T., Saarimaa, T., Helke, S., Kaski, S., Mäkelä, M., Mladenovic, M. & Remes, H., 2019, Aalto University. 198 Sivumäärä (Aalto-yliopiston julkaisusarja CROSSOVER; Vuosikerta 2019, nro 4)

Tutkimustuotos: KirjaAnthologyProfessional

Open access

A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization

Järvenpää, M., Sater, M., Lagoudas, G., Blainey, P. C., Miller, L., McKinnell, J., Huang, S., Grad, Y. & Marttinen, P., joulukuuta 2018.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaPosterScientificvertaisarvioitu

A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization incorporating within-host variation

Järvenpää, M., Sater, M. R. A., Lagoudas, G. K., Blainey, P. C., Miller, L. G., McKinnell, J. A., Huang, S. S., Grad, Y. H. & Marttinen, P., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : PLoS computational biology. 15, 4, s. 1-25 e1006534.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
103 Lataukset (Pure)

A Combined PLS and Negative Binomial Regression Model for Inferring Association Networks from Next-generation Sequencing Count Data

Pesonen, M., Nevalainen, J., Potter, S., Datta, S. & Datta, S., 1 toukokuuta 2018, julkaisussa : IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS. 15, 3, s. 760-773 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
159 Lataukset (Pure)

A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines

Gönen, M., Weir, B. A., Cowley, G. S., Vazquez, F., Guan, Y., Jaiswal, A., Karasuyama, M., Uzunangelov, V., Wang, T., Tsherniak, A., Howell, S., Marbach, D., Hoff, B., Norman, T. C., Airola, A., Bivol, A., Bunte, K., Carlin, D., Chopra, S., Deran, A. & 25 muuta, Ellrott, K., Gopalacharyulu, P., Graim, K., Kaski, S., Khan, S. A., Newton, Y., Ng, S., Pahikkala, T., Paull, E., Sokolov, A., Tang, H., Tang, J., Wennerberg, K., Xie, Y., Zhan, X., Zhu, F., Aittokallio, T., Mamitsuka, H., Stuart, J. M., Boehm, J. S., Root, D. E., Xiao, G., Stolovitzky, G., Hahn, W. C. & Margolin, A. A., 2017, julkaisussa : Cell Systems. 5, 5, s. 485-497

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

8 Sitaatiot (Scopus)

A conceptual framework for personalization of indoor comfort parameters based on office workers’ preferences

Mirzaeifar, S., Daee, P. & Singh, V., 1 tammikuuta 2018, Product Lifecycle Management to Support Industry 4.0 - 15th IFIP WG 5.1 International Conference, PLM 2018, Proceedings. Ríos, J., Noël, F., Chiabert, P. & Bouras, A. (toim.). s. 35-45 11 Sivumäärä (IFIP Advances in Information and Communication Technology; Vuosikerta 540).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Active Learning for Decision-Making from Imbalanced Observational Data

Sundin, I., Schulam, P., Siivola, E., Vehtari, A., Saria, S. & Kaski, S., 2019, 36th International Conference on Machine Learning, ICML 2019. s. 10578-10587 10 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 97).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
15 Lataukset (Pure)

ADAPTIVE: LeArning DAta-dePendenT, concIse molecular VEctors for fast, accurate metabolite identification from tandem mass spectra

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i164-i172 btz319.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
64 Lataukset (Pure)

Adaptive edge weighting for graph-based learning algorithms

Karasuyama, M. & Mamitsuka, H., 2017, julkaisussa : Machine Learning. 106, 2, s. 307-335

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
409 Lataukset (Pure)

Advective-diffusive motion on large scales from small-scale dynamics with an internal symmetry

Marino, R. & Aurell, E., 30 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 6, s. 1-15 062147.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
101 Lataukset (Pure)

A Faster Tree-Decomposition Based Algorithm for Counting Linear Extensions

Kangas, K., Koivisto, M. & Salonen, S., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
32 Lataukset (Pure)

A generative approach for image-based modeling of tumor growth

Menze, B. H., Van Leemput, K., Honkela, A., Konukoglu, E., Weber, M. A., Ayache, N. & Golland, P., 2011, INFORMATION PROCESSING IN MEDICAL IMAGING. s. 735-747 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6801).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

35 Sitaatiot (Scopus)

A high-performance implementation of bayesian matrix factorization with limited communication

Vander Aa, T., Qin, X., Blomstedt, P., Wuyts, R., Verachtert, W. & Kaski, S., 1 tammikuuta 2020, Computational Science – ICCS 2020 - 20th International Conference, Proceedings. Krzhizhanovskaya, V. V., Závodszky, G., Lees, M. H., Sloot, P. M. A., Sloot, P. M. A., Sloot, P. M. A., Dongarra, J. J., Brissos, S. & Teixeira, J. (toim.). SPRINGER , s. 3-16 14 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 12142 LNCS).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

AI4TV 2019: 1st international workshop on AI for smart TV content production, access and delivery

Troncy, R., Laaksonen, J., Tavakoli, H. R., Nixon, L. & Mezaris, V., 15 lokakuuta 2019, MM 2019 - Proceedings of the 27th ACM International Conference on Multimedia. ACM, s. 2716-2717 2 Sivumäärä (MM 2019 - Proceedings of the 27th ACM International Conference on Multimedia).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

AI is far from ready

Kaski, S., 2018, 1 Sivumäärä. AALTO-YLIOPISTO.

