Multiscale Statistical Physics

Yksikkö: Tutkimusryhmä

Tutkimustuotokset

  1. 2007
  2. Julkaistu

    Effect of double bond position on lipid bilayer properties: Insight through atomistic simulations.

    Martinez-Seara, H., Rog, T., Pasenkiewicz-Gierula, M., Vattulainen, I., Karttunen, M. & Reigada, R., 2007, julkaisussa : Journal of Physical Chemistry B. 111, s. 11162-11168

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    Effect of farnesol on phospholipid membranes

    Salonen, E., Rowat, A. C., Pencer, J. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Biophysical Journal. Suppl. S, s. 547

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Effect of replacement of cholesterol hydroxyl group by ketone group

    Rog, T., Stimson, L. M., Pasenkiewicz-Gierula, M., Vattulainen, I. & Karttunen, M., 2007, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 149, s. S41-S42

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  5. Julkaistu

    Glycolipid Membranes Through Atomistic Simulations: Effect of Glucose and Galactose Head Groups on Lipid Bilayer Properties

    Rog, T., Vattulainen, I., Bunker, A. & Karttunen, M., 2007, julkaisussa : Journal of Physical Chemistry B. 111, s. 10146-10154

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  6. Julkaistu

    Heteropolymer translocation through nanopores

    Luo, K., Ala-Nissila, T., Ying, S. C. & Bhattacharya, A., 2007, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 126, 14, s. 1-7 145101.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    Influence of free pyrene probes on gel and fluid membranes through atomistic simulations

    Curdova, J., Capkova, P., Plasek, J., Repakova, J. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Biophysical Journal. Suppl. S, s. 577

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Influence of polymer-pore interactions on translocation

    Luo, K., Ala-Nissila, T., Ying, S. C. & Bhattacharya, A., 2007, julkaisussa : Physical Review Letters. 99, 14, s. 1-4 148102.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    Interplay between steps and non-equilibrium effects in surface diffusion for a lattice-gas model of O/W(110)

    Masin, M., Vattulainen, I., Ala-Nissila, T. & Chvoj, Z., 2007, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 126, 11, s. 1-8 114705.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    Lateral pressure profiles of lipid membranes - Dependence on lipid composition

    Ollila, S., Niemela, P. S., Rog, T., Hyvonen, M. T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Biophysical Journal. Suppl. S, s. 234

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Modelling size-selected growth of nanodots by using reaction kinetic approach

    Nevalainen, K., Rusanen, M. & Koponen, I. T., 2007, s. 0959-, (Materials Research Society Fall Meeting 2006, Boston, USA, November 27-December 1, 2006).

    Tutkimustuotos: Työpaperi

  12. Julkaistu

    Molecular dynamics simulations of neutral lipids found in lipoproteins

    Hall, A., Repakova, J. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 149, s. S78

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    Molecular Mechanism for Lipid Flip-Flops

    Gurtovenko, A. A. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Journal of Physical Chemistry B. 111, s. 13554-13559

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    Multiscale simulations of domain formation in single-component phospholipid bilayers

    Murtola, T., Rog, T., Falck, E., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 149, s. S15

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Optimal conditions for submonolayer nanoisland growth in ion beam assisted deposition

    Jahma, M. O., Koponen, I. T. & Ala-Nissila, T., 2007, julkaisussa : Surface Science. 601, 23, s. 5628-5634

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    Polymer scaling and dynamics in steady-state sedimentation at infinite Peclet number

    Lehtola, V., Punkkinen, O. & Ala-Nissilä, T., 2007, julkaisussa : Physical Review E. 76, 5, s. 1-7 051802.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    Polymer translocation through a nanopore under a pulling force

    Huopaniemi, I., Luo, K., Ala-Nissila, T. & Ying, S. C., 2007, julkaisussa : Physical Review E. 75, 6, s. 1-6 061912.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  18. Julkaistu

    Preliminary models of spheroidal HDL particles through molecular dynamics

    Catte, A., Patterson, J. C., Bashtovyy, D., Jones, M. K., Gu, F. F., Li, L., Rampioni, A., Sengupta, D., Niemela, P., Vattulainen, I. & 2 muutaMarrink, S. J. & Segrest, J. P., 2007, julkaisussa : Biophysical Journal. Suppl. S, s. 539

