SyMMys huippuyksikkö

Tutkimustuotos

Suodatin
Article
2020

A personalised approach for identifying disease-relevant pathways in heterogeneous diseases

Somani, J., Ramchandran, S. & Lähdesmäki, H., 1 joulukuuta 2020, julkaisussa : npj Systems Biology and Applications. 6, 1, 17.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Lataukset (Pure)

Enhancer prediction in the human genome by probabilistic modelling of the chromatin feature patterns

Osmala, M. & Lähdesmäki, H., 20 heinäkuuta 2020, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 21, 1, 37 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
51 Lataukset (Pure)
2019

An additive Gaussian process regression model for interpretable non-parametric analysis of longitudinal data

Cheng, L., Ramchandran, S., Vatanen, T., Lietzén, N., Lahesmaa, R., Vehtari, A. & Lähdesmäki, H., 17 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, s. 1-11 11 Sivumäärä, 1798.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
146 Lataukset (Pure)

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
90 Lataukset (Pure)

Data-driven multiscale modeling reveals the role of metabolic coupling for the spatio-temporal growth dynamics of yeast colonies

Intosalmi, J., Scott, A. C., Hays, M., Flann, N., Yli-Harja, O., Lähdesmäki, H., Dudley, A. M. & Skupin, A., 19 joulukuuta 2019, julkaisussa : BMC Molecular and Cell Biology. 20, 1, 59.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
28 Lataukset (Pure)

Early detection of peripheral blood cell signature in children developing β-cell autoimmunity at a young age

Kallionpää, H., Somani, J., Tuomela, S., Ullah, U., De Albuquerque, R., Lönnberg, T., Komsi, E., Siljander, H., Honkanen, J., Härkönen, T., Peet, A., Tillmann, V., Chandra, V., Anagandula, M. K., Frisk, G., Otonkoski, T., Rasool, O., Lund, R., Lähdesmäki, H., Knip, M. & 1 muuta, Lahesmaa, R., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : DIABETES. 68, 10, s. 2024-2034 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

3 Sitaatiot (Scopus)

Enhancer prediction in the human genome by probabilistic modeling of the chromatin feature patterns

Osmala, M. & Lähdesmäki, H., 17 lokakuuta 2019, (Jätetty) julkaisussa : Springer.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Genomic variation and strain-specific functional adaptation in the human gut microbiome during early life

Vatanen, T., Plichta, D. R., Somani, J., Münch, P. C., Arthur, T. D., Hall, A. B., Rudolf, S., Oakeley, E. J., Ke, X., Young, R. A., Haiser, H. J., Kolde, R., Yassour, M., Luopajärvi, K., Siljander, H., Virtanen, S. M., Ilonen, J., Uibo, R., Tillmann, V., Mokurov, S. & 8 muuta, Dorshakova, N., Porter, J. A., McHardy, A. C., Lähdesmäki, H., Vlamakis, H., Huttenhower, C., Knip, M. & Xavier, R. J., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Nature Microbiology. 4, 3, s. 470-479

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

24 Sitaatiot (Scopus)

Peripheral blood DNA methylation differences in twin pairs discordant for Alzheimer's disease

Konki, M., Malonzo, M., Karlsson, I. K., Lindgren, N., Ghimire, B., Smolander, J., Scheinin, N. M., Ollikainen, M., Laiho, A., Elo, L. L., Lonnberg, T., Roytta, M., Pedersen, N. L., Kaprio, J., Lahdesmaki, H., Rinne, J. O. & Lund, R. J., 2 syyskuuta 2019, julkaisussa : Clinical epigenetics. 11, 1, 12 Sivumäärä, 130.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
47 Lataukset (Pure)
2018

Atopic asthma after rhinovirus-induced wheezing is associated with DNA methylation change in the SMAD3 gene promoter

Lund, R. J., Osmala, M., Malonzo, M., Lukkarinen, M., Leino, A., Salmi, J., Vuorikoski, S., Turunen, R., Vuorinen, T., Akdis, C., Lähdesmäki, H., Lahesmaa, R. & Jartti, T., 5 toukokuuta 2018, julkaisussa : Allergy. 73, 8, s. 1735-1740 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
16 Sitaatiot (Scopus)
136 Lataukset (Pure)

