Tutkimustuotos

2020

Batch simulations and uncertainty quantification in Gaussian process surrogate approximate Bayesian computation

Järvenpää, M., Vehtari, A. & Marttinen, P., 2020, (Hyväksytty/In press) Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI 2020).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Computing Tight Differential Privacy Guarantees Using FFT

Koskela, A., Jälkö, J. & Honkela, A., 2020, (Hyväksytty/In press) AISTATS.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Deep Contextual Attention for Human-Object Interaction Detection

Wang, T., Anwer, R. M., Khan, M. H., Khan, F. S., Pang, Y., Shao, L. & Laaksonen, J., helmikuuta 2020, Proceedings of the International Conference on Computer Vision (ICCV2019). IEEE, s. 5694-5702 (Proceedings of the IEEE International Conference on Computer Vision; Vuosikerta 2019-October).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
21 Lataukset (Pure)

Deep Convolutional Gaussian Processes

Blomqvist, K., Kaski, S. & Heinonen, M., 1 tammikuuta 2020, Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases - European Conference, ECML PKDD 2019, Proceedings. Brefeld, U., Fromont, E., Hotho, A., Knobbe, A., Maathuis, M. & Robardet, C. (toim.). SPRINGER , s. 582-597 16 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 11907 LNAI).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Expectation propagation as a way of life: A framework for Bayesian inference on partitioned data

Vehtari, A., Gelman, A., Sivula, T., Jylänki, P., Tran, D., Sahai, S., Blomstedt, P., Cunningham, J. P., Schiminovich, D. & Robert, C. P., 2020, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 21, s. 1-53

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

FullMeSH: Improving large-scale MeSH indexing with full text

Dai, S., You, R., Lu, Z., Huang, X., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 1 maaliskuuta 2020, julkaisussa : Bioinformatics. 36, 5, s. 1533-1541 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

High-dimensional structure learning of binary pairwise Markov networks: A comparative numerical study

Pensar, J., Xu, Y., Puranen, S., Pesonen, M., Kabashima, Y. & Corander, J., 1 tammikuuta 2020, julkaisussa : Computational Statistics and Data Analysis. 141, s. 62-76 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Human Strategic Steering Improves Performance of Interactive Optimization

Colella, F., Daee, P., Jokinen, J., Oulasvirta, A. & Kaski, S., 13 toukokuuta 2020, (Hyväksytty/In press) Proceedings of the 28th ACM Conference on User Modeling, Adaptation and Personalization: UMAP 2020. 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

Learning spectrograms with convolutional spectral kernels

Shen, Z., Heinonen, M. & Kaski, S., 2020, (Hyväksytty/In press) The 23rd International Conference on Artificial Intelligence and Statistic. (Proceedings of Machine Learning Research).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Likelihood-Free Inference with Deep Gaussian Processes

Aushev, A., Pesonen, H., Heinonen, M., Corander, J. & Kaski, S., 18 kesäkuuta 2020, (Jätetty).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitysScientific

Multiplicative chaos and the characteristic polynomial of the CUE: The L1-Phase

Nikula, M., Saksman, E. & Webb, C., kesäkuuta 2020, julkaisussa : Transactions of the American Mathematical Society. 373, 6, s. 3905-3965 61 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Parallel Gaussian process surrogate Bayesian inference with noisy likelihood evaluations

Järvenpää, M., Gutmann, M., Vehtari, A. & Marttinen, P., helmikuuta 2020, (Hyväksytty/In press) julkaisussa : Bayesian Analysis.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Plasmids shaped the recent emergence of the major nosocomial pathogen Enterococcus faecium

Arredondo-Alonso, S., Top, J., McNally, A., Puranen, S., Pesonen, M., Pensar, J., Marttinen, P., Braat, J., Rogers, M., van Schaik, W., Kaski, S., Willems, R. J. L., Corander, J. & Schürch, A., 2020, julkaisussa : MBIO. 11, 1, e03284-19.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
29 Lataukset (Pure)

Projective Preferential Bayesian Optimization

Mikkola, P., Todorovic, M., Järvi, J., Rinke, P. & Kaski, S., 1 kesäkuuta 2020, (Hyväksytty/In press). 9 Sivumäärä.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitysScientificvertaisarvioitu

Robust parallel hybrid artificial bee colony algorithms for the multi-dimensional numerical optimization

Dokeroglu, T., Pehlivan, S. & Avenoglu, B., 9 tammikuuta 2020, julkaisussa : JOURNAL OF SUPERCOMPUTING.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Scaled coupled norms and coupled higher-order tensor completion

Wimalawarne, K., Yamada, M. & Mamitsuka, H., 1 helmikuuta 2020, julkaisussa : Neural Computation. 32, 2, s. 447-484 38 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliLetterScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
8 Lataukset (Pure)
2019