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    Reaction kinetic model of height selection in heteroepitaxial growth of quantum dots

    Rusanen, M., Koponen, I. T. & Ala-Nissila, T., 2007, julkaisussa : European Physical Journal B. 58, s. 405-409

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Size-selected growth of nanodots: Effects of growth kinetics and energetics on the formation of stationary size distributions

    Nevalainen, K., Rusanen, M. & Koponen, I. T., 2007, julkaisussa : European Physical Journal B. 56, s. 311-322

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    Towards more systematic selection of coarse-grained degrees of freedom

    Murtola, T., Kupiainen, M., Falck, E. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Biophysical Journal. Suppl. S, s. 153

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Transport and effects of chlorpromazine on POPC and POPS lipid bilayers

    Salonen, E., Heikkila, K. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 149, s. S42

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  23. 2006
  24. Julkaistu

    The VA, VCD, Raman and ROA spectra of tri-L-serine in aqueous solution

    Jürgensen, V. W. & Jalkanen, K., 1 maaliskuuta 2006, julkaisussa : Physical Biology. 3, 1

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  25. Julkaistu

    Diffusion mechanisms of lipids in bilayers

    Falck, E., Rog, T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2006, julkaisussa : Biophysical Journal. 90, s. 367

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    Diffusion of small two-dimensional Cu islands on Cu(111) studied with a kinetic Monte Carlo method

    Karim, A., Al-Rawi, A. N., Kara, A., Rahman, T. S., Trushin, O. & Ala-Nissilä, T., 2006, julkaisussa : Physical Review B. 73, 16, s. 1-11 165411.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    Dynamical Identification of a Threshold Instability in Si-Doped Heterofullerenes

    Matsubara, M., Kortus, J., Parlebas, J. C. & Massobrio, C., 2006, julkaisussa : Physical Review Letters. 96, s. 155502

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Dynamics, kinetics and partitioning of alcohols in lipid membranes

    Terama, E. M., Patra, M., Rowat, A., Trandum, C., Westh, P., Salonen, E., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2006, julkaisussa : Biophysical Journal. 90, s. 508

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    Interface Equations for Capillary Rise in Random Environment

    Laurila, T., Tong, C., Majaniemi, S. & Ala-Nissila, T., 2006, julkaisussa : Physical Review E. 74, 4, s. 1-11 041601.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    Kinetic Monte Carlo Simulations of Oscillatory Shape Evolution for Electromigration-Driven Islands

    Rusanen, M., Kuhn, P. & Krug, J., 2006, julkaisussa : Physical Review B. 74

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    Langevin Dynamics Simulations of Polymer Translocation through Nanopores

    Huopaniemi, I., Luo, K., Ala-Nissila, T. & Ying, S. C., 2006, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 125, 12, s. 1-8 124901.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  32. Julkaistu

    Molecular dynamics studies of spontaneous pore formation and ion transport through lipid membranes due to cationic electrochemical gradient

    Gurtovenko, A. A. & Vattulainen, I., 2006, julkaisussa : Biophysical Journal. 90, s. 405

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Phase diagram and commensurate-incommensurate transitions in the phase field crystal model with an external pinning potential

    Achim, C. V., Karttunen, M., Elder, K. R., Granato, E., Ala-Nissilä, T. & Ying, S-C., 2006, julkaisussa : Physical Review E. 74, 2, s. 1-8 021104.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  34. Julkaistu

    Polymer translocation through a nanopore: a two-dimensional Monte Carlo study

    Luo, K., Ala-Nissila, T., Ying, S. C. & Hynninen, T., 2006, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 124, 3, s. 1-5 034714.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  35. Julkaistu

    Polymer translocation through a nanopore under an applied external field

    Luo, K., Huopaniemi, I., Ala-Nissila, T. & Ying, S. C., 2006, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 124, 11, s. 1-7 114704.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  36. Julkaistu

    Specific interactions between cholesterol, sphingomyelin and POPC

    Aittoniemi, J., Niemela, P. S., Hyvonen, M. T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2006, julkaisussa : Biophysical Journal. 90, s. 371