Characterization and non-parametric modeling of the developing serum proteome during infancy and early childhood

Lietzén, N., Cheng, L., Moulder, R., Siljander, H., Laajala, E., Härkönen, T., Peet, A., Vehtari, A., Tillmann, V., Knip, M., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 1, s. 1-13 5883.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
150 Lataukset (Pure)

Flex ddG: Rosetta Ensemble-Based Estimation of Changes in Protein–Protein Binding Affinity upon Mutation

Barlow, K., Conchuir, S., Thompson, S., Suresh, P., Lucas, J., Heinonen, M. & Kortemme, T., 31 toukokuuta 2018, julkaisussa : Journal of Physical Chemistry B. 122, 21, s. 5389-5399 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

26 Sitaatiot (Scopus)

Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction

Cichonska, A., Pahikkala, T., Szedmak, S., Julkunen, H., Airola, A., Heinonen, M., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i509-i518

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
82 Lataukset (Pure)

MGPfusion: Predicting protein stability changes with Gaussian process kernel learning and data fusion

Jokinen, E., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i274-i283

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
7 Sitaatiot (Scopus)
75 Lataukset (Pure)

Quantitative proteomic characterization and comparison of T helper 17 and induced regulatory T cells

Mohammad, I., Nousiainen, K., Bhosale, S. D., Starskaia, I., Moulder, R., Rokka, A., Cheng, F., Mohanasundaram, P., Eriksson, J. E., Goodlett, D. R., Lähdesmäki, H. & Chen, Z., 31 toukokuuta 2018, julkaisussa : PLoS Biology. 16, 5, e2004194.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
135 Lataukset (Pure)

snpEnrichR: analyzing co-localization of SNPs and their proxies in genomic regions

Nousiainen, K., Kanduri, K., Ricaño-Ponce, I., Wijmenga, C., Lahesmaa, R., Kumar, V. & Lähdesmäki, H., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics (Oxford, England). 34, 23, s. 4112-4114 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
88 Lataukset (Pure)

Temporal clustering analysis of endothelial cell gene expression following exposure to a conventional radiotherapy dose fraction using Gaussian process clustering

Heinonen, M., Milliat, F., Benadjaoud, M. A., François, A., Buard, V., Tarlet, G., D'Alché-Buc, F. & Guipaud, O., 1 lokakuuta 2018, julkaisussa : PloS one. 13, 10, s. 1-31 e0204960.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
137 Lataukset (Pure)

Time-resolved transcriptome and proteome landscape of human regulatory T cell (Treg) differentiation reveals novel regulators of FOXP3

Schmidt, A., Marabita, F., Kiani, N. A., Gross, C. C., Johansson, H. J., Éliás, S., Rautio, S., Eriksson, M., Fernandes, S. J., Silberberg, G., Ullah, U., Bhatia, U., Lähdesmäki, H., Lehtiö, J., Gomez-Cabrero, D., Wiendl, H., Lahesmaa, R. & Tegnér, J., 7 toukokuuta 2018, julkaisussa : BMC Biology. 16, 1, s. 1-35 47.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
177 Lataukset (Pure)

Transcriptional Repressor HIC1 Contributes to Suppressive Function of Human Induced Regulatory T Cells

Ubaid Ullah, U., Andrabi, S. B. A., Tripathi, S. K., Dirasantha, O., Kanduri, K., Rautio, S., Gross, C. C., Lehtimäki, S., Bala, K., Tuomisto, J., Bhatia, U., Chakroborty, D., Elo, L. L., Lähdesmäki, H., Wiendl, H., Rasool, O. & Lahesmaa, R., 20 helmikuuta 2018, julkaisussa : Cell Reports. 22, 8, s. 2094-2106 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
12 Sitaatiot (Scopus)
137 Lataukset (Pure)
2017

