Tutkimustuotos

2011

A generative approach for image-based modeling of tumor growth

Menze, B. H., Van Leemput, K., Honkela, A., Konukoglu, E., Weber, M. A., Ayache, N. & Golland, P., 2011, INFORMATION PROCESSING IN MEDICAL IMAGING. s. 735-747 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 6801).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

35 Sitaatiot (Scopus)
2014

PicSOM Experiments in TRECVID 2014

Ishikawa, S., Koskela, M., Sjöberg, M., Anwer, R. M., Laaksonen, J. & Oja, E., 2014, TRECVID workshop, TRECVID, Orlando, USA, November 10-12 2014.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

2016

Advective-diffusive motion on large scales from small-scale dynamics with an internal symmetry

Marino, R. & Aurell, E., 30 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 6, s. 1-15 062147.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
101 Lataukset (Pure)

A Latent Feature Model Approach to Biclustering

Caldas, J. & Kaski, S., 2016, julkaisussa : International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics. 6, 2

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

Topa, H. & Honkela, A., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i147-i155

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
132 Lataukset (Pure)

A Robust Convex Formulation for Ensemble Clustering

Gao, J., Yamada, M., Kaski, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., heinäkuuta 2016, Proceedings of the Twenty-Fifth International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-16). Kambhampati, S. (toim.). 2275 East Bayshore Road, Suite 160, Palo Alto CA 94303 USA: AAAI PRESS, s. 1476-1482 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
65 Lataukset (Pure)

Bayesian multi-tensor factorization

Khan, S., Leppäaho, E. & Kaski, S., marraskuuta 2016, julkaisussa : Machine Learning. 105, 2, s. 233-253 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

15 Sitaatiot (Scopus)

Bayesian Networks for Variable Groups

Parviainen, P. & Kaski, S., 2016, JMLR: Workshop and Conference Proceedings. JMLR, Vuosikerta 52. s. 380-391 (JMLR: Workshop and Conference Proceedings).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Bayesian optimization for likelihood-free inference of simulator-based statistical models

Gutmann, M. U. & Corander, J., 1 elokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17, s. 1-47 47 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliReview ArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
51 Sitaatiot (Scopus)
10 Lataukset (Pure)

Causal analysis, Correlation-Response, and Dynamic cavity

Aurell, E. & Ferraro, G. D., 6 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 699, 1, s. 1-12 012002.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
271 Lataukset (Pure)

Classification of weak multi-view signals by sharing factors in a mixture of Bayesian group factor analyzers

Remes, S., Mononen, T. & Kaski, S., 14 toukokuuta 2016, Proceedings of the 5th Workshop on Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging (MLINI) at NIPS 2015. Rish, I., Wehbe, L., Langs, G., Grosse-Wentrup, M., Murphy, B. & Cecchi, G. (toim.). https://arxiv.org/abs/1605.04435, 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Open access

Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis

Sieberts, S. K., Zhu, F., García-García, J., Stahl, E., Pratap, A., Pandey, G., Pappas, D., Aguilar, D., Anton, B., Bonet, J., Eksi, R., Fornés, O., Guney, E., Li, H., Marín, M. A., Panwar, B., Planas-Iglesias, J., Poglayen, D., Cui, J., Falcao, A. O. & 73 muuta, Suver, C., Hoff, B., Balagurusamy, V. S. K., Dillenberger, D., Neto, E. C., Norman, T., Aittokallio, T., Ammad-Ud-Din, M., Azencott, C. A., Bellón, V., Boeva, V., Bunte, K., Chheda, H., Cheng, L., Corander, J., Dumontier, M., Goldenberg, A., Gopalacharyulu, P., Hajiloo, M., Hidru, D., Jaiswal, A., Kaski, S., Khalfaoui, B., Khan, S. A., Kramer, E. R., Marttinen, P., Mezlini, A. M., Molparia, B., Pirinen, M., Saarela, J., Samwald, M., Stoven, V., Tang, H., Tang, J., Torkamani, A., Vert, J. P., Wang, B., Wang, T., Wennerberg, K., Wineinger, N. E., Xiao, G., Xie, Y., Yeung, R., Zhan, X., Zhao, C., Greenberg, J., Kremer, J., Michaud, K., Barton, A., Coenen, M., Mariette, X., Miceli, C., Shadick, N., Weinblatt, M., De Vries, N., Tak, P. P., Gerlag, D., Huizinga, T. W. J., Kurreeman, F., Allaart, C. F., Louis Bridges, S., Criswell, L., Moreland, L., Klareskog, L., Saevarsdottir, S., Padyukov, L., Gregersen, P. K., Friend, S., Plenge, R., Stolovitzky, G., Oliva, B., Guan, Y. & Mangravite, L. M., 23 elokuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, s. 1-9 12460.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
42 Sitaatiot (Scopus)
156 Lataukset (Pure)

