Professorship Kaski S.

Yksikkö: Tutkimusryhmä

Tutkimustuotokset

  1. 2017
  2. Julkaistu

    A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines

    Gönen, M., Weir, B. A., Cowley, G. S., Vazquez, F., Guan, Y., Jaiswal, A., Karasuyama, M., Uzunangelov, V., Wang, T., Tsherniak, A. & 35 muutaHowell, S., Marbach, D., Hoff, B., Norman, T. C., Airola, A., Bivol, A., Bunte, K., Carlin, D., Chopra, S., Deran, A., Ellrott, K., Gopalacharyulu, P., Graim, K., Kaski, S., Khan, S. A., Newton, Y., Ng, S., Pahikkala, T., Paull, E., Sokolov, A., Tang, H., Tang, J., Wennerberg, K., Xie, Y., Zhan, X., Zhu, F., Aittokallio, T., Mamitsuka, H., Stuart, J. M., Boehm, J. S., Root, D. E., Xiao, G., Stolovitzky, G., Hahn, W. C. & Margolin, A. A., 2017, julkaisussa : Cell Systems. 5, 5, s. 485-497

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    Adaptive edge weighting for graph-based learning algorithms

    Karasuyama, M. & Mamitsuka, H., 2017, julkaisussa : Machine Learning. 106, 2, s. 307-335

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Bacmeta: simulation for genomic evolution in bacterial metapopulations

    Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 2017, julkaisussa : bioRxiv.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  5. Julkaistu

    Bayes Forest: A data-intensive generator of morphological tree clones

    Potapov, I., Järvenpää, M., Åkerblom, M., Raumonen, P. & Kaasalainen, M., 2017, julkaisussa : GigaScience. 6, 10, s. 1-13 gix079.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  6. Julkaistu

    Differentially Private Bayesian Learning on Distributed Data

    Heikkilä, M., Lagerspetz, E., Kaski, S., Shimizu, K., Tarkoma, S. & Honkela, A., 2017, Advances in Neural Information Processing Systems 30: Proceedings of NIPS 2017. Curran Associates, Inc., s. 3227-3236 10 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems; painos 30).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    Digital Me: Controlling and Making Sense of My Digital Footprint

    Sjöberg, M., Chen, H-H., Floreen, P., Koskela, M., Kuikkaniemi, K., Lehtiniemi, T. & Peltonen, J., 2017, Symbiotic Interaction: 5th International Workshop, Symbiotic 2016, Padua, Italy, September 29–30, 2016, Revised Selected Papers. Gamberini, L., Spagnolli, A., Jacucci, G., Blankertz, B. & Freeman, J. (toim.). Cham, s. 155-167 (Lecture Notes in Computer Science; painos 9961).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    ELFI, a software package for likelihood-free inference

    Lintusaari, J., Vuollekoski, H., Kangasrääsiö, A., Skyten, K., Järvenpää, M., Gutmann, M., Vehtari, A., Corander, J. & Kaski, S., 2017.

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitys

  9. Julkaistu

    Exploiting inter-image similarity and ensemble of extreme learners for fixation prediction using deep features

    Rezazadegan Tavakoli, H., Borji, A., Laaksonen, J. & Rahtu, E., 2017, julkaisussa : Neurocomputing. 244, s. 10-18

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    GFA: Exploratory Analysis of Multiple Data Sources with Group Factor Analysis

    Leppäaho, E., Ammad-ud-din, M. & Kaski, S., 2017, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 18, s. 1-5 5 Sivumäärä, 39.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Learning structures of Bayesian networks for variable groups

    Parviainen, P. & Kaski, S., 2017, julkaisussa : INTERNATIONAL JOURNAL OF APPROXIMATE REASONING. 88, s. 110-127 18 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    Low-dimensional information discovery and presentation system, apparatus and method

    Ruotsalo, T., Peltonen, J., Eugster, M., Myllymäki, P., Jacucci, G., Kaski, S. & Glowacka, D., 2017, Patenttinumero 9,798,780