Acquired Somatic Mutations in T Cells in Patients with Aplastic Anemia and Hypoplastic Myelodysplastic Syndromes

Lundgren, S., Keränen, M., Nousiainen, K., Eldfors, S., Hannula, S., Hannunen, T., Ellonen, P., Walldin, G., Clemente, M., Ebeling, F., Rajala, H., Maciejewski, J. P., Lähdesmäki, H., Hellstrom-Lindberg, E. & Mustjoki, S., 2017, julkaisussa : BLOOD. 130, Suppl 1, s. 1169-1169 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Genome-wide Analysis of STAT3-Mediated Transcription during Early Human Th17 Cell Differentiation

Tripathi, S. K., Chen, Z., Larjo, A., Kanduri, K., Nousiainen, K., Äijo, T., Ricaño-Ponce, I., Hrdlickova, B., Tuomela, S., Laajala, E., Salo, V., Kumar, V., Wijmenga, C., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 30 toukokuuta 2017, julkaisussa : Cell Reports. 19, 9, s. 1888-1901 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
21 Sitaatiot (Scopus)
154 Lataukset (Pure)

High-throughput automated microfluidic sample preparation for accurate microbial genomics

Kim, S., De Jonghe, J., Kulesa, A. B., Feldman, D., Vatanen, T., Bhattacharyya, R. P., Berdy, B., Gomez, J., Nolan, J., Epstein, S. & Blainey, P. C., 27 tammikuuta 2017, julkaisussa : Nature Communications. 8, s. 1-10 13919.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
40 Sitaatiot (Scopus)
160 Lataukset (Pure)

Intestinal virome changes precede autoimmunity in type I diabetes-susceptible children

Zhao, G., Vatanen, T., Droit, L., Park, A., Kostic, A. D., Poon, T. W., Vlamakis, H., Siljander, H., Härkönen, T., Hämäläinen, A. M., Peet, A., Tillmann, V., Ilonen, J., Wang, D., Knip, M., Xavier, R. J. & Virgin, H. W., 25 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114, 30, s. E6166-E6175

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

75 Sitaatiot (Scopus)

RNA Polymerase III Subunit POLR3G Regulates Specific Subsets of PolyA+ and SmallRNA Transcriptomes and Splicing in Human Pluripotent Stem Cells

Lund, R. J., Rahkonen, N., Malonzo, M., Kauko, L., Emani, M. R., Kivinen, V., Närvä, E., Kemppainen, E., Laiho, A., Skottman, H., Hovatta, O., Rasool, O., Nykter, M., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 9 toukokuuta 2017, julkaisussa : Stem Cell Reports. 8, 5, s. 1442-1454 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
103 Lataukset (Pure)

TET2 and 3 proteins control iNKT cell lineage specification and TCR mediated expansion

Tsagaratou, A., Avalos, E. G., Rautio, S., Browne, J. S., Togher, S., Pastor, W., Rothenberg, E. V., Lahdesmaki, H. & Rao, A., 2017, julkaisussa : JOURNAL OF IMMUNOLOGY. 198, 1, Supplement, s. 215.11

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

TET proteins regulate the lineage specification and TCR-mediated expansion of iNKT cells

Tsagaratou, A., González-Avalos, E., Rautio, S., Scott-Browne, J. P., Togher, S., Pastor, W. A., Rothenberg, E. V., Chavez, L., Lähdesmäki, H. & Rao, A., 2017, julkaisussa : NATURE IMMUNOLOGY. 18, 1, s. 45-53

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

46 Sitaatiot (Scopus)
2016

A probabilistic generative model for quantification of DNA modifications enables analysis of demethylation pathways

Äijö, T., Huang, Y., Mannerström, H., Chavez, L., Tsagaratou, A., Rao, A. & Lähdesmäki, H., 14 maaliskuuta 2016, julkaisussa : GENOME BIOLOGY. 17, 1, s. 1-22 49.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
11 Sitaatiot (Scopus)
177 Lataukset (Pure)