DeepMeSH: Deep semantic representation for improving large-scale MeSH indexing

Peng, S., You, R., Wang, H., Zhai, C., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i70-i79 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
38 Sitaatiot (Scopus)
105 Lataukset (Pure)

Diffusion of a Brownian ellipsoid in a force field

Aurell, E., Bo, S., Dias, M., Eichhorn, R. & Marino, R., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : EPL. 114, 3, 30005.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

4 Sitaatiot (Scopus)

DrugE-Rank: Improving drug-target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank

Yuan, Q., Gao, J., Wu, D., Zhang, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i18-i27 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
56 Sitaatiot (Scopus)
73 Lataukset (Pure)

Drug response prediction by inferring pathway-response associations with kernelized Bayesian matrix factorization

Ammad-ud-din, M., Khan, S. A., Malani, D., Murumägi, A., Kallioniemi, O., Aittokallio, T. & Kaski, S., 3 syyskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 17, s. i455-i463 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

28 Sitaatiot (Scopus)

ELFI: Engine for Likelihood-Free Inference

Kangasrääsiö, A., Lintusaari, J., Skyten, K., Järvenpää, M., Vuollekoski, H., Gutmann, M., Vehtari, A., Corander, J. & Kaski, S., 9 joulukuuta 2016. 4 Sivumäärä.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitysScientific

Entropy production of a Brownian ellipsoid in the overdamped limit

Marino, R., Eichhorn, R. & Aurell, E., 19 tammikuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 1, s. 1-15 012132.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
9 Sitaatiot (Scopus)
89 Lataukset (Pure)

Extracting relevance and affect information from physiological text annotation

Barral, O., Kosunen, I., Ruotsalo, T., Spapé, M. M., Eugster, M. J. A., Ravaja, N., Kaski, S. & Jacucci, G., 1 joulukuuta 2016, julkaisussa : User Modeling and User-Adapted Interaction. 26, 5, s. 493-520 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

10 Sitaatiot (Scopus)

Fundamentals and Recent Developments in Approximate Bayesian Computation

Lintusaari, J., Gutmann, M., Dutta, R., Kaski, S. & Corander, J., 2016, julkaisussa : SYSTEMATIC BIOLOGY. 66, 1, s. e66-e82

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
54 Sitaatiot (Scopus)
157 Lataukset (Pure)

Generating data to improve protein stability prediction

Heinonen, M., Jokinen, E., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 2016, Patenttinumero Provisional US 62/361511

Tutkimustuotos: PatenttiPatent

Interactive intent modeling from multiple feedback domains

Daee, P., Pyykkö, J., Glowacka, D. & Kaski, S., 7 maaliskuuta 2016, International Conference on Intelligent User Interfaces, Proceedings IUI. ACM, Vuosikerta 07-10-March-2016. s. 71-75 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

6 Sitaatiot (Scopus)

Interactive modeling of concept drift and errors in relevance feedback

Kangasrääsiö, A., Chen, Y., Głowacka, D. & Kaski, S., 13 heinäkuuta 2016, UMAP 2016 - Proceedings of the 2016 Conference on User Modeling Adaptation and Personalization. ACM, s. 185-193 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

4 Sitaatiot (Scopus)

Interactive user intent modeling for eliciting priors of a normal linear model

Sundin, I., Micallef, L., Marttinen, P., Ammad-Ud-Din, M., Peltola, T., Soare, M., Jacucci, G. & Kaski, S., 2016, s. 1-5.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitysScientific

