Bioinformatics

Tutkimustuotokset

  1. 2019
  2. Julkaistu

    ADAPTIVE: LeArning DAta-dePendenT, concIse molecular VEctors for fast, accurate metabolite identification from tandem mass spectra

    Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i164-i172 btz319.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

    Heinonen, M., Osmala, M., Mannerström, H., Wallenius, J., Kaski, S., Rousu, J. & Lähdesmäki, H., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i548-i557 btz315.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Block HSIC Lasso: Model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data

    Climente-González, H., Azencott, C. A., Kaski, S. & Yamada, M., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i427-i435 btz333.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  5. Julkaistu

    Representation transfer for differentially private drug sensitivity prediction

    Niinimäki, T., Heikkilä, M. A., Honkela, A. & Kaski, S., 15 heinäkuuta 2019, julkaisussa : Bioinformatics. 35, 14, s. i218-i224 btz373.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  6. 2018
  7. Julkaistu

    snpEnrichR: analyzing co-localization of SNPs and their proxies in genomic regions

    Nousiainen, K., Kanduri, K., Ricaño-Ponce, I., Wijmenga, C., Lahesmaa, R., Kumar, V. & Lähdesmäki, H., 1 joulukuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics (Oxford, England). 34, 23, s. 4112-4114 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Liquid-chromatography retention order prediction for metabolite identification

    Bach, E., Szedmak, S., Brouard, C., Boecker, S. & Rousu, J., 1 syyskuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 17, s. 875-883 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    GOLabeler: Improving sequence-based large-scale protein function prediction by learning to rank

    You, R., Zhang, Z., Xiong, Y., Sun, F., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 14, s. 2465-2473 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    Bacmeta: Simulator for genomic evolution in bacterial metapopulations

    Sipola, A., Marttinen, P. & Corander, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. 2308-2310 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction

    Cichonska, A., Pahikkala, T., Szedmak, S., Julkunen, H., Airola, A., Heinonen, M., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i509-i518

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    MGPfusion: Predicting protein stability changes with Gaussian process kernel learning and data fusion

    Jokinen, E., Heinonen, M. & Lähdesmäki, H., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i274-i283

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    SIMPLE Sparse Interaction Model over Peaks of moLEcules for fast, interpretable metabolite identification from tandem mass spectra

    Nguyen, D. H., Nguyen, C. H. & Mamitsuka, H., 1 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i323-i332 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    Improving genomics-based predictions for precision medicine through active elicitation of expert knowledge

    Sundin, I., Peltola, T., Micallef, L., Afrabandpey, H., Soare, M., Majumder, M. M., Daee, P., He, C., Serim, B., Havulinna, A. & 4 muutaHeckman, C., Jacucci, G., Marttinen, P. & Kaski, S., 27 kesäkuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 13, s. i395-i403

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Global proteomics profiling improves drug sensitivity prediction : results from a multi-omics, pan-cancer modeling approach

    Ali, M., Khan, S. A., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 8, s. 1353-1362 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    Principal metabolic flux mode analysis

    Bhadra, S., Blomberg, P., Castillo, S. & Rousu, J., 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 14, s. 2409-2417

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    ViraPipe: Scalable Parallel Pipeline for Viral Metagenome Analysis from Next Generation Sequencing Reads

    Maarala, A., Bzhalava, Z., Dillner, J., Heljanko, K. & Bzhalava, D., 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 6, s. 928-935 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  18. 2017
  19. Julkaistu

    Systematic identification of feature combinations for predicting drug response with Bayesian multi-view multi-task linear regression

    Ammad-Ud-Din, M., Khan, S. A., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Bioinformatics. 33, 14, s. i359-i368

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Fast motif matching revisited: high-order PWMs, SNPs and indels

    Korhonen, J. H., Palin, K., Taipale, J. & Ukkonen, E., 15 helmikuuta 2017, julkaisussa : Bioinformatics. 33, 4, s. 514-521

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    biMM: efficient estimation of genetic variances and covariances for cohorts with high-dimensional phenotype measurements

    Pirinen, M., Benner, C., Marttinen, P., Järvelin, M-R., Rivas, M. A. & Ripatti, S., 2017, julkaisussa : Bioinformatics. 33, 15, s. 2405-2407 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  22. 2016
  23. Julkaistu