A subpopulation model to analyze heterogeneous cell differentiation dynamics

Chan, Y. H., Intosalmi, J., Rautio, S. & Lähdesmäki, H., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 21, s. 3306-3313 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Comparative analysis of human and mouse transcriptomes of Th17 cell priming

Tuomela, S., Rautio, S., Ahlfors, H., Öling, V., Salo, V., Ullah, U., Chen, Z., Hämälistö, S., Tripathi, S. K., Äijö, T., Rasool, O., Soueidan, H., Wessels, L., Stockinger, B., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 22 maaliskuuta 2016, julkaisussa : ONCOTARGET. 7, 12, s. 13416-13428 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

13 Sitaatiot (Scopus)

Control of Foxp3 stability through modulation of TET activity

Yue, X., Trifari, S., Äijö, T., Tsagaratou, A., Pastor, W. A., Zepeda-Martínez, J. A., Lio, C. W. J., Li, X., Huang, Y., Vijayanand, P., Lähdesmäki, H. & Rao, A., 2016, julkaisussa : JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE. 213, 3, s. 377-397 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

124 Sitaatiot (Scopus)

Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis

Sieberts, S. K., Zhu, F., García-García, J., Stahl, E., Pratap, A., Pandey, G., Pappas, D., Aguilar, D., Anton, B., Bonet, J., Eksi, R., Fornés, O., Guney, E., Li, H., Marín, M. A., Panwar, B., Planas-Iglesias, J., Poglayen, D., Cui, J., Falcao, A. O. & 73 muuta, Suver, C., Hoff, B., Balagurusamy, V. S. K., Dillenberger, D., Neto, E. C., Norman, T., Aittokallio, T., Ammad-Ud-Din, M., Azencott, C. A., Bellón, V., Boeva, V., Bunte, K., Chheda, H., Cheng, L., Corander, J., Dumontier, M., Goldenberg, A., Gopalacharyulu, P., Hajiloo, M., Hidru, D., Jaiswal, A., Kaski, S., Khalfaoui, B., Khan, S. A., Kramer, E. R., Marttinen, P., Mezlini, A. M., Molparia, B., Pirinen, M., Saarela, J., Samwald, M., Stoven, V., Tang, H., Tang, J., Torkamani, A., Vert, J. P., Wang, B., Wang, T., Wennerberg, K., Wineinger, N. E., Xiao, G., Xie, Y., Yeung, R., Zhan, X., Zhao, C., Greenberg, J., Kremer, J., Michaud, K., Barton, A., Coenen, M., Mariette, X., Miceli, C., Shadick, N., Weinblatt, M., De Vries, N., Tak, P. P., Gerlag, D., Huizinga, T. W. J., Kurreeman, F., Allaart, C. F., Louis Bridges, S., Criswell, L., Moreland, L., Klareskog, L., Saevarsdottir, S., Padyukov, L., Gregersen, P. K., Friend, S., Plenge, R., Stolovitzky, G., Oliva, B., Guan, Y. & Mangravite, L. M., 23 elokuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, s. 1-9 12460.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
45 Sitaatiot (Scopus)
164 Lataukset (Pure)

Data-driven mechanistic analysis method to reveal dynamically evolving regulatory networks

Intosalmi, J., Nousiainen, K., Ahlfors, H. & Lähdesmäki, H., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. 288-296

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

4 Sitaatiot (Scopus)

Dysbiosis, inflammation, and response to treatment: A longitudinal study of pediatric subjects with newly diagnosed inflammatory bowel disease

Shaw, K. A., Bertha, M., Hofmekler, T., Chopra, P., Vatanen, T., Srivatsa, A., Prince, J., Kumar, A., Sauer, C., Zwick, M. E., Satten, G. A., Kostic, A. D., Mulle, J. G., Xavier, R. J. & Kugathasan, S., 13 heinäkuuta 2016, julkaisussa : GENOME MEDICINE. 8, 1, 75.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
84 Sitaatiot (Scopus)
49 Lataukset (Pure)

Epigenetic Silencing of the Key Antioxidant Enzyme Catalase in Karyotypically Abnormal Human Pluripotent Stem Cells

