Molekylaarinen systeemi-immunologia ja fysiologia, Symmys

Tutkimustuotos

2020

A personalised approach for identifying disease-relevant pathways in heterogeneous diseases

Somani, J., Ramchandran, S. & Lähdesmäki, H., 1 joulukuuta 2020, julkaisussa : npj Systems Biology and Applications. 6, 1, 17.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto

Deep Convolutional Gaussian Processes

Blomqvist, K., Kaski, S. & Heinonen, M., 1 tammikuuta 2020, Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases - European Conference, ECML PKDD 2019, Proceedings. Brefeld, U., Fromont, E., Hotho, A., Knobbe, A., Maathuis, M. & Robardet, C. (toim.). SPRINGER , s. 582-597 16 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 11907 LNAI).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Learning spectrograms with convolutional spectral kernels

Shen, Z., Heinonen, M. & Kaski, S., 2020, (Hyväksytty/In press) The 23rd International Conference on Artificial Intelligence and Statistic. (Proceedings of Machine Learning Research).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Likelihood-Free Inference with Deep Gaussian Processes

Aushev, A., Pesonen, H., Heinonen, M., Corander, J. & Kaski, S., 18 kesäkuuta 2020, (Jätetty).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitysScientific

2019

A Mathematical Model for Enhancer Activation Kinetics During Cell Differentiation

Nousiainen, K., Intosalmi, J. & Lähdesmäki, H., 1 tammikuuta 2019, Algorithms for Computational Biology - 6th International Conference, AlCoB 2019, Proceedings. Vega-Rodríguez, M. A., Holmes, I. & Martín-Vide, C. (toim.). s. 191-202 12 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 11488 LNBI).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

An additive Gaussian process regression model for interpretable non-parametric analysis of longitudinal data

Cheng, L., Ramchandran, S., Vatanen, T., Lietzén, N., Lahesmaa, R., Vehtari, A. & Lähdesmäki, H., 17 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Nature Communications. 10, 1, s. 1-11 11 Sivumäärä, 1798.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
138 Lataukset (Pure)

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
83 Lataukset (Pure)

Data-driven multiscale modeling reveals the role of metabolic coupling for the spatio-temporal growth dynamics of yeast colonies

Intosalmi, J., Scott, A. C., Hays, M., Flann, N., Yli-Harja, O., Lähdesmäki, H., Dudley, A. M. & Skupin, A., 19 joulukuuta 2019, julkaisussa : BMC Molecular and Cell Biology. 20, 1, 59.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
24 Lataukset (Pure)

Deep learning with differential Gaussian process flows

Hegde, P., Heinonen, M., Lähdesmäki, H. & Kaski, S., huhtikuuta 2019, The 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistic. Vuosikerta 89. s. 1-15 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 89).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
27 Lataukset (Pure)

Early detection of peripheral blood cell signature in children developing β-cell autoimmunity at a young age

Kallionpää, H., Somani, J., Tuomela, S., Ullah, U., De Albuquerque, R., Lönnberg, T., Komsi, E., Siljander, H., Honkanen, J., Härkönen, T., Peet, A., Tillmann, V., Chandra, V., Anagandula, M. K., Frisk, G., Otonkoski, T., Rasool, O., Lund, R., Lähdesmäki, H., Knip, M. & 1 muuta, Lahesmaa, R., 1 lokakuuta 2019, julkaisussa : DIABETES. 68, 10, s. 2024-2034 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Enhancer prediction in the human genome by probabilistic modeling of the chromatin feature patterns

Osmala, M. & Lähdesmäki, H., 17 lokakuuta 2019, (Jätetty) julkaisussa : Springer.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Genomic variation and strain-specific functional adaptation in the human gut microbiome during early life

Vatanen, T., Plichta, D. R., Somani, J., Münch, P. C., Arthur, T. D., Hall, A. B., Rudolf, S., Oakeley, E. J., Ke, X., Young, R. A., Haiser, H. J., Kolde, R., Yassour, M., Luopajärvi, K., Siljander, H., Virtanen, S. M., Ilonen, J., Uibo, R., Tillmann, V., Mokurov, S. & 8 muuta, Dorshakova, N., Porter, J. A., McHardy, A. C., Lähdesmäki, H., Vlamakis, H., Huttenhower, C., Knip, M. & Xavier, R. J., 1 maaliskuuta 2019, julkaisussa : Nature Microbiology. 4, 3, s. 470-479