    Tutkimustuotos: Patentti

  13. Julkaistu
  14. Julkaistu

    Modelling Human Decision-making based on Aggregate Observation Data

    Kangasrääsiö, A. & Kaski, S., 2017, Human In The Loop-ML Workshop at ICML. Sydney, 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa

  15. Julkaistu

    Non-Stationary Spectral Kernels

    Remes, S., Heinonen, M. & Kaski, S., 2017, Advances in Neural Information Processing Systems 30: Proceedings of NIPS2017. Curran Associates, Inc., s. 4645-4654 (Advances in Neural Information Processing Systems; painos 30).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    Paying Attention to Descriptions Generated by Image Captioning Models

    Rezazadegan Tavakoli, H., Shetty, R., Borji, A. & Laaksonen, J., 2017, Proceedings - 2017 IEEE International Conference on Computer Vision, ICCV 2017. IEEE, s. 2506-2515 8237534. (IEEE International Conference on Computer Vision).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    Resolving outbreak dynamics using Approximate Bayesian Computation for stochastic birth-death models

    Lintusaari, J., Blomstedt, P., Sivula, T., Gutmann, M. U., Kaski, S. & Corander, J., 2017, julkaisussa : bioRxiv. 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  18. Julkaistu

    Saliency Revisited: Analysis of Mouse Movements versus Fixations

    Rezazadegan Tavakoli, H., Ahmed, F., Borji, A. & Laaksonen, J., 2017, 2017 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR) . IEEE, s. 6354-6362 (IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    Scale coding bag of deep features for human attribute and action recognition

    Khan, F. S., van de Weijer, J., Anwer, R. M., Bagdanov, A. D., Felsberg, M. & Laaksonen, J., 2017, julkaisussa : MACHINE VISION AND APPLICATIONS. 29, 1, s. 55–71 17 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    SuperDCA for genome-wide epistasis analysis

    Puranen, S., Pesonen, M., Pensar, J., Xu, Y. Y., Lees, J. A., Bentley, S. D., Croucher, N. J., Corander, J. & Aurell, E., 2017, julkaisussa : bioRxiv.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli

  21. Julkaistu

    The Mixing of Markov Chains on Linear Extensions in Practice

    Talvitie, T., Niinimäki, T. & Koivisto, M., 2017, Proceedings of the Twenty-Sixth International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-17). Sierra, C. (toim.). s. 524-530

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Top-down deep appearance attention for action recognition

    Anwer, R. M., Khan, F. S., van de Weijer, J. & Laaksonen, J., 2017, Image Analysis - 20th Scandinavian Conference, SCIA 2017, Proceedings. Springer-Verlag, s. 297-309 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); painos 10269 LNCS).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  23. Julkaistu

    Uni- and multimodal methods for single- and multi-label recognition

    Ishikawa, S. & Laaksonen, J., 2017, julkaisussa : Multimedia Tools and Applications. 76, 21, s. 22405–22423 19 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  24. 2016
  25. Julkaistu

    ELFI: Engine for Likelihood-Free Inference

    Kangasrääsiö, A., Lintusaari, J., Skyten, K., Järvenpää, M., Vuollekoski, H., Gutmann, M., Vehtari, A., Corander, J. & Kaski, S., 9 joulukuuta 2016. 4 Sivumäärä.

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitys

  26. Julkaistu

    Extracting relevance and affect information from physiological text annotation

    Barral, O., Kosunen, I., Ruotsalo, T., Spapé, M. M., Eugster, M. J. A., Ravaja, N., Kaski, S. & Jacucci, G., 1 joulukuuta 2016, julkaisussa : User Modeling and User-Adapted Interaction. 26, 5, s. 493-520 28 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    FinnPos: an open-source morphological tagging and lemmatization toolkit for Finnish

    Silfverberg, M., Ruokolainen, T., Lindén, K. & Kurimo, M., 1 joulukuuta 2016, julkaisussa : LANGUAGE RESOURCES AND EVALUATION. 50, 4, s. 863-878 16 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Natural brain-information interfaces: Recommending information by relevance inferred from human brain signals

    Eugster, M., Ruotsalo, T., Spape, M., Barral, O., Ravaja, N., Jacucci, G. & Kaski, S., 9 marraskuuta 2016, julkaisussa : Scientific Reports. 6, s. 1-10 38580 .