Konki, M., Pasumarthy, K., Malonzo, M., Sainio, A., Valensisi, C., Söderström, M., Emani, M. R., Stubb, A., Närvä, E., Ghimire, B., Laiho, A., Järveläinen, H., Lahesmaa, R., Lähdesmäki, H., Hawkins, R. D. & Lund, R. J., 25 helmikuuta 2016, julkaisussa : Scientific Reports. 6, 22190.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
12 Sitaatiot (Scopus)
125 Lataukset (Pure)

Genome wide analysis of protein production load in Trichoderma reesei

Pakula, T. M., Nygren, H., Barth, D., Heinonen, M., Castillo, S., Penttilä, M. & Arvas, M., 28 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Biotechnology for Biofuels. 9, 1, s. 1-26 132.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
12 Sitaatiot (Scopus)
156 Lataukset (Pure)

Increased Intestinal Microbial Diversity Following Fecal Microbiota Transplant for Active Crohn's Disease

Vaughn, B. P., Vatanen, T., Allegretti, J. R., Bai, A., Xavier, R. J., Korzenik, J., Gevers, D., Ting, A., Robson, S. C. & Moss, A. C., 10 elokuuta 2016, julkaisussa : INFLAMMATORY BOWEL DISEASES. 22, 9, s. 2182-2190 9 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

81 Sitaatiot (Scopus)

LuxGLM: A probabilistic covariate model for quantification of DNA methylation modifications with complex experimental designs

Äijö, T., Yue, X., Rao, A. & Lähdesmäki, H., 1 syyskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 17, s. i511-i519

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

6 Sitaatiot (Scopus)

Mature Let-7 miRNAs fine tune expression of LIN28B in pluripotent human embryonic stem cells

Rahkonen, N., Stubb, A., Malonzo, M., Edelman, S., Emani, M. R., Närvä, E., Lähdesmäki, H., Ruohola-Baker, H., Lahesmaa, R. & Lund, R., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : STEM CELL RESEARCH. 17, 3, s. 498-503 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
9 Sitaatiot (Scopus)
330 Lataukset (Pure)

Natural history of the infant gut microbiome and impact of antibiotic treatment on bacterial strain diversity and stability

Yassour, M., Vatanen, T., Siljander, H., Hämäläinen, A. M., Härkönen, T., Ryhänen, S. J., Franzosa, E. A., Vlamakis, H., Huttenhower, C., Gevers, D., Lander, E. S., Knip, M. & Xavier, R. J., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE. 8, 343, 343ra81.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

285 Sitaatiot (Scopus)

Population-based metagenomics analysis reveals markers for gut microbiome composition and diversity

Zhernakova, A., Kurilshikov, A., Bonder, M. J., Tigchelaar, E. F., Schirmer, M., Vatanen, T., Mujagic, Z., Vila, A. V., Falony, G., Vieira-Silva, S., Wang, J., Imhann, F., Brandsma, E., Jankipersadsing, S. A., Joossens, M., Cenit, M. C., Deelen, P., Swertz, M. A., Weersma, R. K., Feskens, E. J. M. & 11 muuta, Netea, M. G., Gevers, D., Jonkers, D., Franke, L., Aulchenko, Y. S., Huttenhower, C., Raes, J., Hofker, M. H., Xavier, R. J., Wijmenga, C. & Fu, J., 29 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Science. 352, 6285, s. 565-569 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

562 Sitaatiot (Scopus)

Synthetic transcription amplifier system for orthogonal control of gene expression in saccharomyces cerevisiae

Rantasalo, A., Czeizler, E., Virtanen, R., Rousu, J., Lähdesmäki, H., Penttilä, M., Jäntti, J. & Mojzita, D., 1 helmikuuta 2016, julkaisussa : PloS one. 11, 2, s. 1-19 e0148320.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
16 Sitaatiot (Scopus)
234 Lataukset (Pure)