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

17 Sitaatiot (Scopus)

ODE2VAE: Deep generative second order ODEs with Bayesian neural networks

Yildiz, C., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 2019, 33rd Conference on Neural Information Processing Systems: NeurIPS 2019 . Neural Information Processing Systems Foundation, (Advances in Neural Information Processing Systems).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access

Peripheral blood DNA methylation differences in twin pairs discordant for Alzheimer's disease

Konki, M., Malonzo, M., Karlsson, I. K., Lindgren, N., Ghimire, B., Smolander, J., Scheinin, N. M., Ollikainen, M., Laiho, A., Elo, L. L., Lonnberg, T., Roytta, M., Pedersen, N. L., Kaprio, J., Lahdesmaki, H., Rinne, J. O. & Lund, R. J., 2 syyskuuta 2019, julkaisussa : Clinical epigenetics. 11, 1, 12 Sivumäärä, 130.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
34 Lataukset (Pure)
2018

A Nonparametric Spatio-temporal SDE Model

Yildiz, C., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 2018, NIPS 2018 Spatiotemporal Workshop: 32nd Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2018), Montréal, Canada. Neural Information Processing Systems Foundation, s. 1-5

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionProfessional

Atopic asthma after rhinovirus-induced wheezing is associated with DNA methylation change in the SMAD3 gene promoter

Lund, R. J., Osmala, M., Malonzo, M., Lukkarinen, M., Leino, A., Salmi, J., Vuorikoski, S., Turunen, R., Vuorinen, T., Akdis, C., Lähdesmäki, H., Lahesmaa, R. & Jartti, T., 5 toukokuuta 2018, julkaisussa : Allergy. 73, 8, s. 1735-1740 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
12 Sitaatiot (Scopus)
128 Lataukset (Pure)

Characterization and non-parametric modeling of the developing serum proteome during infancy and early childhood

Lietzén, N., Cheng, L., Moulder, R., Siljander, H., Laajala, E., Härkönen, T., Peet, A., Vehtari, A., Tillmann, V., Knip, M., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 1, s. 1-13 5883.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
133 Lataukset (Pure)

Flex ddG: Rosetta Ensemble-Based Estimation of Changes in Protein–Protein Binding Affinity upon Mutation

Barlow, K., Conchuir, S., Thompson, S., Suresh, P., Lucas, J., Heinonen, M. & Kortemme, T., 31 toukokuuta 2018, julkaisussa : Journal of Physical Chemistry B. 122, 21, s. 5389-5399 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

21 Sitaatiot (Scopus)

Generative models for quantification of DNA modifications

Äijö, T., Bonneau, R. & Lähdesmäki, H., 1 tammikuuta 2018, Methods in Molecular Biology. s. 37-50 14 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1807).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaChapterScientificvertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Learning unknown ODE models with Gaussian processes

Heinonen, M., Yildiz, C., Mannerström, H., Intosalmi, J. & Lähdesmäki, H., 2018, Proceedings of the 35th International Conference on Machine Learning, ICML 2018. Vuosikerta 5. s. 3120-3132 13 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 80).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
1 Sitaatiot (Scopus)
18 Lataukset (Pure)

Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction

Cichonska, A., Pahikkala, T., Szedmak, S., Julkunen, H., Airola, A., Heinonen, M., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i509-i518

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
4 Sitaatiot (Scopus)
73 Lataukset (Pure)

MGPfusion: Predicting protein stability changes with Gaussian process kernel learning and data fusion

Jokinen, E., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i274-i283

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
67 Lataukset (Pure)

Quantitative proteomic characterization and comparison of T helper 17 and induced regulatory T cells

Mohammad, I., Nousiainen, K., Bhosale, S. D., Starskaia, I., Moulder, R., Rokka, A., Cheng, F., Mohanasundaram, P., Eriksson, J. E., Goodlett, D. R., Lähdesmäki, H. & Chen, Z., 31 toukokuuta 2018, julkaisussa : PLoS Biology. 16, 5, e2004194.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
3 Sitaatiot (Scopus)
127 Lataukset (Pure)

snpEnrichR: analyzing co-localization of SNPs and their proxies in genomic regions

Nousiainen, K., Kanduri, K., Ricaño-Ponce, I., Wijmenga, C., Lahesmaa, R., Kumar, V. & Lähdesmäki, H., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics (Oxford, England). 34, 23, s. 4112-4114 3 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
59 Lataukset (Pure)

Temporal clustering analysis of endothelial cell gene expression following exposure to a conventional radiotherapy dose fraction using Gaussian process clustering

