Tutkimustuotoksia vuodessa
Tutkimustuotoksia vuodessa
Organisaation profiili
Organisaation profiili
Computational Life Sciences
Department of Computer Science Research area
Research on Computational modelling, data analysis and design of biological systems.
The research area covers the multi-disciplinary activities on computational modelling, data analysis and design of biological systems. The field focuses on the development of original computational methods and their application in collaboration with leading national and international experts in different branches of life sciences.
The research area is linked to health-related research programmes in HIIT and FCAI, and Aalto key research areas of Health and Wellbeing as well as Materials and Sustainable Use of Natural Resources.
Research topics: bioinformatics, cheminformatics, complex systems, computational chemistry, computational immunology, computational metabolomics, computational systems biology, DNA nanotechnology, medical imaging, neuroinformatics, personalized medicine, pharmacoinformatics, statistical epidemology, synthetic biology.
Research area webpage: https://www.aalto.fi/en/department-of-computer-science/computational-life-sciences
YK:n kestävän kehityksen tavoitteet
Vuonna 2015 YK:n jäsenvaltiot sopivat 17 maailmanlaajuisesta kestävän kehityksen tavoitteesta (Sustainable Development Goal, SDG) poistamaan köyhyyden, suojelemaan planeettaa ja takaamaan vaurauden kaikille. Työmme edistää seuraavia kestävän kehityksen tavoitteita:
Yhteistyöt ja huippututkimusalueet viimeisiltä viideltä vuodelta
Viimeisin maa-/aluetasolla toteutettu yhteistyö. Saat tarkempia lisätietoja pisteitä napauttamalla, tai
Profiilit
-
Talayeh Aledavood
- Tietotekniikan laitos - Yliopistonlehtori
- Lecturer Aledavood Talayeh group - Yliopistonlehtori
- Computer Science Lecturers - Yliopistonlehtori
- Computer Science - Computational Life Sciences (CSLife) - Yliopistonlehtori
Henkilö: Opetushenkilöstö
-
Wilhelmiina Hämäläinen
- Tietotekniikan laitos - Vanhempi yliopistonlehtori
- Computer Science Lecturers - Vanhempi yliopistonlehtori
- Computer Science - Artificial Intelligence and Machine Learning (AIML) - Vanhempi yliopistonlehtori
- Computer Science - Computational Life Sciences (CSLife) - Vanhempi yliopistonlehtori
- Lecturer Hämäläinen Wilhelmiina group - Vanhempi yliopistonlehtori
Henkilö: Opetushenkilöstö
-
Harri Lähdesmäki
- Tietotekniikan laitos - Professori (Associate Professor)
- Helsinki Institute for Information Technology (HIIT)
- Computer Science Professors - Professori (Associate Professor)
- Computer Science - Artificial Intelligence and Machine Learning (AIML) - Professori (Associate Professor)
- Computer Science - Computational Life Sciences (CSLife) - Professori (Associate Professor)
- Professorship Lähdesmäki Harri - Professori (Associate Professor)
Henkilö: Professorit, tenure track
Tutkimustuotos
-
Clustering students’ text form feedback data: comparison of eight vector space models
Hämäläinen, W., Rybicki, J.-M., Malmi, L., Jung, A. & Pollari-Malmi, K., 24 tammik. 2025, ICBDE '24: Proceedings of the 2024 7th International Conference on Big Data and Education. New York: ACM, s. 57-64 8 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference article in proceedings › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto10 Lataukset (Pure) -
MassSpecGym : A benchmark for the discovery and identification of molecules
