Multiscale Statistical Physics

Yksikkö: Tutkimusryhmä

Tutkimustuotokset

  1. 2010
  2. Julkaistu

    Lead silicate glasses: Binary network-former glasses with large amounts of free volume

    Kohara, S., Ohno, H., Takata, M., Usuki, T., Morita, H., Suzuya, K., Akola, J. & Pusztai, L., 2010, julkaisussa : Physical Review B. 82

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    Membrane proteins diffuse as dynamic complexes with lipids

    Niemelä, P. S., Miettinen, M. S., Monticelli, L., Hammaren, H., Bjelkmar, P., Murtola, T., Lindahl, E. & Vattulainen, I., 2010, julkaisussa : Journal of the American Chemical Society. 132, s. 7574

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Membrane simulations mimicking acidic pH reveal increased thickness and negative curvature in a bilayer consisting of lysophosphatidylcholines and free fatty acids

    Lähdesmäki, K., Ollila, O. H. S., Koivuniemi, A., Kovanen, P. T. & Hyvonen, M. T., 2010, julkaisussa : BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA: BIOMEMBRANES. 1798, s. 938-946

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  5. Julkaistu

    Molecular organization of the tear fluid lipid layer

    Kulovesi, P., Telenius, J., Koivuniemi, A., Brezesinski, G., Rantamaki, A., Viitala, T., Puukilainen, E., Ritala, M., Wiedmer, S. K., Vattulainen, I. & 1 muutaHolopainen, J. M., 2010, julkaisussa : Biophysical Journal. 99, s. 2559-2567

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  6. Julkaistu

    Multiscale modelling of microstructure formation in polymer casting

    Pitkänen, T., Majaniemi, S. & Ala-Nissilä, T., 2010, julkaisussa : Technische Mechanik. 30, 1-3, s. 259-268

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    Nonlinear response and dynamical transitions in a phase field crystal model for adsorbed overlayers

    Ramos, J. A. P., Granato, E., Ying, S. C., Achim, C. V., Elder, K. & Ala-Nissilä, T., 2010, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 246, 1, s. 1-5 012014.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Phase field crystal study of symmetric tilt grain boundaries of iron

    Jaatinen, A., Achim, C. V., Elder, K. & Ala-Nissilä, T., 2010, julkaisussa : Technische Mechanik. 30, s. 169-176

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    Polymer escape from a metastable Kramers potential: Path integral hyperdynamics study

    Shin, J., Ikonen, T., Khandkar, M. D., Ala-Nissilä, T. & Sung, W., 2010, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 133, 18, s. 1-7 184902.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    Reply to the comment by Graziano on [The hydrophobic effect and its role in cold denaturation]

    Dias, C. L., Ala-Nissilä, T., Wong-Ekkabut, J., Vattulainen, I., Grant, M. & Karttunen, M., 2010, julkaisussa : Cryobiology. 60, 3, s. 356-357

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Rolf of lipids in spheroidal high density lipoproteins

    Vuorela, T., Catte, A., Niemelä, P. S., Hall, A., Hyvönen, M. T., Marrink, S. J., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2010, julkaisussa : PLoS computational biology. 6, 10, s. 1-14 e1000964.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    Stress release mechanisms for Cu on Pd(111) in the submonolayer and monolayer regimes

    Jalkanen, J., Rossi, G., Trushin, O., Granato, E., Ala-Nissilä, T. & Ying, S-C., 2010, julkaisussa : Physical Review B. 81, 4, s. 1-4 041412.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    The role of glycolipids in lipid rafts: A view through atomistic molecular dynamics simulations with galactosylceramide

    Hall, A., Rog, T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2010, julkaisussa : Journal of Physical Chemistry B. 114, s. 7797-7807

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  14. 2009
  15. Julkaistu

    Atomic studies of strain relaxation in heteroepitaxial systems

    Trushin, O., Jalkanen, J., Granato, E., Ying, S-C. & Ala-Nissilä, T., 2009, julkaisussa : Journal of physics: Condensed matter. 21

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    Calculation of the Electrostatic Potential of Lipid Bilayers from Molecular Dynamics Simulations: Methodological Issues

    Gurtovenko, A. A. & Vattulainen, I., 2009, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 130

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    Condensation Induced hopping water drops

    Narhe, R. D., Khandkar, M. D., Shelke, P. B., Limaye, A. V. & Beysens, D. A., 2009, julkaisussa : Physical Review E. 80

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  18. Julkaistu

    Diffusion-Controlled Anisotropic Growth of Stable and Metastable Crystal Polymorphs in the Phase-Field Crystal Model