Heinonen, M., Milliat, F., Benadjaoud, M. A., François, A., Buard, V., Tarlet, G., D'Alché-Buc, F. & Guipaud, O., 1 lokakuuta 2018, julkaisussa : PloS one. 13, 10, s. 1-31 e0204960.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
127 Lataukset (Pure)

The human gut microbiome in early-onset type 1 diabetes from the TEDDY study

Vatanen, T., Franzosa, E. A., Schwager, R., Tripathi, S., Arthur, T. D., Vehik, K., Lernmark, Å., Hagopian, W. A., Rewers, M. J., She, J. X., Toppari, J., Ziegler, A. G., Akolkar, B., Krischer, J. P., Stewart, C. J., Ajami, N. J., Petrosino, J. F., Gevers, D., Lähdesmäki, H., Vlamakis, H. & 2 muuta, Huttenhower, C. & Xavier, R. J., 25 lokakuuta 2018, julkaisussa : Nature. 562, 7728, s. 589-594 6 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliLetterScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
103 Sitaatiot (Scopus)
415 Lataukset (Pure)

Time-resolved transcriptome and proteome landscape of human regulatory T cell (Treg) differentiation reveals novel regulators of FOXP3

Schmidt, A., Marabita, F., Kiani, N. A., Gross, C. C., Johansson, H. J., Éliás, S., Rautio, S., Eriksson, M., Fernandes, S. J., Silberberg, G., Ullah, U., Bhatia, U., Lähdesmäki, H., Lehtiö, J., Gomez-Cabrero, D., Wiendl, H., Lahesmaa, R. & Tegnér, J., 7 toukokuuta 2018, julkaisussa : BMC Biology. 16, 1, s. 1-35 47.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
6 Sitaatiot (Scopus)
172 Lataukset (Pure)

Transcriptional Repressor HIC1 Contributes to Suppressive Function of Human Induced Regulatory T Cells

Ubaid Ullah, U., Andrabi, S. B. A., Tripathi, S. K., Dirasantha, O., Kanduri, K., Rautio, S., Gross, C. C., Lehtimäki, S., Bala, K., Tuomisto, J., Bhatia, U., Chakroborty, D., Elo, L. L., Lähdesmäki, H., Wiendl, H., Rasool, O. & Lahesmaa, R., 20 helmikuuta 2018, julkaisussa : Cell Reports. 22, 8, s. 2094-2106 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
12 Sitaatiot (Scopus)
128 Lataukset (Pure)

Variational zero-inflated Gaussian processes with sparse kernels

Hegde, P., Heinonen, M. & Kaski, S., 2018, 34th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence 2018, UAI 2018. AUAI Press, Vuosikerta 1. s. 361-371 148

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
2017

Acquired Somatic Mutations in T Cells in Patients with Aplastic Anemia and Hypoplastic Myelodysplastic Syndromes

Lundgren, S., Keränen, M., Nousiainen, K., Eldfors, S., Hannula, S., Hannunen, T., Ellonen, P., Walldin, G., Clemente, M., Ebeling, F., Rajala, H., Maciejewski, J. P., Lähdesmäki, H., Hellstrom-Lindberg, E. & Mustjoki, S., 2017, julkaisussa : BLOOD. 130, Suppl 1, s. 1169-1169 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

A Mutually-Dependent Hadamard Kernel for Modelling Latent Variable Couplings

Remes, S., Heinonen, M. & Kaski, S., marraskuuta 2017, Proceedings of the 9th Asian Conference on Machine Learning. Zhang, M-L. & Noh, Y-K. (toim.). s. 455-470 16 Sivumäärä (Proceedings of Machine Learning Research; Vuosikerta 77).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
31 Lataukset (Pure)

Efficient statistical methods for detecting differential methylation

Halla-aho, V. & Lähdesmäki, H., 22 heinäkuuta 2017.

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaKonferenssiesitysScientific

Tiedosto
17 Lataukset (Pure)

Genome-wide Analysis of STAT3-Mediated Transcription during Early Human Th17 Cell Differentiation

Tripathi, S. K., Chen, Z., Larjo, A., Kanduri, K., Nousiainen, K., Äijo, T., Ricaño-Ponce, I., Hrdlickova, B., Tuomela, S., Laajala, E., Salo, V., Kumar, V., Wijmenga, C., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 30 toukokuuta 2017, julkaisussa : Cell Reports. 19, 9, s. 1888-1901 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
17 Sitaatiot (Scopus)
143 Lataukset (Pure)

High-throughput automated microfluidic sample preparation for accurate microbial genomics