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    Bayesian multi-tensor factorization

    Khan, S., Leppäaho, E. & Kaski, S., marraskuuta 2016, julkaisussa : Machine Learning. 105, 2, s. 233-253 21 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    Drug response prediction by inferring pathway-response associations with kernelized Bayesian matrix factorization

    Ammad-ud-din, M., Khan, S. A., Malani, D., Murumägi, A., Kallioniemi, O., Aittokallio, T. & Kaski, S., 3 syyskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 17, s. i455-i463 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis

    Sieberts, S. K., Zhu, F., García-García, J., Stahl, E., Pratap, A., Pandey, G., Pappas, D., Aguilar, D., Anton, B., Bonet, J. & 83 muutaEksi, R., Fornés, O., Guney, E., Li, H., Marín, M. A., Panwar, B., Planas-Iglesias, J., Poglayen, D., Cui, J., Falcao, A. O., Suver, C., Hoff, B., Balagurusamy, V. S. K., Dillenberger, D., Neto, E. C., Norman, T., Aittokallio, T., Ammad-Ud-Din, M., Azencott, C. A., Bellón, V., Boeva, V., Bunte, K., Chheda, H., Cheng, L., Corander, J., Dumontier, M., Goldenberg, A., Gopalacharyulu, P., Hajiloo, M., Hidru, D., Jaiswal, A., Kaski, S., Khalfaoui, B., Khan, S. A., Kramer, E. R., Marttinen, P., Mezlini, A. M., Molparia, B., Pirinen, M., Saarela, J., Samwald, M., Stoven, V., Tang, H., Tang, J., Torkamani, A., Vert, J. P., Wang, B., Wang, T., Wennerberg, K., Wineinger, N. E., Xiao, G., Xie, Y., Yeung, R., Zhan, X., Zhao, C., Greenberg, J., Kremer, J., Michaud, K., Barton, A., Coenen, M., Mariette, X., Miceli, C., Shadick, N., Weinblatt, M., De Vries, N., Tak, P. P., Gerlag, D., Huizinga, T. W. J., Kurreeman, F., Allaart, C. F., Louis Bridges, S., Criswell, L., Moreland, L., Klareskog, L., Saevarsdottir, S., Padyukov, L., Gregersen, P. K., Friend, S., Plenge, R., Stolovitzky, G., Oliva, B., Guan, Y. & Mangravite, L. M., 23 elokuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, s. 1-9 12460.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  32. Julkaistu

    Statistical mechanics analysis of thresholding 1-bit compressed sensing

    Xu, Y. & Kabashima, Y., 22 elokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2016, 8, s. 1-16 083405.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Sparse group factor analysis for biclustering of multiple data sources

    Bunte, K., Leppäaho, E., Saarinen, I. & Kaski, S., 15 elokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 16, s. 2457-2463 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  34. Julkaistu

    Bayesian optimization for likelihood-free inference of simulator-based statistical models

    Gutmann, M. U. & Corander, J., 1 elokuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17, s. 1-47 47 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  35. Julkaistu

    Interactive modeling of concept drift and errors in relevance feedback

    Kangasrääsiö, A., Chen, Y., Głowacka, D. & Kaski, S., 13 heinäkuuta 2016, UMAP 2016 - Proceedings of the 2016 Conference on User Modeling Adaptation and Personalization. s. 185-193 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  36. Julkaistu

    A Robust Convex Formulation for Ensemble Clustering

    Gao, J., Yamada, M., Kaski, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., heinäkuuta 2016, Proceedings of the Twenty-Fifth International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-16). Kambhampati, S. (toim.). 2275 East Bayshore Road, Suite 160, Palo Alto CA 94303 USA, s. 1476-1482 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  37. Julkaistu