Tutkimustuotos: Muu tuotosProfessional

AiProAnnotator: Low-rank Approximation with network side information for high-performance, large-scale human Protein abnormality Annotator

Gao, J., Yao, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 2018, Proceedings - 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2018. s. 13-20 8 Sivumäärä 8621517

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
89 Lataukset (Pure)

A Latent Feature Model Approach to Biclustering

Caldas, J. & Kaski, S., 2016, julkaisussa : International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics. 6, 2

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

A Multi-Task Bayesian Deep Neural Net for Detecting Life-Threatening Infant Incidents From Head Images

Wang, T-J. J., Laaksonen, J., Liao, Y-P., Wu, B-Z. & Shen, S-Y., 2019, 2019 IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2019 - Proceedings. IEEE, s. 3006-3010 5 Sivumäärä 8803332

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
37 Lataukset (Pure)

A Mutually-Dependent Hadamard Kernel for Modelling Latent Variable Couplings

Remes, S., Heinonen, M. & Kaski, S., marraskuuta 2017, Proceedings of the 9th Asian Conference on Machine Learning. Zhang, M-L. & Noh, Y-K. (toim.). s. 455-470 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 77).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
34 Lataukset (Pure)

Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

Topa, H. & Honkela, A., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i147-i155

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
132 Lataukset (Pure)

An Information Retrieval Approach for Finding Dependent Subspaces of Multiple Views

Lin, Z. & Peltonen, J., heinäkuuta 2017, Machine Learning and Data Mining in Pattern Recognition: 13th International Conference, MLDM 2017 New York, NY, USA, July 15 – 20, 2017, Proceedings. Perner, P. (toim.). s. 1-16 15 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 10358).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Approximate message passing for nonconvex sparse regularization with stability and asymptotic analysis

Sakata, A. & Xu, Y., 13 maaliskuuta 2018, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2018, 3, s. 1-35 033404.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
118 Lataukset (Pure)

A Robust Convex Formulation for Ensemble Clustering

Gao, J., Yamada, M., Kaski, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., heinäkuuta 2016, Proceedings of the Twenty-Fifth International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-16). Kambhampati, S. (toim.). 2275 East Bayshore Road, Suite 160, Palo Alto CA 94303 USA: AAAI PRESS, s. 1476-1482 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
65 Lataukset (Pure)

Artificial Neural Networks with Random Weights for Incomplete Datasets

Mesquita, D. P. P., Gomes, J. P. P. & Rodrigues, L. R., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Neural Processing Letters. 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

A Scalable Scheme for Counting Linear Extensions

Talvitie, T., Kangas, J-K., Niinimäki, T. & Koivisto, M., 2018, IJCAI'18: Proceedings of the 27th International Joint Conference on Artificial Intelligence. s. 5119–5125

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

A sparse linear regression model for incomplete datasets

Veras, M. B. A., Mesquita, D. P. P., Mattos, C. L. C. & Gomes, J. P. P., 4 joulukuuta 2019, julkaisussa : Pattern Analysis and Applications.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

A transcriptomics data-driven gene space accurately predicts liver cytopathology and drug-induced liver injury

Kohonen, P., Parkkinen, J. A., Willighagen, E. L., Ceder, R., Wennerberg, K., Kaski, S. & Grafström, R. C., 3 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Nature Communications. 8, s. 1-15 15932.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
32 Sitaatiot (Scopus)
145 Lataukset (Pure)

AttentionXML: Label Tree-based Attention-Aware Deep Model for High-Performance Extreme Multi-Label Text Classification

You, R., Zhang, Z., Wang, Z., Dai, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., joulukuuta 2019, ADVANCES IN NEURAL INFORMATION PROCESSING SYSTEMS 32 (NIPS 2019). Wallach, H., Larochelle, H., Beygelzimer, A., d'Alche-Buc, F., Fox, E. & Garnett, R. (toim.). 11 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems; Vuosikerta 32).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Author Tree-Structured Hierarchical Dirichlet Process

Alam, M. H., Peltonen, J., Nummenmaa, J. & Järvelin, K., 1 tammikuuta 2018, Discovery Science - 21st International Conference, DS 2018, Proceedings. Ceci, M., Soldatova, L., Vanschoren, J. & Papadopoulos, G. (toim.). s. 311-327 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 11198 LNAI).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
1 Sitaatiot (Scopus)

Bacmeta: Simulator for genomic evolution in bacterial metapopulations

Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. 2308-2310 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
2 Sitaatiot (Scopus)

Bacmeta: simulation for genomic evolution in bacterial metapopulations

Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 2017, julkaisussa : bioRxiv.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientific

Batch simulations and uncertainty quantification in Gaussian process surrogate approximate Bayesian computation