    A subpopulation model to analyze heterogeneous cell differentiation dynamics

    Chan, Y. H., Intosalmi, J., Rautio, S. & Lähdesmäki, H., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 21, s. 3306-3313 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  24. Julkaistu

    Drug response prediction by inferring pathway-response associations with kernelized Bayesian matrix factorization

    Ammad-ud-din, M., Khan, S. A., Malani, D., Murumägi, A., Kallioniemi, O., Aittokallio, T. & Kaski, S., 3 syyskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 17, s. i455-i463 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  25. Julkaistu

    LuxGLM: A probabilistic covariate model for quantification of DNA methylation modifications with complex experimental designs

    Äijö, T., Yue, X., Rao, A. & Lähdesmäki, H., 1 syyskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 17, s. i511-i519

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    Sparse group factor analysis for biclustering of multiple data sources

    Bunte, K., Leppäaho, E., Saarinen, I. & Kaski, S., 15 elokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 16, s. 2457-2463 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    metaCCA: summary statistics-based multivariate meta-analysis of genome-wide association studies using canonical correlation analysis

    Cichonska, A., Rousu, J., Marttinen, P., Kangas, A. J., Soininen, P., Lehtimaki, T., Raitakari, O., Jarvelin, M-R., Salomaa, V., Ala-Korpela, M. & 2 muutaRipatti, S. & Pirinen, M., 1 heinäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 13, s. 1981-1989 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

    Topa, H. & Honkela, A., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i147-i155

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    Data-driven mechanistic analysis method to reveal dynamically evolving regulatory networks

    Intosalmi, J., Nousiainen, K., Ahlfors, H. & Lähdesmäki, H., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. 288-296

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    DeepMeSH: Deep semantic representation for improving large-scale MeSH indexing

    Peng, S., You, R., Wang, H., Zhai, C., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i70-i79 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    DrugE-Rank: Improving drug-target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank

    Yuan, Q., Gao, J., Wu, D., Zhang, S., Mamitsuka, H. & Zhu, S., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. i18-i27 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  32. Julkaistu

    Fast metabolite identification with Input Output Kernel Regression

    Brouard, C., Shen, H., Dührkop, K., d'Alché-Buc, F., Böcker, S. & Rousu, J., 15 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 12, s. 28-36

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Modelling-based experiment retrieval: A case study with gene expression clustering

    Blomstedt, P., Dutta, R., Seth, S., Brazma, A. & Kaski, S., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 9, s. 1388-1394 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  34. 2015
  35. Julkaistu

    Detecting time periods of differential gene expression using Gaussian processes: an application to endothelial cells exposed to radiotherapy dose fraction

    Heinonen, M., Guipaud, O., Milliat, F., Buard, V., Micheau, B., Tarlet, G., Benderitter, M., Zehraoui, F. & d'Alche-Buc, F., 1 maaliskuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 5, s. 728-735 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  36. Julkaistu
  37. Julkaistu

    Gaussian process test for high-throughput sequencing time series: application to experimental evolution

    Topa, H., Jònàs, À., Kofler, R., Kosiol, C. & Honkela, A., 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 11, s. 1762-1770

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  38. 2014
  39. Julkaistu

    Assessing multivariate gene-metabolome associations with rare variants using Bayesian reduced rank regression

    Marttinen, P., Pirinen, M., Sarin, A-P., Gillberg, J., Kettunen, J., Surakka, I., Kangas, A. J., Soininen, P., "O'Reilly", P., Kaakinen, M. & 8 muutaKähönen, M., Lehtimäki, T., Ala-Korpela, M., Raitakari, O. T., Salomaa, V., Järvelin, M-R., Ripatti, S. & Kaski, S., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 14, s. 2026-2034

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  40. Julkaistu

    Exploration and retrieval of whole-metagenome sequencing samples

    Seth, S., Välimäki, N., Kaski, S. & Honkela, A., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. 2471-2479

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  41. Julkaistu

    Identification of structural features in chemicals associated with cancer drug response: A systematic data-driven analysis

    Khan, S. A., Virtanen, S., Kallioniemi, O. P., Wennerberg, K., Poso, A. & Kaski, S., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. pp. i497-i504