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  37. Julkaistu

    Systematic coarse-graining on multicomponent lipid bilayers

    Murtola, T., Falck, E., Rog, T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2006, julkaisussa : Biophysical Journal. 90, s. 289

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  38. Julkaistu

    The morphology and dynamics of polymerization-induced phase separation

    Luo, K., 2006, julkaisussa : European Polymer Journal. 42

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  39. Julkaistu

    Theoretical Approaches to Collective Diffusion on Stepped Surfaces

    Chvoj, Z., Masin, M. & Ala-Nissila, T., 2006, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2006, s. P10003

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  40. 2005
  41. Julkaistu

    Atomistic simulations of cationic lipid membranes: effect of salt

    Gurtovenko, A., Miettinen, M., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2005, julkaisussa : Biophysical Journal. 88, s. 420

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  42. Julkaistu

    Bonding behavior and thermal stability of C54Si6: A first-principles molecular dynamics study

    Matsubara, M. & Massobrio, C., 2005, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 122

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  43. Julkaistu

    Characterization of the effects of ethanol and methanol on lipid bilayers

    Terama, E., Salonen, E., Vattulainen, I., Holopainen, J., Faller, R., Patra, M. & Karttunen, M., 2005, julkaisussa : Biophysical Journal. 88, s. 414

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    Diffusion and submonolayer island growth during hyperthermal deposition on Cu(100) and Cu(111)

    Jahma, M. O., Rusanen, M., Karim, A., Koponen, I. T., Ala-Nissila, T. & Rahman, T. S., 2005, julkaisussa : Surface Science. 598, 1-3, s. 246-252

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  45. Julkaistu

    Diffusion in membranes.

    Vattulainen, I. & Mouritsen, O. G., 2005, Diffusion in Condensed Matter: Methods, Materials, Models. Heitjans, P. & Kärger, J. (toim.). Berlin, s. 471-509

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  46. Julkaistu

    Dynamics and Kinetic Roughening of Interfaces in Two-Dimensional Forced Wetting

    Laurila, T., Tong, C., Majaniemi, S., Huopaniemi, I. & Ala-Nissila, T., 2005, julkaisussa : European Physical Journal B. 46, 4, s. 553-561

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  47. Julkaistu

    Dynamics and Scaling of Polymers in a Dilute Solution: Analytical Treatment in Two and Higher Dimensions

    Punkkinen, O., Falck, E., Vattulainen, I. & Ala-Nissila, T., 2005, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 122, 9, s. 1-7 094904.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  48. Julkaistu

    Effect of chain length and saturation on sphingomyelin bilayers - a molecular dynamics simulation study

    Niemelä, P., Hyvönen, M. T. & Vattulainen, I., 2005, julkaisussa : Biophysical Journal. 88, s. 70

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  49. Julkaistu

    Equilibrium shape and dislocation nucleation in strained epitaxial nanoislands.

    Jalkanen, J., Trushin, O., Granato, E., Ying, S. C. & Ala-Nissila, T., 2005, julkaisussa : Physical Review B. 72, 8, s. 1-4 081403.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  50. Julkaistu

    Influence of DPH on the Structure and Dynamics of a DPPC Bilayer

    Repakova, J., Holopainen, J. M., Morrow, M. R., McDonald, M. C., Capkova, P. & Vattulainen, I., 2005, julkaisussa : Biophysical Journal. 88, s. 3398-3410

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  51. Julkaistu

    Low-energy deposition of Co onto Co islands on Ag(100): Effect on submonolayer growth

    Frantz, J., Jahma, M. O., Nordlund, K. & Koponen, I. T., 2005, julkaisussa : Physical Review B. 71

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  52. Julkaistu

    Modeling glycolipids: Take one

    Róg, T., Vattulainen, I. & Karttunen, M., 2005, julkaisussa : Cellular and Molecular Biology Letters. 10, s. 625-630

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  53. Julkaistu

    Molecular dynamics modeling of polymer fragment dielectrophoresis

    Salonen, E., Terama, E., Vattulainen, I. & Karttunen, M., 2005, julkaisussa : Biophysical Journal. 88, s. 404

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

ID: 5148629