    Tegze, G., Gránásy, L., Tóth, G. I., Podmaniczky, F., Jaatinen, A., Ala-Nissilä, T. & Pusztai, T., 2009, julkaisussa : Physical Review Letters. 103, 3, s. 1-4 035702.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    Driven polymer translocation through nanopores: Slow-vs.-fast dynamics

    Luo, K., Ala-Nissilä, T., Ying, S-C. & Metzler, R., 2009, julkaisussa : Europhysics Letters. 88

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Improvement of surface processes modelling in the ERO code

    Airila, M., Ikonen, T., Borodin, D., Kirschner, A., Nordlund, K. & Loarte, A., 2009, julkaisussa : Journal of Nuclear Materials. 390-391, s. 175-178

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    Inertia-based Distributed Channel Allocation,

    Koljonen, J-M., Peltomäki, M., Alava, M. & Tirkkonen, O., 2009, International Wireless Communications and Mobile Computing Conference (IWCMC), Autonomic Wireless Networking Workshop, Leipzig, Germany, June 21 - 24, 2009. s. 6

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussavertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Intrinsic potential of cell membranes: Opposite effects of lipid transmembrane asymmetry and asymmetric salt ion distribution

    Gurtovenko, A. & Vattulainen, I., 2009, julkaisussa : Journal of Physical Chemistry B. 113, s. 7194-7198

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  23. Julkaistu

    Nonlinear driven response of a phase-field crystal in a periodic pinning potential

    Achim, C. V., Ramos, J., Karttunen, M., Elder, K., Granato, E., Ala-Nissilä, T. & Ying, S-C., 2009, julkaisussa : Physical Review E. 79, 1, s. 1-10 011606.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  24. Julkaistu

    Ordered structures and phase transitions in a phase field crystal model

    Ramos, J. A. P., Granato, E., Achim, C., Ying, S-C., Elder, K. & Ala-Nissilä, T., 2009, julkaisussa : Journal of Computational Interdisciplinary Sciences. 1, 2, s. 95-98

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  25. Julkaistu

    Polymer translocation in a double-force arrangement

    Ollila, S., Luo, K., Ala-Nissilä, T. & Ying, S-C., 2009, julkaisussa : European Physical Journal E. 28, s. 385-393

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    Polymer translocation out of confined environments

    Luo, K., Metzler, R., Ala-Nissilä, T. & Ying, S-C., 2009, julkaisussa : Physical Review E. 80, 2, s. 1-5 021907.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    Scaling exponents of forced polymer translocation through a nanopore

    Bhattacharya, A., Morrison, W. H., Luo, K., Ala-Nissilä, T., Ying, S-C., Milchev, A. & Binder, K., 2009, julkaisussa : European Physical Journal E. 2009

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Systematic coarse-graining from structure using internal states: Application to phospholipid / cholesterol bilayer

    Murtola, T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2009, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 131

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    The hydrophobic effect and its role in cold denaturation

    Dias, C. L., Ala-Nissilä, T., Wong-Ekkabut, J., Vattulainen, I., Grant, M. & Karttunen, M., 2009, julkaisussa : Cryobiology. 59

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    Thermodynamics of bcc metals in phase-field-crystal models

    Jaatinen, A., Achim, C. V., Elder, K. R. & Ala-Nissilä, T., 2009, julkaisussa : Physical Review E. 80, 3, s. 1-10 031602.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    Three-dimensional "Mercedes-Benz" model for water

    Dias, C. L., Ala-Nissilä, T., Grant, M. & Karttunen, M., 2009, julkaisussa : Journal of Chemical Physics. 131, 5, s. 1-7 054505.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  32. 2008
  33. Julkaistu

    Two computational methods for describing size selected nanocluster growth and obtaining accurate cluster size distributions

    Pirkkalainen, K., Riekki, K. A. & Koponen, I. T., 1 elokuuta 2008, julkaisussa : Computational Materials Science. 43, 2, s. 325-336 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  34. Julkaistu

    Size-selection of nanoclusters in transition from 2D to 3D growth in ion beam assisted deposition

    Nevalainen, K. A. & Koponen, I. T., 1 maaliskuuta 2008, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 100, PART 4, 042027.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  35. Julkaistu

    Cluster growth poised on the edge of break-up: Size distributions with small exponent power-laws

    Koponen, I. & Riekki, K., 2008, julkaisussa : Physica A: Statistical Mechanics and its Applications. 387, s. 2504-2510

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  36. Julkaistu

    Computational methods for mesoscopic modelling of size-selection in nanoisland growth

    Koponen, I. T., Pirkkalainen, K. & Nevalainen, K. A., 2008, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 100