The effect of host genetics on the gut microbiome

Bonder, M. J., Kurilshikov, A., Tigchelaar, E. F., Mujagic, Z., Imhann, F., Vila, A. V., Deelen, P., Vatanen, T., Schirmer, M., Smeekens, S. P., Zhernakova, D. V., Jankipersadsing, S. A., Jaeger, M., Oosting, M., Cenit, M. C., Masclee, A. A. M., Swertz, M. A., Li, Y., Kumar, V., Joosten, L. & 10 muuta, Harmsen, H., Weersma, R. K., Franke, L., Hofker, M. H., Xavier, R. J., Jonkers, D., Netea, M. G., Wijmenga, C., Fu, J. & Zhernakova, A., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : NATURE GENETICS. 48, 11, s. 1407-1412 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

246 Sitaatiot (Scopus)

The influence of a short-term gluten-free diet on the human gut microbiome

Bonder, M. J., Tigchelaar, E. F., Cai, X., Trynka, G., Cenit, M. C., Hrdlickova, B., Zhong, H., Vatanen, T., Gevers, D., Wijmenga, C., Wang, Y. & Zhernakova, A., 21 huhtikuuta 2016, julkaisussa : GENOME MEDICINE. 8, 1, s. 8869-8872 11 Sivumäärä, 45.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
76 Sitaatiot (Scopus)
122 Lataukset (Pure)

The landscape of copy number variations in Finnish families with autism spectrum disorders

Kanduri, C., Kantojärvi, K., Salo, P. M., Vanhala, R., Buck, G., Blancher, C., Lähdesmäki, H. & Järvelä, I., 1 tammikuuta 2016, julkaisussa : AUTISM RESEARCH. 9, 1, s. 9-16 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

17 Sitaatiot (Scopus)

Variation in Microbiome LPS Immunogenicity Contributes to Autoimmunity in Humans

Vatanen, T., Kostic, A. D., D'Hennezel, E., Siljander, H., Franzosa, E. A., Yassour, M., Kolde, R., Vlamakis, H., Arthur, T. D., Hämäläinen, A. M., Peet, A., Tillmann, V., Uibo, R., Mokurov, S., Dorshakova, N., Ilonen, J., Virtanen, S. M., Szabo, S. J., Porter, J. A., Lähdesmäki, H. & 5 muuta, Huttenhower, C., Gevers, D., Cullen, T. W., Knip, M. & Xavier, R. J., 5 toukokuuta 2016, julkaisussa : CELL. 165, 4, s. 842-853 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

390 Sitaatiot (Scopus)
2015

BinDNase: A discriminatory approach for transcription factor binding prediction using DNase I hypersensitivity data

Kähärä, J. & Lähdesmäki, H., 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 17, s. 2852-2859

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

28 Sitaatiot (Scopus)

Cancer-associated ASXL1 mutations may act as gain-of-function mutations of the ASXL1-BAP1 complex

Balasubramani, A., Larjo, A., Chang, X., Hastie, R. B., Togher, S., Bassein, J. A., Lähdesmäki, H. & Rao, A., 2015, julkaisussa : Nature Communications. 6, s. 1-15 7307.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
82 Sitaatiot (Scopus)
159 Lataukset (Pure)

GIMAP GTPase Family Genes: Potential Modifiers in Autoimmune Diabetes, Asthma, and Allergy

Heinonen, M. T., Laine, A-P., Soderhall, C., Gruzieva, O., Rautio, S., Melen, E., Pershagen, G., Lahdesmaki, H. J., Knip, M., Ilonen, J., Henttinen, T. A., Kere, J. & Lahesmaa, R., 2015, julkaisussa : JOURNAL OF IMMUNOLOGY. 194, 12, s. 5885-5894

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

15 Sitaatiot (Scopus)

Self-organization and missing values in SOM and GTM

Vatanen, T., Osmala, M., Raiko, T., Lagus, K., Sysi-Aho, M., Orešič, M., Honkela, T. & Lähdesmäki, H., 5 tammikuuta 2015, julkaisussa : Neurocomputing. 147, 1, s. 60-70 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

43 Sitaatiot (Scopus)