Aaltovaikutus = The Aalto Effect

Hölttä, M. (toim.), Flowers, A. (toim.), Hopiavaara, R. (toim.), Särkisilta-Lundberg, R. (toim.), Tolonen, A. (toim.), Seppälä, H. (toim.), Norjamäki, N. (toim.), Rosin, S. (toim.), Ollikainen, T. (toim.), Kinnunen, K. (toim.), Aulanko-Jokirinne, T. (toim.), Syri, S., Lundström, M., Malmi, T., Saarimaa, T., Helke, S., Kaski, S., Mäkelä, M., Mladenovic, M. & Remes, H., 2019, Aalto University. 198 Sivumäärä (Aalto-yliopiston julkaisusarja CROSSOVER; Vuosikerta 2019, nro 4)

Tutkimustuotos: KirjaAnthologyProfessional

Open access

A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization incorporating within-host variation

Järvenpää, M., Sater, M. R. A., Lagoudas, G. K., Blainey, P. C., Miller, L. G., McKinnell, J. A., Huang, S. S., Grad, Y. H. & Marttinen, P., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : PLoS computational biology. 15, 4, s. 1-25 e1006534.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
101 Lataukset (Pure)

Active Learning for Decision-Making from Imbalanced Observational Data

Sundin, I., Schulam, P., Siivola, E., Vehtari, A., Saria, S. & Kaski, S., 2019, 36th International Conference on Machine Learning, ICML 2019. s. 10578-10587 10 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 97).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
14 Lataukset (Pure)

ADAPTIVE: LeArning DAta-dePendenT, concIse molecular VEctors for fast, accurate metabolite identification from tandem mass spectra

Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i164-i172 btz319.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
63 Lataukset (Pure)

A Faster Tree-Decomposition Based Algorithm for Counting Linear Extensions

Kangas, K., Koivisto, M. & Salonen, S., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Algorithmica.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
25 Lataukset (Pure)

AI4TV 2019: 1st international workshop on AI for smart TV content production, access and delivery

Troncy, R., Laaksonen, J., Tavakoli, H. R., Nixon, L. & Mezaris, V., 15 lokakuuta 2019, MM 2019 - Proceedings of the 27th ACM International Conference on Multimedia. ACM, s. 2716-2717 2 Sivumäärä (MM 2019 - Proceedings of the 27th ACM International Conference on Multimedia).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

A Multi-Task Bayesian Deep Neural Net for Detecting Life-Threatening Infant Incidents From Head Images

Wang, T-J. J., Laaksonen, J., Liao, Y-P., Wu, B-Z. & Shen, S-Y., 2019, 2019 IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2019 - Proceedings. IEEE, s. 3006-3010 5 Sivumäärä 8803332

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
35 Lataukset (Pure)

Artificial Neural Networks with Random Weights for Incomplete Datasets

Mesquita, D. P. P., Gomes, J. P. P. & Rodrigues, L. R., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Neural Processing Letters. 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

A sparse linear regression model for incomplete datasets

Veras, M. B. A., Mesquita, D. P. P., Mattos, C. L. C. & Gomes, J. P. P., 4 joulukuuta 2019, julkaisussa : Pattern Analysis and Applications.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

AttentionXML: Label Tree-based Attention-Aware Deep Model for High-Performance Extreme Multi-Label Text Classification

You, R., Zhang, Z., Wang, Z., Dai, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., joulukuuta 2019, ADVANCES IN NEURAL INFORMATION PROCESSING SYSTEMS 32 (NIPS 2019). Wallach, H., Larochelle, H., Beygelzimer, A., d'Alche-Buc, F., Fox, E. & Garnett, R. (toim.). 11 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems; Vuosikerta 32).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
83 Lataukset (Pure)

Block HSIC Lasso: Model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data

Climente-González, H., Azencott, C. A., Kaski, S. & Yamada, M., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i427-i435 btz333.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
75 Lataukset (Pure)

Bottom-Up Attention, Models of

Borji, A., Rezazadegan Tavakoli, H. & Bylinskii, Z., 2019, Encyclopedia of Computational Neuroscience .

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

Open access

CalCleaveMKL: a Tool for Calpain Cleavage Prediction

duVerle, D. A. & Mamitsuka, H., 1 tammikuuta 2019, Calpain. s. 121-147 27 Sivumäärä (Methods in molecular biology; Vuosikerta 1915).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Kaski, S. & Marttinen, P., 17 kesäkuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, s. 1-17 17 Sivumäärä, 2674.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
22 Sitaatiot (Scopus)
86 Lataukset (Pure)

Deep convolutional Gaussian process

Blomqvist, K., Kaski, S. & Heinonen, M., 2019, (Hyväksytty/In press) Proceedings of the European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

Deep learning with differential Gaussian process flows

Hegde, P., Heinonen, M., Lähdesmäki, H. & Kaski, S., huhtikuuta 2019, The 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistic. Vuosikerta 89. s. 1-15 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 89).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
27 Lataukset (Pure)

Differentially Private Markov Chain Monte Carlo

Heikkilä, M., Jälkö, J., Dikmen, O. & Honkela, A., 2019, 33rd Conference on Neural Information Processing Systems: NeurIPS 2019 . Neural Information Processing Systems Foundation, 11 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

Digging deeper into egocentric gaze prediction

Tavakoli, H. R., Rahtu, E., Kannala, J. & Borji, A., 4 maaliskuuta 2019, Proceedings - 2019 IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, WACV 2019. IEEE, s. 273-282 10 Sivumäärä 8658619