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  37. Julkaistu

    Dynamical Scaling Exponents for Polymer Translocation through a Nanopore

    Luo, K., Ollila, S. T. T., Huopaniemi, I., Ala-Nissila, T., Pomorski, P., Karttunen, M., Ying, S-C. & Bhattacharya, A., 2008, julkaisussa : Physical Review E. 78, 5, s. 1-4 050901.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  38. Julkaistu

    Dynamics of DNA translocation through an attractive nanopore

    Luo, K., Ala-Nissilä, T., Ying, S-C. & Bhattacharya, A., 2008, julkaisussa : Physical Review E. 78, 6, s. 1-7 061911.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  39. Julkaistu

    Equilibrium shape and size of supported heteroepitaxial nanoislands

    Jalkanen, J., Trushin, O., Granato, E., Ying, S-C. & Ala-Nissila, T., 2008, julkaisussa : European Physical Journal B. 66, 2, s. 175-183

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  40. Julkaistu

    Improvement of surface processes modelling in the ERO code

    Airila, M., Ikonen, T., Borodin, D., Kirschner, A., Nordlund, K. & Loarte, A., 2008, (18th International Conference on Plasma-Surface Interactions in Fusion Devices, Toledo, Espanja, 26.-30.5.2008).

    Tutkimustuotos: Työpaperi

  41. Julkaistu

    Influence of disorder strength on phase-field models of interfacial growth

    Laurila, T., Pradas, M., Hernández-Machado, A. & Ala-Nissilä, T., 2008, julkaisussa : Physical Review E. 78, 3, s. 1-7 031603.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  42. Julkaistu

    Ionic Cloud Distribution close to a Charged Surface in the Presence of salt

    Punkkinen, O., Naji, A., Podgornik, R., Vattulainen, I. & Hansen, P-L., 2008, julkaisussa : Europhysics Letters. 82

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  43. Julkaistu

    Microscopic Mechanism for Cold Denaturation

    Dias, C., Ala-Nissila, T., Karttunen, M., Vattulainen, I. & Grant, M., 2008, julkaisussa : Physical Review Letters. 100, 11, s. 1-4 118101.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    Optimal conditions for submonolayer nanoisland growth in ion beam assisted deposition

    Jahma, M. O., Koponen, I. T. & Ala-Nissila, T., 2008, Electronic journal, s. 072005, (17TH INTERNATIONAL VACUUM CONGRESS (IVC-17), 13TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SURFACE SCIENCE, (ICSS-13) AND INTERNATIONAL CONFERENCE ON NANOSCIENCE AND TECHNOLOGY (ICN+T 2007), 26 July 2007, Stockho).

    Tutkimustuotos: Työpaperi

  45. Julkaistu

    Phase diagram of pinned lattices in the phase field crystal model

    Achim, C., Karttunen, M., Elder, K., Granato, E., Ala-Nissila, T. & Ying, S. C., 2008, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 100, 7, s. 1-4 072001.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  46. Julkaistu

    Sequence dependence of DNA translocation through a nanopore

    Luo, K., Ala-Nissila, T., Ying, S. C. & Bhattacharya, A., 2008, julkaisussa : Physical Review Letters. 100, 5, s. 1-4 058101.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  47. Julkaistu

    Thermal fluctuations and phase diagrams of the phase-field crystal model with pinning

    Ramos, J. A. P., Granato, E., Achim, C. V., Ying, S. C., Elder, K. R. & Ala-Nissila, T., 2008, julkaisussa : Physical Review E. 78, 3, s. 1-7 031109.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  48. Julkaistu

    Translocation Dynamics with Attractive Nanopore-Polymer Interactions

    Luo, K., Ala-Nissila, T., Ying, C. & Bhattacharya, A., 2008, julkaisussa : Physical Review E. 78, 6, s. 1-8 061918.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  49. Julkaistu

    Two approaches to dislocation nucleation in the supported heteroepitaxial equilibrium islanding phenomenon

    Jalkanen, J., Trushin, O., Elder, K., Granato, E., Ying, S-C. & Ala-Nissila, T., 2008, julkaisussa : Journal of Physics: Conference Series. 100, 7, s. 1-4 072043.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  50. 2007
  51. Julkaistu
  52. Julkaistu

    Cholesterol methyl groups - molecular fossils?

    Poyry, S., Rog, T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 149, s. S41

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  53. Julkaistu

    Computer simulation studies for collective adatom stepped surfaces

    Masin, M., Vattulainen, I., Ala-Nissila, T. & Chvoj, Z., 2007, julkaisussa : Focus in Surface Science Research. 1, s. 183-203

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  54. Julkaistu

    Differences between lateral pressure profiles of one-component and many-component lipid membranes

    Ollila, S., Niemela, P., Rog, T., Hyvonen, M. T., Karttunen, M. & Vattulainen, I., 2007, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 149, s. S15-S16

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

ID: 5148629