Kim, S., De Jonghe, J., Kulesa, A. B., Feldman, D., Vatanen, T., Bhattacharyya, R. P., Berdy, B., Gomez, J., Nolan, J., Epstein, S. & Blainey, P. C., 27 tammikuuta 2017, julkaisussa : Nature Communications. 8, s. 1-10 13919.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
38 Sitaatiot (Scopus)
150 Lataukset (Pure)

Intestinal virome changes precede autoimmunity in type I diabetes-susceptible children

Zhao, G., Vatanen, T., Droit, L., Park, A., Kostic, A. D., Poon, T. W., Vlamakis, H., Siljander, H., Härkönen, T., Hämäläinen, A. M., Peet, A., Tillmann, V., Ilonen, J., Wang, D., Knip, M., Xavier, R. J. & Virgin, H. W., 25 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114, 30, s. E6166-E6175

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

71 Sitaatiot (Scopus)

Non-Stationary Spectral Kernels

Remes, S., Heinonen, M. & Kaski, S., 2017, Advances in Neural Information Processing Systems 30: Proceedings of NIPS2017. Curran Associates, Inc., s. 4645-4654 (Advances in Neural Information Processing Systems; Vuosikerta 30).

Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/konferenssijulkaisussaConference contributionScientificvertaisarvioitu

Open access
12 Sitaatiot (Scopus)

RNA Polymerase III Subunit POLR3G Regulates Specific Subsets of PolyA+ and SmallRNA Transcriptomes and Splicing in Human Pluripotent Stem Cells

Lund, R. J., Rahkonen, N., Malonzo, M., Kauko, L., Emani, M. R., Kivinen, V., Närvä, E., Kemppainen, E., Laiho, A., Skottman, H., Hovatta, O., Rasool, O., Nykter, M., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 9 toukokuuta 2017, julkaisussa : Stem Cell Reports. 8, 5, s. 1442-1454 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
2 Sitaatiot (Scopus)
94 Lataukset (Pure)

TET2 and 3 proteins control iNKT cell lineage specification and TCR mediated expansion

Tsagaratou, A., Avalos, E. G., Rautio, S., Browne, J. S., Togher, S., Pastor, W., Rothenberg, E. V., Lahdesmaki, H. & Rao, A., 2017, julkaisussa : JOURNAL OF IMMUNOLOGY. 198, 1, Supplement, s. 215.11

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

TET proteins regulate the lineage specification and TCR-mediated expansion of iNKT cells

Tsagaratou, A., González-Avalos, E., Rautio, S., Scott-Browne, J. P., Togher, S., Pastor, W. A., Rothenberg, E. V., Chavez, L., Lähdesmäki, H. & Rao, A., 2017, julkaisussa : NATURE IMMUNOLOGY. 18, 1, s. 45-53

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

43 Sitaatiot (Scopus)
2016

A probabilistic generative model for quantification of DNA modifications enables analysis of demethylation pathways

Äijö, T., Huang, Y., Mannerström, H., Chavez, L., Tsagaratou, A., Rao, A. & Lähdesmäki, H., 14 maaliskuuta 2016, julkaisussa : GENOME BIOLOGY. 17, 1, s. 1-22 49.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
11 Sitaatiot (Scopus)
170 Lataukset (Pure)

A subpopulation model to analyze heterogeneous cell differentiation dynamics

Chan, Y. H., Intosalmi, J., Rautio, S. & Lähdesmäki, H., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 21, s. 3306-3313 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Comparative analysis of human and mouse transcriptomes of Th17 cell priming

Tuomela, S., Rautio, S., Ahlfors, H., Oling, V., Salo, V., Ullah, U., Chen, Z., Hämälistö, S., Tripathi, S., Äijö, T., Rasool, O., Soueidan, H., Wessels, L., Stockinger, B., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., toukokuuta 2016, julkaisussa : SCANDINAVIAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY. 83, 5, s. 380-380 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliKokousabstraktiScientific

Comparative analysis of human and mouse transcriptomes of Th17 cell priming

Tuomela, S., Rautio, S., Ahlfors, H., Öling, V., Salo, V., Ullah, U., Chen, Z., Hämälistö, S., Tripathi, S. K., Äijö, T., Rasool, O., Soueidan, H., Wessels, L., Stockinger, B., Lähdesmäki, H. & Lahesmaa, R., 22 maaliskuuta 2016, julkaisussa : ONCOTARGET. 7, 12, s. 13416-13428 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