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
2 Sitaatiot (Scopus)

Discovering heritable modes of MEG spectral power

Leppäaho, E., Renvall, H., Salmela, E., Kere, J., Salmelin, R. & Kaski, S., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Human Brain Mapping . 40, 5, s. 1391-1402 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
104 Lataukset (Pure)

Distributed Bayesian matrix factorization with limited communication

Qin, X., Blomstedt, P., Leppäaho, E., Parviainen, P. & Kaski, S., 1 tammikuuta 2019, julkaisussa : Machine Learning. s. 1-26

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
105 Lataukset (Pure)

Efficient acquisition rules for model-based approximate Bayesian computation

Järvenpää, M., Gutmann, M. U., Pleska, A., Vehtari, A. & Marttinen, P., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Bayesian Analysis. 14, 2, s. 595-622 28 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
5 Sitaatiot (Scopus)
102 Lataukset (Pure)

Embarrassingly parallel MCMC using deep invertible transformations

Mesquita, D., Blomstedt, P. & Kaski, S., 2019, 35th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI 2019) . AUAI Press

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

Emergence of ceftazidime-avibactam-resistant Klebsiella pneumoniae during treatment, Finland, December 2018

Räisänen, K., Koivula, I., Ilmavirta, H., Puranen, S., Kallonen, T., Lyytikäinen, O. & Jalava, J., 1 toukokuuta 2019, julkaisussa : EUROSURVEILLANCE. 24, 19, s. 1-3

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
110 Lataukset (Pure)

Fast and Robust Multi-View Multi-Task Learning via Group Sparsity

Sun, L., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 2019, Proceedings of the Twenty-Eighth International Joint Conference on Artificial Intelligence, IJCAI 2019, Macao, China, August 10-16, 2019. s. 3499-3505 7 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Fuzzy least squares twin support vector machines

Sartakhti, J. S., Afrabandpey, H. & Ghadiri, N., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : ENGINEERING APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE. 85, s. 402-409 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
4 Sitaatiot (Scopus)

Gaussian kernels for incomplete data

Mesquita, D. P. P., Gomes, J. P. P., Corona, F., Souza, A. H. & Nobre, J. S., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Applied Soft Computing Journal. 77, s. 356-365 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Genome-wide epistasis and co-selection study using mutual information

Pensar, J., Puranen, S., Arnold, B., MacAlasdair, N., Kuronen, J., Tonkin-Hill, G., Pesonen, M., Xu, Y., Sipola, A., Sánchez-Busó, L., Lees, J. A., Chewapreecha, C., Bentley, S. D., Harris, S. R., Parkhill, J., Croucher, N. J. & Corander, J., 10 lokakuuta 2019, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 47, 18, s. 1-14 e112.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
42 Lataukset (Pure)

Geometry-aware relational exemplar attention for dense captioning

Wang, T. J. J., Tavakoli, H. R., Sjöberg, M. & Laaksonen, J., 15 lokakuuta 2019, MULEA 2019 - 1st International Workshop on Multimodal Understanding and Learning for Embodied Applications, co-located with MM 2019. ACM, s. 3-11 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
38 Lataukset (Pure)

Harmonizable mixture kernels with variational Fourier features

Shen, Z., Heinonen, M. & Kaski, S., toukokuuta 2019, The 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistic. s. 1812-1821 (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 89).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
23 Lataukset (Pure)

HPOAnnotator: improving large-scale prediction of HPO annotations by low-rank approximation with HPO semantic similarities and multiple PPI networks

Gao, J., Liu, L., Yao, S., Huang, X., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 23 joulukuuta 2019, julkaisussa : BMC Medical Genomics . 12, 14 Sivumäärä, 187.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
14 Lataukset (Pure)

Human-in-the-loop Active Covariance Learning for Improving Prediction in Small Data Sets

Afrabandpey, H., Peltola, T. & Kaski, S., heinäkuuta 2019, Proceedings of the 28th International Joint Conference on Artificial Intelligence, IJCAI 2019. s. 1959-1966 8 Sivumäärä (IJCAI International Joint Conference on Artificial Intelligence).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Open access
Tiedosto
120 Lataukset (Pure)

Integrated analysis of population genomics, transcriptomics and virulence provides novel insights into Streptococcus pyogenes pathogenesis

Kachroo, P., Eraso, J. M., Olsen, R. J., Beres, S. B., Zhu, L., Nasser, W., Bernard, P. E., Cantu, C. C., Saavedra, M. O., Arredondo, M. J., Strope, B., Do, H., Kumaraswami, M., Vuopio, J., Gröndahl-Yli-Hannuksela, K., Kristinsson, K. G., Gottfredsson, M., Pesonen, M., Pensar, J., Davenport, E. R. & 11 muuta, Clark, A. G., Corander, J., Caugant, D. A., Gaini, S., Magnussen, M. D., Kubiak, S. L., Nguyen, H. A. T., Long, S. W., Porter, A. R., DeLeo, F. R. & Musser, J. M., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : NATURE GENETICS. 51, 3, s. 548-559 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

18 Sitaatiot (Scopus)