Bushuiev, R., Bushuiev, A., de Jonge, N. F., Young, A., Kretschmer, F., Samusevich, R., Heirman, J., Wang, F., Zhang, L., Dührkop, K., Ludwig, M., Haupt, N. A., Kalia, A., Brungs, C., Schmid, R., Greiner, R., Wang, B., Wishart, D. S., Liu, L. P. & Rousu, J. & 10 muuta, , 2025, Advances in Neural Information Processing Systems 37 (NeurIPS 2024). Curran Associates Inc., s. 1-18 18 Sivumäärä (Advances in Neural Information Processing Systems).Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussa › Conference article in proceedings › Scientific › vertaisarvioitu
Open access -
Multimodal Digital Phenotyping Study in Patients With Major Depressive Episodes and Healthy Controls (Mobile Monitoring of Mood): Observational Longitudinal Study
Aledavood, T., Luong, N., Baryshnikov, I., Darst, R., Heikkilä, R., Ikäheimonen, A., Martikkala, A., Riihimäki, K., Saleva, O., Triana, A. M. & Isometsä, E., 2025, julkaisussa: JMIR Mental Health. 12, e63622 .Tutkimustuotos: Lehtiartikkeli › Article › Scientific › vertaisarvioitu
Open accessTiedosto4 Lataukset (Pure)
Tietoaineistot
-
Additional file 2 of Modeling binding specificities of transcription factor pairs with random forests
Antikainen, A. A. (Creator), Heinonen, M. (Creator) & Lähdesmäki, H. (Creator), figshare, 6 kesäk. 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.20003421, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_2_of_Modeling_binding_specificities_of_transcription_factor_pairs_with_random_forests/20003421
Tietoaineisto: Dataset
-
Additional file 4 of Probabilistic modeling methods for cell-free DNA methylation based cancer classification
Halla-aho, V. (Creator) & Lähdesmäki, H. (Creator), figshare, 2022
DOI - pysyväislinkki: 10.6084/m9.figshare.19518516, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_4_of_Probabilistic_modeling_methods_for_cell-free_DNA_methylation_based_cancer_classification/19518516
Tietoaineisto: Dataset
-
Fitted BRAID and Hill functions, and cross-validation splits, for scaled-up comboKR in "Scaling up drug combination surface prediction"
Huusari, R. (Creator), Wang, T. (Creator), Szedmak, S. (Creator), Dias, D. (Contributor), Aittokallio, T. (Contributor) & Rousu, J. (Contributor), Zenodo, 17 jouluk. 2024
DOI - pysyväislinkki: 10.5281/zenodo.14509937, https://doi.org/10.5281/zenodo.14509938
Tietoaineisto: Dataset
Palkinnot
-
Algorithmic design methods and tools for DNA nanotechnology
Orponen, P. (Recipient), 27 helmik. 2023
Palkinto: Myönnetty rahoitus (henkilökohtaiset tutkimusapurahat)
-
Knight First Class of the Order of the White Rose of Finland
Orponen, P. (Recipient), 6 jouluk. 2021
Palkinto: Palkinto tai huomionosoitus urasta
Aktiviteetit
-
Finnish Academy of Science and Letter (Ulkoinen yksikkö)
Orponen, P. (Jäsen)
2024Aktiviteetti: Seuran tai yhteisön jäsenyys
-
Informatics Europe (Ulkoinen yksikkö)
Orponen, P. (Jäsen)
2024Aktiviteetti: Nimitetty asiantuntija- tai luottamustehtävä akateemisessa yhteisössä
-
Behavioral Ecology and Sociobiology (Lehti)
Hämäläinen, W. (Toimituskunnan jäsen)
toukok. 2024Aktiviteetti: Tieteellisen lehden refereenä toimiminen
Lehtileikkeet
-
Research Findings from Aalto University Update Understanding of Machine Learning (EPIC-TRACE: predicting TCR binding to unseen epitopes using attention and contextualized embeddings)
27/12/2023
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
-
University of Turku and Abo Akademi University Researchers Target Type 1 Diabetes (Serum APOC1 levels are decreased in young autoantibody positive children who rapidly progress to type 1 diabetes)
10/10/2023
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa
-
Research Data from University of Turku and Abo Akademi University Update Understanding of Data Analytics (Permutation-based significance analysis reduces the type 1 error rate in bisulphite sequencing data analysis of human umbilical cord blood ...)
05/10/2023
1 kohde/ Medianäkyvyys
Lehdistö/media: Esiintyminen mediassa