Järvenpää, M., Vehtari, A. & Marttinen, P., 2020, (Hyväksytty/In press) Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI 2020).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Bayes Forest: A data-intensive generator of morphological tree clones

Potapov, I., Järvenpää, M., Åkerblom, M., Raumonen, P. & Kaasalainen, M., 2017, julkaisussa : GigaScience. 6, 10, s. 1-13 gix079.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
58 Lataukset (Pure)

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
86 Lataukset (Pure)

Bayesian multi-tensor factorization

Khan, S., Leppäaho, E. & Kaski, S., marraskuuta 2016, julkaisussa : Machine Learning. 105, 2, s. 233-253 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

15 Sitaatiot (Scopus)

Bayesian Multi-View Factor Models for Drug Response and Brain Imaging Studies

Leppäaho, E., 2018, Aalto University. 168 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Doctoral ThesisCollection of Articles

Open access

Bayesian Networks for Variable Groups

Parviainen, P. & Kaski, S., 2016, JMLR: Workshop and Conference Proceedings. JMLR, Vuosikerta 52. s. 380-391 (JMLR: Workshop and Conference Proceedings).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Bayesian optimization for likelihood-free inference of simulator-based statistical models

Gutmann, M. U. & Corander, J., 1 elokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17, s. 1-47 47 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliReview ArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
51 Sitaatiot (Scopus)
10 Lataukset (Pure)

BCI for physiological text annotation

Barral, O., Kosunen, I., Ruotsalo, T., Spapé, M. M., Eugster, M. J. A., Ravaja, N., Kaski, S. & Jacucci, G., 13 maaliskuuta 2017, BCIforReal 2017 - Proceedings of the 2017 ACM Workshop on An Application-Oriented Approach to BCI Out of the Laboratory, co-located with IUI 2017. ACM, s. 9-13 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Binary patterns encoded convolutional neural networks for texture recognition and remote sensing scene classification

Anwer, R. M., Khan, F. S., van de Weijer, J., Molinier, M. & Laaksonen, J., 1 huhtikuuta 2018, julkaisussa : ISPRS Journal of Photogrammetry and Remote Sensing. 138, s. 74-85 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

51 Sitaatiot (Scopus)

Biosignals reflect pair-dynamics in collaborative work: EDA and ECG study of pair-programming in a classroom environment

Ahonen, L., Cowley, B. U., Hellas, A. & Puolamäki, K., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 1, s. 1-16 3138.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
14 Sitaatiot (Scopus)
144 Lataukset (Pure)

Block HSIC Lasso: Model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data

Climente-González, H., Azencott, C. A., Kaski, S. & Yamada, M., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i427-i435 btz333.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
76 Lataukset (Pure)

Bottom-Up Attention, Models of

Borji, A., Rezazadegan Tavakoli, H. & Bylinskii, Z., 2019, Encyclopedia of Computational Neuroscience .

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

Open access

Bottom-Up Attention Guidance for Recurrent Image Recognition

Rezazadegan Tavakoli, H., Borji, A., Anwer, R., Rahtu, E. & Kannala, J., 2018, 2018 IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2018 - Proceedings. IEEE, s. 3004-3008 5 Sivumäärä 8451537

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Brain-to-brain hyperclassification reveals action-specific motor mapping of observed actions in humans

Smirnov, D., Lachat, F., Peltola, T., Lahnakoski, J., Koistinen, O-P., Glerean, E., Vehtari, A., Hari, R., Sams, M. & Nummenmaa, L., 11 joulukuuta 2017, julkaisussa : PloS one. 12, 12, e0189508.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
88 Lataukset (Pure)

CalCleaveMKL: a Tool for Calpain Cleavage Prediction

duVerle, D. A. & Mamitsuka, H., 1 tammikuuta 2019, Calpain. s. 121-147 27 Sivumäärä (Methods in molecular biology; Vuosikerta 1915).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Causal analysis, Correlation-Response, and Dynamic cavity

Aurell, E. & Ferraro, G. D., 6 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 699, 1, s. 1-12 012002.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
271 Lataukset (Pure)

Cavity master equation for the continuous time dynamics of discrete-spin models

Aurell, E., Del Ferraro, G., Dominguez, E. & Mulet, R., 12 toukokuuta 2017, julkaisussa : Physical Review E. 95, 5, s. 1-14 14 Sivumäärä, 052119.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
114 Lataukset (Pure)

Characteristic functions of quantum heat with baths at different temperatures

Aurell, E., 7 kesäkuuta 2018, julkaisussa : Physical Review E. 97, 6, s. 1-9 062117.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
125 Lataukset (Pure)

Classification of weak multi-view signals by sharing factors in a mixture of Bayesian group factor analyzers

Remes, S., Mononen, T. & Kaski, S., 14 toukokuuta 2016, Proceedings of the 5th Workshop on Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging (MLINI) at NIPS 2015. Rish, I., Wehbe, L., Langs, G., Grosse-Wentrup, M., Murphy, B. & Cecchi, G. (toim.). https://arxiv.org/abs/1605.04435, 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Open access