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  42. Julkaistu

    Metabolite identification through multiple kernel learning on fragmentation trees

    Shen, H., Dührkop, K., Böcker, S. & Rousu, J., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 12, s. pp. i157-i164

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  43. Julkaistu

    Methods for time series analysis of RNA-seq data with application to human Th17 cell differentiation

    Äijö, T., Butty, V., Chen, JZ., Salo, V., Tripathi, S., Burge, C. B., Lahesmaa, R. & Lähdesmäki, H., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 12, s. pp. i113-i120

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    PconsFold: improved contact predictions improve protein models

    Michel, M., Hayat, S., Skwark, M. J., Sander, C., Marks, D. S. & Elofsson, A., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. pp. i482-i488

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  45. Julkaistu

    SEK: sparsity exploiting k-mer-based estimation of bacterial community composition

    Chatterjee, S., Koslicki, D., Dong, S., Innocenti, N., Cheng, L., Lan, Y., Vehkaperä, M., Skoglund, M., Rasmussen, L. K., Aurell, E. & 1 muutaCorander, J., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. 24232431

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  46. Julkaistu

    SeqPig: Simple and scalable scripting for large sequencing data sets in Hadoop

    Schumacher, A., Pireddu, L., Niemenmaa, M., Kallio, A., Korpelainen, E., Zanetti, G. & Heljanko, K., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 1, s. 119-120

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  47. Julkaistu

    Stronger findings for metabolomics through Bayesian modeling of multiple peaks and compound correlations

    Suvitaival, T., Rogers, S. & Kaski, S., 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 17, s. pp. i461-i467

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  48. 2013
  49. Julkaistu

    Sorad: a systems biology approach to predict and modulate dynamic signaling pathway response from phosphoproteome time-course measurements

    Äijö, T., Granberg, K. & Lähdesmäki, H., 2013, julkaisussa : Bioinformatics. 29, 10, s. 1283-1291

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  50. 2012
  51. Julkaistu

    Data-Driven Information Retrieval in Heterogeneous Collections of Transcriptomics Data Links SIM2s to Malignant Pleural Mesothelioma

    Caldas, J., Gehlenborg, N., Kettunen, E., Faisal, A., Rönty, M., Nicholson, A. G., Knuutila, S., Brazma, A. & Kaski, S., 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 2, s. 246-253

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  52. Julkaistu

    Hadoop-BAM: Directly manipulating next generation sequencing data in the cloud

    Niemenmaa, M., Kallio, A., Schumacher, A., Klemelä, P., Korpelainen, E. & Heljanko, K., 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 6, s. 876-877

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  53. Julkaistu

    Metabolite identification and molecular fingerprint prediction through machine learning

    Heinonen, M., Shen, H., Zamboni, N. & Rousu, J., 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 18, s. 2333-2341

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  54. Julkaistu

    Predicting Drug-Target Interactions from Chemical and Genomic Kernels Using Bayesian Matrix Factorization

    Gönen, M., 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 18, s. 2304-2310

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  55. Julkaistu

    Targeted Retrieval of Gene Expression Measurements Using Regulatory Models

    Georgii, E., Salojärvi, J., Brosché, M., Kangasjärvi, J. & Kaski, S., 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 18, s. 2349-2356

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  56. 2011
  57. Julkaistu

    tigre: Transcription factor inference through Gaussian process reconstruction of expression for bioconductor

    Honkela, A., Gao, P., Ropponen, J., Rattray, M. & Lawrence, N. D., huhtikuuta 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 7, s. 1026-1027 2 Sivumäärä, btr057.

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  58. 2010
  59. Julkaistu

    Global modeling of transcriptional responses in interaction networks

    Lahti, L., Knuuttila, J. E. A. & Kaski, S., 2010, julkaisussa : Bioinformatics. 26, 21, s. 2713-2720

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

  60. Julkaistu

    Multivariate multi-way analysis of multi-source data

    Huopaniemi, I., Suvitaival, T., Nikkilä, J., Oresic, M. & Kaski, S., 2010, julkaisussa : Bioinformatics. 26, 12, s. pp. i391-i398

    Tutkimustuotos: Lehtiartikkelivertaisarvioitu

Edellinen 1 2 Seuraava

ID: 190680