    On one-step replica symmetry breaking in the Edwards-Anderson spin glass model

    Del Ferraro, G., Wang, C., Zhou, H-J. & Aurell, E., heinäkuuta 2016, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2016, 7, 32 Sivumäärä, 073305.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  38. Julkaistu

    Advective-diffusive motion on large scales from small-scale dynamics with an internal symmetry

    Marino, R. & Aurell, E., 30 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 6, s. 1-15 062147.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  39. Julkaistu

    Personalization of Search Results using Interactive Intent Modeling

    Kangasrääsiö, A., Głowacka, D. & Kaski, S., 24 kesäkuuta 2016, ICML 2016 Workshop on Computational Frameworks for Personalization. 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  40. Julkaistu

    Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

    Topa, H. & Honkela, A., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i147-i155

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  41. Julkaistu

    DeepMeSH: Deep semantic representation for improving large-scale MeSH indexing

    Peng, S., You, R., Wang, H., Zhai, C., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i70-i79 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  42. Julkaistu

    DrugE-Rank: Improving drug-target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank

    Yuan, Q., Gao, J., Wu, D., Zhang, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i18-i27 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  43. Julkaistu

    Multiple output regression with latent noise

    Gillberg, L., Marttinen, P., Pirinen, M., Kangas, A. J., Soininen, P., Ali, M., Havulinna, A. S., Järvelin, M. R., Ala-Korpela, M. & Kaski, S., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17, s. 1-35 35 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    Visualizations relevant to the user by multi-view latent variable factorization

    Virtanen, S., Afrabandpey, H. & Kaski, S., 18 toukokuuta 2016, ICASSP, IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing - Proceedings. Institute of Electrical and Electronics Engineers, Vuosikerta 2016-May. s. 2464-2468 5 Sivumäärä 7472120

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  45. Julkaistu

    Classification of weak multi-view signals by sharing factors in a mixture of Bayesian group factor analyzers

    Remes, S., Mononen, T. & Kaski, S., 14 toukokuuta 2016, Proceedings of the 5th Workshop on Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging (MLINI) at NIPS 2015. Rish, I., Wehbe, L., Langs, G., Grosse-Wentrup, M., Murphy, B. & Cecchi, G. (toim.). https://arxiv.org/abs/1605.04435, 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa

  46. Julkaistu

    Diffusion of a Brownian ellipsoid in a force field

    Aurell, E., Bo, S., Dias, M., Eichhorn, R. & Marino, R., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : EPL. 114, 3, 30005.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  47. Julkaistu

    Modelling-based experiment retrieval: A case study with gene expression clustering

    Blomstedt, P., Dutta, R., Seth, S., Brazma, A. & Kaski, S., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 9, s. 1388-1394 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  48. Julkaistu

    The Maximum Entropy Fallacy Redux?

    Aurell, E., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : PLoS computational biology. 12, 5, s. 1-7 e1004777.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  49. Julkaistu

    New Resistance Distances with Global Information on Large Graphs

    Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., toukokuuta 2016, Proceedings of the 19th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. Gretton, A. & Robert, C. C. (toim.). s. 639-647 (JMLR: Workshop and Conference Proceedings; painos 51).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  50. Julkaistu

    Causal analysis, Correlation-Response, and Dynamic cavity

    Aurell, E. & Ferraro, G. D., 6 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 699, 1, s. 1-12 012002.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  51. Julkaistu

    The bulk and the tail of minimal absent words in genome sequences

    Aurell, E., Innocenti, N. & Zhou, H. J., 4 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Physical Biology. 13, 2, s. 1-10 026004.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  52. Julkaistu

    Structure discovery in Bayesian networks by sampling partial orders

    Niinimäki, T., Parviainen, P. & Koivisto, M., 1 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 17

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

ID: 4319430