Ladder Variational Autoencoders

Kaae Sønderby, C., Raiko, T., Maaløe, L., Kaae Sønderby, S. & Winther, O., 2016, Advances in Neural Information Processing Systems. Neural Information Processing Systems Foundation, s. 3745-3753 9 Sivumäärä (Advances in neural information processing systems; Vuosikerta 29).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Modelling-based experiment retrieval: A case study with gene expression clustering

Blomstedt, P., Dutta, R., Seth, S., Brazma, A. & Kaski, S., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 9, s. 1388-1394 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

6 Sitaatiot (Scopus)

Modern tools for old content-in search of named entities in a finnish ocred historical newspaper collection 1771-1910

Kettunen, K., Mäkelä, E., Kuokkala, J., Ruokolainen, T. & Niemi, J., 2016, Lernen, Wissen, Daten, Analysen 2016: Proceedings of the Conference "Lernen, Wissen, Daten, Analysen", Potsdam, Germany, September 12-14, 2016. Krestel, R., Mottin, D. & Müller, E. (toim.). CEUR, s. 124-135 12 Sivumäärä (CEUR Workshop Proceedings; Vuosikerta 1670).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
15 Lataukset (Pure)

Multiple output regression with latent noise

Gillberg, L., Marttinen, P., Pirinen, M., Kangas, A. J., Soininen, P., Ali, M., Havulinna, A. S., Järvelin, M. R., Ala-Korpela, M. & Kaski, S., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17, s. 1-35 35 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
19 Lataukset (Pure)

Natural brain-information interfaces: Recommending information by relevance inferred from human brain signals

Eugster, M., Ruotsalo, T., Spape, M., Barral, O., Ravaja, N., Jacucci, G. & Kaski, S., 9 marraskuuta 2016, julkaisussa : Scientific Reports. 6, s. 1-10 38580 .

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
12 Sitaatiot (Scopus)
162 Lataukset (Pure)

New Resistance Distances with Global Information on Large Graphs

Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., toukokuuta 2016, Proceedings of the 19th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. Gretton, A. & Robert, C. C. (toim.). s. 639-647 (JMLR: Workshop and Conference Proceedings; Vuosikerta 51).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
430 Lataukset (Pure)

On one-step replica symmetry breaking in the Edwards-Anderson spin glass model

Del Ferraro, G., Wang, C., Zhou, H-J. & Aurell, E., heinäkuuta 2016, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2016, 7, 32 Sivumäärä, 073305.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

On the identifiability of transmission dynamic models for infectious diseases

Lintusaari, J., Gutmann, M., Kaski, S. & Corander, J., 1 maaliskuuta 2016, julkaisussa : GENETICS. 202, 3, s. 911-918 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

8 Sitaatiot (Scopus)

Peacock bundles: Bundle coloring for graphs with globality-locality trade-off

Peltonen, J. & Lin, Z., 2016, Graph Drawing and Network Visualization - 24th International Symposium, GD 2016, Revised Selected Papers. Springer-Verlag, Vuosikerta 9801 LNCS. s. 52-64 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 9801 LNCS).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Personalization of Search Results using Interactive Intent Modeling

Kangasrääsiö, A., Głowacka, D. & Kaski, S., 24 kesäkuuta 2016, ICML 2016 Workshop on Computational Frameworks for Personalization. 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Tiedosto
224 Lataukset (Pure)

Preliminary studies on personalized preference prediction from gaze in comparing visualizations

Rezazadegan Tavakoli, H., Poostchimohammadabadi, H., Peltonen, J., Laaksonen, J. & Kaski, S., 2016, Advances in Visual Computing: 12th International Symposium, ISVC 2016, Las Vegas, NV, USA, December 12-14, 2016, Proceedings, Part II. s. 576-585 (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 10073).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Probabilistic Expert Knowledge Elicitation of Feature Relevances in Sparse Linear Regression

Daee, P., Peltola, T., Soare, M. & Kaski, S., 2016, 4 Sivumäärä. CEUR.