11 Sitaatiot (Scopus)

Control of Foxp3 stability through modulation of TET activity

Yue, X., Trifari, S., Äijö, T., Tsagaratou, A., Pastor, W. A., Zepeda-Martínez, J. A., Lio, C. W. J., Li, X., Huang, Y., Vijayanand, P., Lähdesmäki, H. & Rao, A., 2016, julkaisussa : JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE. 213, 3, s. 377-397 21 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

114 Sitaatiot (Scopus)

Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis

Sieberts, S. K., Zhu, F., García-García, J., Stahl, E., Pratap, A., Pandey, G., Pappas, D., Aguilar, D., Anton, B., Bonet, J., Eksi, R., Fornés, O., Guney, E., Li, H., Marín, M. A., Panwar, B., Planas-Iglesias, J., Poglayen, D., Cui, J., Falcao, A. O. & 73 muuta, Suver, C., Hoff, B., Balagurusamy, V. S. K., Dillenberger, D., Neto, E. C., Norman, T., Aittokallio, T., Ammad-Ud-Din, M., Azencott, C. A., Bellón, V., Boeva, V., Bunte, K., Chheda, H., Cheng, L., Corander, J., Dumontier, M., Goldenberg, A., Gopalacharyulu, P., Hajiloo, M., Hidru, D., Jaiswal, A., Kaski, S., Khalfaoui, B., Khan, S. A., Kramer, E. R., Marttinen, P., Mezlini, A. M., Molparia, B., Pirinen, M., Saarela, J., Samwald, M., Stoven, V., Tang, H., Tang, J., Torkamani, A., Vert, J. P., Wang, B., Wang, T., Wennerberg, K., Wineinger, N. E., Xiao, G., Xie, Y., Yeung, R., Zhan, X., Zhao, C., Greenberg, J., Kremer, J., Michaud, K., Barton, A., Coenen, M., Mariette, X., Miceli, C., Shadick, N., Weinblatt, M., De Vries, N., Tak, P. P., Gerlag, D., Huizinga, T. W. J., Kurreeman, F., Allaart, C. F., Louis Bridges, S., Criswell, L., Moreland, L., Klareskog, L., Saevarsdottir, S., Padyukov, L., Gregersen, P. K., Friend, S., Plenge, R., Stolovitzky, G., Oliva, B., Guan, Y. & Mangravite, L. M., 23 elokuuta 2016, julkaisussa : Nature Communications. 7, s. 1-9 12460.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
42 Sitaatiot (Scopus)
154 Lataukset (Pure)

Data-driven mechanistic analysis method to reveal dynamically evolving regulatory networks

Intosalmi, J., Nousiainen, K., Ahlfors, H. & Lähdesmäki, H., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. 288-296

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

4 Sitaatiot (Scopus)

Dysbiosis, inflammation, and response to treatment: A longitudinal study of pediatric subjects with newly diagnosed inflammatory bowel disease

Shaw, K. A., Bertha, M., Hofmekler, T., Chopra, P., Vatanen, T., Srivatsa, A., Prince, J., Kumar, A., Sauer, C., Zwick, M. E., Satten, G. A., Kostic, A. D., Mulle, J. G., Xavier, R. J. & Kugathasan, S., 13 heinäkuuta 2016, julkaisussa : GENOME MEDICINE. 8, 1, 75.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
79 Sitaatiot (Scopus)
43 Lataukset (Pure)

Enterovirus-associated changes in plasma proteome of children with genetic susceptibility to type 1 diabetes

Lietzen, N., Cheng, L., Oikarinen, S., Goo, Y. A., Goodlett, D., Toppari, J., Ilonen, J., Veijola, R., Knip, M., Lähdesmäki, H., Hyöty, H. & Lahesmaa, R., toukokuuta 2016, julkaisussa : SCANDINAVIAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY. 83, 5, s. 381-381 1 Sivumäärä

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliKokousabstraktiScientificvertaisarvioitu

Epigenetic Silencing of the Key Antioxidant Enzyme Catalase in Karyotypically Abnormal Human Pluripotent Stem Cells

Konki, M., Pasumarthy, K., Malonzo, M., Sainio, A., Valensisi, C., Söderström, M., Emani, M. R., Stubb, A., Närvä, E., Ghimire, B., Laiho, A., Järveläinen, H., Lahesmaa, R., Lähdesmäki, H., Hawkins, R. D. & Lund, R. J., 25 helmikuuta 2016, julkaisussa : Scientific Reports. 6, 22190.

Tutkimustuotos: LehtiartikkeliArticleScientificvertaisarvioitu

Open access
Tiedosto
11 Sitaatiot (Scopus)
118 Lataukset (Pure)