Tutkimustuotos: Muu tuotosScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
8 Lataukset (Pure)

Probabilistic model to treat flexibility in molecular contacts

Hakulinen, R. & Puranen, S., 2016, julkaisussa : MOLECULAR PHYSICS. 114, 21, s. 3201-3220 20 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Scalable gradient-based tuning of continuous regularization hyperparameters

Luketina, J., Berglund, M., Greff, K. & Raiko, T., 2016, 33rd International Conference on Machine Learning, ICML 2016. Vuosikerta 6. s. 4333-4341 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Set Visualization Challenges for Big Data

Micallef, L., 2016, Proceedings of the International Workshop on Set Visualization and Reasoning (SetVR 2016). RWTH Aachen University, s. 1-3 (CEUR Workshop Proceedings ; Vuosikerta 1655).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientific

Open access
Tiedosto
55 Lataukset (Pure)

Sparse group factor analysis for biclustering of multiple data sources

Bunte, K., Leppäaho, E., Saarinen, I. & Kaski, S., 15 elokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 16, s. 2457-2463 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

13 Sitaatiot (Scopus)

Statistical mechanics analysis of thresholding 1-bit compressed sensing

Xu, Y. & Kabashima, Y., 22 elokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2016, 8, s. 1-16 083405.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Structure discovery in Bayesian networks by sampling partial orders

Niinimäki, T., Parviainen, P. & Koivisto, M., 1 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
10 Sitaatiot (Scopus)
27 Lataukset (Pure)

The bulk and the tail of minimal absent words in genome sequences

Aurell, E., Innocenti, N. & Zhou, H. J., 4 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Physical Biology. 13, 2, s. 1-10 026004.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

The Maximum Entropy Fallacy Redux?

Aurell, E., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : PLoS computational biology. 12, 5, s. 1-7 e1004777.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
13 Sitaatiot (Scopus)
100 Lataukset (Pure)

Visualizations relevant to the user by multi-view latent variable factorization

Virtanen, S., Afrabandpey, H. & Kaski, S., 18 toukokuuta 2016, ICASSP, IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing - Proceedings. IEEE, Vuosikerta 2016-May. s. 2464-2468 5 Sivumäärä 7472120

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

2017

A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines

Gönen, M., Weir, B. A., Cowley, G. S., Vazquez, F., Guan, Y., Jaiswal, A., Karasuyama, M., Uzunangelov, V., Wang, T., Tsherniak, A., Howell, S., Marbach, D., Hoff, B., Norman, T. C., Airola, A., Bivol, A., Bunte, K., Carlin, D., Chopra, S., Deran, A. & 25 muuta, Ellrott, K., Gopalacharyulu, P., Graim, K., Kaski, S., Khan, S. A., Newton, Y., Ng, S., Pahikkala, T., Paull, E., Sokolov, A., Tang, H., Tang, J., Wennerberg, K., Xie, Y., Zhan, X., Zhu, F., Aittokallio, T., Mamitsuka, H., Stuart, J. M., Boehm, J. S., Root, D. E., Xiao, G., Stolovitzky, G., Hahn, W. C. & Margolin, A. A., 2017, julkaisussa : Cell Systems. 5, 5, s. 485-497

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

8 Sitaatiot (Scopus)

Adaptive edge weighting for graph-based learning algorithms

Karasuyama, M. & Mamitsuka, H., 2017, julkaisussa : Machine Learning. 106, 2, s. 307-335

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
409 Lataukset (Pure)

A Mutually-Dependent Hadamard Kernel for Modelling Latent Variable Couplings

Remes, S., Heinonen, M. & Kaski, S., marraskuuta 2017, Proceedings of the 9th Asian Conference on Machine Learning. Zhang, M-L. & Noh, Y-K. (toim.). s. 455-470 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 77).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
34 Lataukset (Pure)

An Information Retrieval Approach for Finding Dependent Subspaces of Multiple Views

Lin, Z. & Peltonen, J., heinäkuuta 2017, Machine Learning and Data Mining in Pattern Recognition: 13th International Conference, MLDM 2017 New York, NY, USA, July 15 – 20, 2017, Proceedings. Perner, P. (toim.). s. 1-16 15 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; nro 10358).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

A transcriptomics data-driven gene space accurately predicts liver cytopathology and drug-induced liver injury

Kohonen, P., Parkkinen, J. A., Willighagen, E. L., Ceder, R., Wennerberg, K., Kaski, S. & Grafström, R. C., 3 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Nature Communications. 8, s. 1-15 15932.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
32 Sitaatiot (Scopus)
145 Lataukset (Pure)